Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~alex/Term4/go.html
Дата изменения: Wed May 2 13:59:36 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 06:08:57 2012 Кодировка: Windows-1251 |
Онтология GO (имя) | Количество ассоциированных терминов GO | Краткий ответ на вопрос | Данные EcoCyc | |
---|---|---|---|---|
Где? | клеточный компонент (cellular component) | 0 | - | - |
Зачем, для чего? | процесс (process) | 1 | для процессов биосинтеза кофермента А | катализ пятого заключительного этапа биосинтеза кофермента А |
Молекулярный механизм? | функция (function) | 5 |
|
формула катализируемой реакции: dephospho-CoA + ATP <=> coenzyme A + ADP |
Специфичность? | своей онтологии GO не имеется, но можно найти в поле function | 3 | связывание с АТФ | В растворе фермент обнаруживается как мономер. В кристалле существует в тримерной форме. При последующем изучении выяснилось, что присутствие сульфат-ионов стабилизирует тримерную форму в растворе. Биологический смысл тримерной формы остается невыясненным. |
В целом БД ЕсоСус представляет более подробную и наглядную информацию (включая графические отображения метаболических путей и реакций). Но данные в нем только по одному организму - Escherichia coli, K12.
Количество записей | Запрос | |
Всего | 50196 | ([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) |
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO | 5646 | (([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) & (([uniprot-DBxref_:F:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*])) |
В том числе нуклеосомных | 44 | (([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) & ((([uniprot-DBxref_:P:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:GO:0000786*])) |
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA и TAS) | 0 | (([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) & ((((((((((((((([uniprot-DBxref_:P:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:GO:0000786*]) ! [uniprot-DBxref_:IC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA:*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC:*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI:*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP:*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI:*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS:*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:ND:*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA:*]) ! [uniprot-DBxref_:NR:*])) |
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) | 0 | (([uniprot-Organism:Arabidopsis*] & [uniprot-Organism:thaliana*]) & ((([uniprot-DBxref_:P:*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:GO:0005887*]) & ([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*])) |
Как видно из таблицы информации о нуклеосомных белках из Arabidopsis thaliana в банке UniProt, аннотированной с помощью терминов GO содержится очень мало. Из 44 вообще занесенных белков мы не можем ни для одного быть на 100% уверенными о его значении и функциях: хороших доказательств нет ни у одного белка. Скорей всего, детальное исследование данной белковой группы началось сравнительно недавно.