Доменная структура белка DSBA_ECOLI

Pисунок, изображающий полную доменную структуру по данным Pfam.

Положение доменов в 3D-структуре.

Подробное описание домена PF01323

• Cемейство DSBA содержит разнообразный набор белков с thioredoxin-подобной структурой Thioredoxin. Эта семейство также включает 2-hydroxychromene-2-carboxylate (HCCA) isomerase, ферменты, катализирующие один шаг в прокариотическом многоароматическом углеводороде (PAH). Эта семейство также содержит члены с функциями отличными от HCCA isomerase, типа семейства Kappa GSTs (например. GSTK1_RAT), чье сходство с HCCA isomerases не было ранее признано. Последовательность O07298_PSEPU аннотировалась изначально как диоксигеназа, но сейчас это почти наверняка фермент HCCA isomerase. Точно так же последовательность Q9ZI67_PSEST аннотировалась как дегидрогеназа, но сейчас она наиболее вероятно также фермент HCCA isomerase. Кроме того, Rhizobium leguminosarum Q52782_RHILV белок аннотировался как предполагаемый белок передачи glycerol-3-phosphate, но, также наиболее вероятно, будет признан ферментом HCCA isomerase.

  DSBA - подсемейство семейства Thioredoxin. Эффективное и правильное сворачивание структур белков под воздействием бактериальноых дисульфидных мостиков в естественных условиях зависит от класса периплазмических оксиредуктазных белков DsbA, после воздействия фермента из Escherichia coli. Фактор сворачивания белоков DsbA - окисления thioredoxin семейства. DsbA катализирует связывание дисульфидного мостика в течение сворачивания спрятанных белков. Чрезвычайно окисляющая природа DsbA была предложена, чтобы следовать движениям области связывания или стабилизирования взаимодействий активного участка в уменьшенной форме. Высоко окисляющая природа DSBA - результат водородного взаимодействия, электростатических и дипольных взаимодействий спиралей. В патогенной бактерии Vibrio cholerae, гомолог DSBA (TcpG) ответственен за сворачивание, созревание и укрывательство факторов ядовитости.

  В то время как полная структура TcpG и DSBA подобна, и поверхностные особенности сохранены в TcpG, есть существенные различия. Например, активная спираль участка следует из петли с тремя остатками в DSBA, но создана пролином в TcpG (делающий TcpG, более похожим на thioredoxin в этом отношении). Кроме того, предложенный пептид TcpG существенно сокращен по сравнению с темже из DSBA из-за удаления с шестью остатками. Кроме того, гидрофобный карман TcpG более мелок, и кислый участок намного менее обширен чем тот из E. coli DSBA.

• Всего известно 514 белков с доменом DSBA.

• Таксон		Количество белков с доменом PF01323
  Эукариоты	Растения	3
  	Грибы	18
  	Животные	15
  Бактерии		465
  Археи		9
  Прочие		4

• Чаще всего домен DSBA встречается в сочетании с другими доменами. Единственный он лишь Q6P4H0_HUMAN.

  Известны случаи дубликации этого домена, в том числе утроение в Q4NTJ7_9DELT.

  Известны случаи перестановки двух доменов, если один из них - DSBA. Это можно увидеть, сравнивая домены Q4IL01_GIBZE и Q4NNY2_9DELT.