В этом семестре мы научились искать информацию о белках с помощью различных банков данных, выравнивать аминокислотные последовательности, строить матрицы переходных вероятностей замен аминокислотных остатков, пользоваться UNIXом, строить парные выравнивания с помощью программ из пакета EMBOSS, искать последовательности в банках данных по гомологии с помощью программы BLAST, строить множественные выравнивания с помощью программы Clustal, анализировать расположение консервативных и диагностических позиций на трехмерной структуре с помощью Rasmol, строить паттерны для участков множественного выравнивания, а затем использовать их для поиска родственных белков, познакомилась с базами данных Pfam, PROSITE , InterPro, научились искать "далеких" гомологов белка с помощью программы PSI-BLAST, строить матрицы переходов для глобального и локального выравнивания и т.д.
Результаты работы во втором семестре:

• Поиск в банках аминокислотных последовательностей белков с теми же функциями, что и фоктор элонгации Ecoli EFTS
• Алгоритмы попарного выравнивания
• Работа с BlastP
• Описание общей доменной структуры EFTS и известных мотивов в его аминокислотной последовательности
• Деревья