Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~alexa-sh/term6/text/13.html
Дата изменения: Thu Jun 7 18:17:42 2012
Дата индексирования: Tue Oct 2 16:57:34 2012
Кодировка: Windows-1251
Расчет энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP

Расчет энергии сольватации димера из двух мономеров полиэтиленгликоля методом FEP

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

1) Нам дан 1,2-диметоксиэтан.Его SMILES:COCCOC. Мы разбиваем его на 2 мономера, их SMILES: СОС.

2) Расчитаем частичные заряды на атомах этого остатка используя как заглушку метильную группу.
SMILES: СОСC.

При подсчете зарядов полезно использовать специальные возможности RED-vIII.4.pl.
Надо добавить директиву в p2n файл mol_red1.p2n об обнулении зарядов на метильной группе-заглушке и удалении этой группы из финального файла.
REMARK INTRA-MCC 0.0 | 9 10 11 12 | R

3) Построение записи для остатка, давайте назовем его EGL:
Изменим файл aminoacids.rtp, добавив в конец запись нашего мономера:
[ EGL ]
 [ atoms ]
    CA    CT           0.02750     1
   HA1    H1           0.05010     2
   HA2    H1           0.05010     3
   HA3    H1           0.05010     4
     O     O          -0.36850     5
    CB    CT           0.13770     6
   HB1    H1           0.02000     7
   HB2    H1           0.02000     8   
   
 [ bonds ]
    CA   HA1
    CA   HA2
    CA   HA3
    CA     O
     O    CB 
    CB   HB1
    CB   HB2
    CA   +CB
Заряды были взяты из Mol_m1_o1-sm.mol2.

4) Подготовка системы к МД и запуск счета с шагом lambda 0.1. 
obgen 2.smi > 2.mol
babel -imol 2.mol -opdb 2.pdb
Ante-RED.pl 2.pdb
В полученном PDB-файле был переименован остаток (LIG -> EGL), атомы названы также, как и в aminoacids.rtp. Поскольку получен PDB-файл для димера, то остаткам (мономерам) даны соответствующие номера.Получили файл 2-out.pdb. Подготовка системы к МД в пакете Gromacs:
В итоге с помощью скрипта получили файлы, которые лежат в директории Term6/13.
5) Определение значение энергии и оценка потенциально не точно посчитанных этапов.
g_bar -f */lamda.xvg -o -oi -oh

© Шерстюк Александра, MSU 2012