|
Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~alex/Term3/EMBL.html
Дата изменения: Wed Oct 11 19:37:52 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:28:59 2012 Кодировка: Windows-1251 |
| Идентификатор записи EMBL | Тип молекулы | Класс данных | Раздел EMBL | Дата создания документа | Описание | Длина последовательности |
| AP009048 | circular genomic DNA | STD (Standard) | PRO (Prokaryotes) | 22-JAN-2006 | Escherichia coli W3110 DNA, complete genome. | 4646332 |
| U00096 | circular genomic DNA | STD (Standard) | PRO (Prokaryotes) | 23-FEB-2006 | Escherichia coli K12 MG1655, complete genome. | 4639675 |
| D26562* | linear genomic DNA | STD (Standard) | PRO (Prokaryotes) | 23-APR-1994 | Replaced by AP009048 on 20-JAN-2006. | - |
В целом характеристики первых двух записей идентичны. Отличными являются только штаммы
бактерии Escherichia coli (W3110 в первой находке и K12 - во второй), откуда были
взяты последовательности, длины последовательностей и даты создания документов.
*Замененный документ.
К сожалению, у меня выбирать для сравнения было не из чего, кроме как из двух полных геномов. Через сервер kodomo-count по команде "entret embl:... -auto" (вместо точек я подставлял AC геномов) ничего не скачивалось: не хватало времени. Поэтому я непосредственно через SRS добыл информацию о своем белке в записях U00096 и AP009048 банка данных EMBL.
| I (в AP009048) | II (в U00096) | |
| ID записи | AAC73214.1 | BAE76040.1 |
| Начало гена в записи | 112599 | 112599 |
| Конец гена в записи | 113219 | 113219 |
| Направление гена | обратное | обратное |
С помощью putty вырезал необходимые участки из геномов (командой "seqret X.entret -sask"): coae_gene2.fasta и coae_gene1.fasta. Провел их сравнение программой needle: gene1-gene2.needle. Процент идентичности равен 100%, как и должно быть в большинстве случаев.
---[1384735..1384840]--..--[1379690..1379796]-->
Ген на комплементарной цепи:
<--[1384735..1384840]--..--[1379690..1379796]---
| Положение крайних нуклеотидов | 1379690 | 1379796 | 1380061 | 1380351 | 1383973 | 1384035 | 1384735 | 1384840 |
| Длина участка | 106 | 265 | 290 | 3622 | 62 | 700 | 105 | |
| Самый длинный экзон: | 290 | Экзоны - | ||||||
| Самый длинный интрон: | 3622 | Интроны - | ||||||
| Самый короткий экзон: | 62 | |||||||
| Самый короткий интрон: | 265 | |||||||