Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~adelya/alignment.html
Дата изменения: Tue Oct 12 22:38:23 2004
Дата индексирования: Tue Oct 2 01:06:53 2012
Кодировка: Windows-1251
Парные выравнивания с помощью программ из пакета EMBOSS Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей
Работа с программами: needle, water, matcher (пакет программ EMBOSS) на сервере pvm.belozersky.msu.ru, Excel
Часть 1.

Матрица переходов


Параметры построения матрицы переходов: вес совпадения = 2, вес замены = -1, штраф за делецию = -2.

1) Глобальная матрица переходов
В построении матрицы использовались следующие последовательности: LRERT и RER.

Оптимальное выравнивание в соответствии с полученной матрицей: 


LRERT

-RER-
Вес оптимального пути: 2

2) Локальная матрица переходов
Матрица строилась для следующих последовательностей: EITASLVKE и ITVKE.

Оптимальное выравнивание в соответствии с полученной матрицей: 


VKE

VKE
Вес оптимального пути = 6
Субоптимальное выравнивание: 

IT

IT
Вес субоптимального пути = 4
Часть 2.

Поиск участков локальной гомологии


Для выполнения этого задания была использнована программа matcher из пакета EMBOSS
Последовательности, использованные для построеноя локального выравнивания:

>P02997|EFTS_ECOLI
SHPALTQLRALRYSKEIPALDPQLLDWLLLEDSMTKRFEQQGKTVSVTMIREGFVEQNEI PEELPLLPKESRYWLREILLSADGEPWLAGRTVVPVSTLSGPELALQKLGKTPLGRYLFT SSTLTRDFIEIGRDAGLWGRRSRLRLSGKPLLLTELFLPASPLY

>regionP02997|EFTS_ECOLI
TQLRALRYCKSGKPLLLTEL

Вторая последовательность искусственно создана из двух участков первой последовательности : из 6-15 и 147-156 остатков.

Полученные локальные выравнивания:

Часть 3.

Влияние параметров на глобальное выравнивание
При помощи программы needle из пакета EMBOSS были построены глобальные выравнивания с использований разных матриц аминокислотных замен и разных штрафов за открытие делеции. Для демонстрации были отобраны 2 наиболее отличающихся выравнивания : В качестве матрицы замен использовалась матрица "BLOSUM62", штраф за открытие делеции "10", штраф за продолжнение делеции "1" : 

                   1 SHPALTQLRALRYSKEIPALDPQLLDWLLLEDSMTKRFEQQGKTVSVTMI     50
                                                                       
seq3               1                                                         0

                  51 REGFVEQNEIPEELPLLPKESRYWLREILLSADGEPWLAGRTVVPVSTLS    100
                                                                       
seq3               1                                                         0

                 101 GPELALQKLGKTPLGRYLFTSSTLTRDFIEIGRDAGLWGRRSRLRL----    146
                                                              ::||.    
seq3               1                                          TQLRALRYC      9

                 147 -SGKPLLLTELFLPASPLY    164
                      ||||||||||        
seq3              10 KSGKPLLLTEL             20
В качестве матрицы замен использовалась матрица "BLOSUM40", штраф за открытие делеции "1", штраф за продолжнение делеции "1" : 
     

                   1 SHPALTQLRALRY--S-KEIPALDPQLL-DWLLLEDSMTKRFEQQGKTVS     46
                          ||||||||  | |  | |   || : |                  
seq3               1      TQLRALRYCKSGK--P-L---LLTE-L                       20

                  47 VTMIREGFVEQNEIPEELPLLPKESRYWLREILLSADGEPWLAGRTVVPV     96
                                                                       
seq3              21                                                        20

                  97 STLSGPELALQKLGKTPLGRYLFTSSTLTRDFIEIGRDAGLWGRRSRLRL    146
                                                                       
seq3              21                                                        20

                 147 SGKPLLLTELFLPASPLY    164
                                       
seq3              21                        20
Изменение параметра штрафа за первый пропуск напрямую влияет на общий вид выравнивания, а именно на установление взаимного соответствия между аминокислотами двух последовательностей: - первое выравнивание сделано таким образом, что число гэпов минимально, пусть даже в ущерб числу совпадений аминокислот - второе выравнивание включает в себя большее число гэпов, причем сильно рассредоточенных по длине последовательностей, за счет чего достигается более высокое число совпадений. Изменение матрицы замен ведет к сохранению общего вида выравнивания, но к изменению оценки программой качества выравнивания (в баллах) и близости сравниваемых последовательностей (в процентах).

Назад
На главную