Вычисление параметров для молекулярной механики

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

График зависимости энергии молекулы от длины одной связи был построен с помощью программы gnuplot
Зададим функцию f(x)=a+k(x-b)^2 через f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b с параметрами a=-80, k=1, b=1.5.
Подгоним коэффициенты fit f(x) "bond" via a,k,b, получим
a=-78,8973
k=0.563608
b=0,935962

Вероятно, зависимость описывается немного другой функцией, поэтому точки не совпадают с графиком.

Расчеты для валентного угла HCH
Скрипт, файл bond2 с нужными значениями.
Зададим функцию f(x)=a + k*x*x - 2*k*x*b + k*b*b с параметрами a=-80, k=0,001, b=111 Подгоним коэффициенты fit f(x) "bond" via a,k,b, получим
a=-79.323
k=3.56072e-05
b=111.38

Функция описывает точки гораздо лучше, чем в предыдущем случае.

Расчеты для торсионного угла d3
Скрипт, файл bond3 со значениями.

Количество минимумов - 3. Правый и левый совпадают и еще 2 в середине.

---

© Шерстюк Александра, MSU 2012