Характеристики записи PDB 1F30
- Разрешение записи - 2.85 Å. Данные были обнаружены в строке:
REMARK 2 RESOLUTION. 2.85 ANGSTROMS.
- Число рефлексов - 50349. Данные были обнаружены в строке:
REMARK 3 NUMBER OF REFLECTIONS : 50349
- Полнота (процент рефлексов с разрешением ниже указанного) - 96.1%. Данные были обнаружены в строке:
REMARK 3 COMPLETENESS (WORKING+TEST) (%) : 96.1
- R-фактор - 0.232. Данные были обнаружены в строке:
REMARK 3 R VALUE (WORKING SET) : 0.232
- Свободный R-фактор - 0.272. Процент рефлексов, использованных для его вычисления, - 10.1%. Данные были обнаружены в строках:
REMARK 3 FREE R VALUE : 0.272 REMARK 3 FREE R VALUE TEST SET SIZE (%) : 10.100
- Кристаллографическая группа и тип симметрии - C 2 2 21. Данные были обнаружены в строке:
CRYST1 117.773 140.780 268.419 90.00 90.00 90.00 C 2 2 21 96
- Длины векторов a, b, c (базисных периодов кристаллической решетки): 117.773, 140.780, 268.419. Данные были обнаружены в строке:
CRYST1 117.773 140.780 268.419 90.00 90.00 90.00 C 2 2 21 96
- Базисные периоды являются ортогональными (углы между ними равны 90 градусов). Данные были обнаружены в строке:
CRYST1 117.773 140.780 268.419 90.00 90.00 90.00 C 2 2 21 96
- Абсолютная система координат совпадает с депонируемой (используемой в записи PDB). Данные были обнаружены в строках:
ORIGX1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 ORIGX2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 ORIGX3 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000
- Ассимметрическая единица представляет из себя половины двух биологических единиц (из 12 цепей, представленных в ассимметической единице 6 цепей принадлежат одной биологической единицы, а 6 - другой). Биологическая единица, таким образом, состоит из 12 полипептидных цепей. Биологические единицы можно восстановить из ассимметрической единицы с помощью следующих переходов:
REMARK 350 BIOMOLECULE: 1 REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: A, B, C, D, E, F REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 2 1.000000 0.000000 0.000000 58.88650 REMARK 350 BIOMT2 2 0.000000 -1.000000 0.000000 70.39000 REMARK 350 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMOLECULE: 2 REMARK 350 APPLY THE FOLLOWING TO CHAINS: G, H, I, J, K, L REMARK 350 BIOMT1 1 1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 1 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 1 0.000000 0.000000 1.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT1 2 -1.000000 0.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT2 2 0.000000 1.000000 0.000000 0.00000 REMARK 350 BIOMT3 2 0.000000 0.000000 -1.000000 134.20950
- В структуре нет ни одного атома с коэффициентом заполнения, меньшим 1.
Относительные координаты одного из Сα-атомов белка 1F30
Вычислим относительные координаты Сα-атома остатка Arg-18 полипептидной цепи А. Для этого вначале получим абсолютные координаты этого атома из строки:ATOM 52 CA ARG A 18 63.167 -35.072 18.900 1.00 51.80 CТаким образом, абсолютные координаты этого атома равны: 63.167, -35.072, 18.900. Найдем в записи матрицу перехода из абсолютных координат в относительные и вектор трансляции:
SCALE1 0.008491 0.000000 0.000000 0.00000 SCALE2 0.000000 0.007103 0.000000 0.00000 SCALE3 0.000000 0.000000 0.003726 0.00000Для получения относительных координат, умножим матрицу перехода на абсолютные координаты атома и прибавим вектор трансляции (равный в данном случае нулю). Таким образом, относительные координаты этого атома равны: 0.536351, -0.24912, 0.070421.
Изучение биологической единицы записи 2PUE
Скачаем с сервера PDBe файл с биологической единицей записи 2PUE. Там же скачаем файл с ассимметрической единицей того же белка. Первая запись была сохранена в файле 2pue_1.pdb, вторая - в файле 2pue.pdb. Визуализируем в PyMol полученные записи. Ассимметрическая единица выглядит так:
Биологическая единица выглядит так:
Из рисунка видно, что ассимметрическая единица состоит из одной полипептидной цепи и одной цепи ДНК, в то время как биологическая единица - из двух полипептидных цепей и двух цепей ДНК. Анализируя структуру только ассимметрической единицы, невозможно получить полную информацию о взаимодействии цепей белка между собой и с ДНК, так как в ней не хватает одной цепи белка и одной цепи ДНК. Анализ биологической единицы позволяет изучить эти взаимодействия.