Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~aksinia/Term2/Practice8.html
Дата изменения: Tue Apr 4 18:48:46 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 11:36:27 2012 Кодировка: Windows-1251 |
После проведения поиска программой BLASTP в банке swissprot были получены следующие результаты:
После проведения поиска программой BLASTP в банке pdb были получены следующие результаты первой находки в списке:
После проведения поиска программой BLASTP в банке swissprot по гомологу DSBA_YERPE были получены следующие результаты:
Первая по счету находка является тем самым белком, чья последовательность была подана на вход.
После проведения поиска программой BLASTP в банке swissprot по искусственной последовательности, составленной из двух кусочков последовательности DSBA_ECOLI, были получены следующие результаты:
Программа не выдала результата. No significant similarity found - это то, что было в сообщении. Скорее всего причиной этого является то, что кусочки были вырезаны из разных концов последовательности, что ввело в заблуждение программу, т.к. она не восприняла выравнивание с таким большим количеством гэпов.
После повторного проведения выравнивания с другой искусственной последовательностью (с более близкими кусочками) были получены следующие результаты:
При работе с программой BLASTP на сервере EBI, потребовалось ждать довольо долго, что осложнило выполнение задания на поиск белка по гомологу.
HO! Получились разные результаты. Мой белок в списке не восьмой, а десятый, Score - 776, E-value - 2e-74. Разница довольно значительная, что меня очень удивило, потому что поиск проводился по одному банку swissprot.
Accession number искомой последовательности P36944 (наден с помощью поисковой системы SRS по названию организма и gen_name). При поиске в Swiss-Prot программа BLASTP выдала следующий результат:
Score E Sequences producing significant alignments: (Bits) Value gi|2851638|sp|P36944|RBSR_BACSU Ribose operon repressor >gi|2... 610 2e-174 gi|20139764|sp|Q9K6K2|RBSR_BACHD Ribose operon repressor 254 3e-67 gi|20139702|sp|Q9CF41|RBSR_LACLA Ribose operon repressor 241 2e-63 gi|1173387|sp|P43472|SCRR_PEDPE Sucrose operon repressor (Scr op 151 3e-36 gi|115950|sp|P25144|CCPA_BACSU Catabolite control protein A (... 148 3e-35 gi|3024530|sp|Q45831|REGA_CLOSA HTH-type transcriptional regulat 147 6e-35 gi|37999777|sp|Q9CPA2|RBSR_PASMU Ribose operon repressor 142 1e-33 gi|3023459|sp|Q56194|CCPA_STAXY Probable catabolite control prot 135 2e-31 gi|26007033|sp|Q54430|SCRR_STRMU Sucrose operon repressor (Scr o 135 2e-31 gi|18202290|sp|P58258|REGA_CLOAB HTH-type transcriptional regula 133 7e-31 gi|1168844|sp|P46828|CCPA_BACME Glucose-resistance amylase re... 132 1e-30 gi|585043|sp|P37947|DEGA_BACSU HTH-type transcriptional regulato 131 2e-30 gi|82581649|sp|P0ACP0|CYTR_SHIFL HTH-type transcriptional rep... 130 4e-30 gi|38604814|sp|Q8CNV8|CCPA_STAES Probable catabolite control ... 130 4e-30 gi|1172870|sp|P44329|RBSR_HAEIN Ribose operon repressor 130 6e-30 gi|82582997|sp|P0ACQ3|RBSR_SHIFL Ribose operon repressor >gi|... 127 5e-29 gi|82582278|sp|P0ACP9|PURR_SHIFL HTH-type transcriptional rep... 125 1e-28 gi|7388031|sp|O68446|PURR_SALTY HTH-type transcriptional repr... 125 2e-28 gi|119334|sp|P27871|ENDR_PAEPO Probable HTH-type transcriptional 125 2e-28 gi|38604906|sp|Q8NW33|CCPA_STAAW Probable catabolite control ... 124 4e-28С уверенностю можно говорить только о нескольких первых последовательностях (о тех, у которых высокие E-Value). В общем случае проводить поиск ортологов с помощью программы BLASTP не удобно, т.к. результат слишком сомнительный и немногочисленный.