Таблица. Измерение торсионных углов остатка Val10 в белке PCRB_BACSU, цепь А

Ссылка на Google

Ссылка на сайт kodomo

Название двугранного угла	Угол определяется по координатам атомов (обращение к атому в соответствие с синтаксисом RasMol, в скобках - название атома)	Данный угол описывает поворот вокруг связи	Результат измерения с помощью RasMol
φ	HIS9:A.C (карбонильный углерод 9-го остатка цепи А) VAL10:A.N VAL10:A.CA VAL10:A.C	Ni - Cαi	-133.47
ψ	Val10:A.N VAL10:A.CA VAL10:A.C Phe11:A.N	Cαi - Ci	147.34
ω	Val10:A.CA VAL10:A.C PHE11:A.N Phe11:A.CA	Ni - Ci+1	163.33

Схема расчета торсионного угла φ

Карта Рамачандрана для а.о. PCRB_Bacsu (глицин, пролин)

Карта Рамачандрана для а.о. PCRB_Bacsu (альфа-спирали, бета-листы)

Карты Рамачандрана позволяют нам определить вторичную структуру белка, узнать какие значения углов могут приниматься в альфа-спиралях и бета-листах. Благодаря первой карте, можно заметить, что значения торсионных углов глицина очень разнообразны, это объясняется структурой молекулы: у глицина боковая группа совсем небольшая, что позволяет вращаться вокруг связей. Что же касается пролина, то с ним все наоборот: значения торсионных углов его остатков лежат в ограниченном диапазоне так, что угол фи принимает только отрицательные значения. Это объясняется наличием у молекул пролина цикла, затрудняющего вращение вокруг связей.

Вторая карта позволяет нам увидеть, что значения торсионных углов в α-спиралях сближены и можно сказать, что лежат в определенном промежутке - примерно от -150 до -50. Это обусловленно тем, что остов белка в данных участках имеет укладку α-спирали. В β-листах значения торсионных углов тоже принадлежат ограниченному дапазону - примерно от -170 до -60. Это обусловлено характером укладки β-листа. Разброс значений торсионных углов больше, чем в α-спиралях.

---

© Шерстюк Александра, MSU 2009