Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~agnetta/HSLU_ECOLI.txt Дата изменения: Thu Dec 28 14:48:02 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 01:38:41 2012 Кодировка: Windows-1251

Отчет студента Смирновой Александры, группы П3 за первый блок
первого семестра курса биоинформатики
1. Полное название белка: molecular chaperone and ATPase component of HslUV
protease (из H:\Term1\Practice2\ecoli.embl)
2. Краткое название белка: HSLU_ECOLI (дано преподавателем)
3. Название гена: hslU (дано преподавателем)
4. Номер локуса в бактериальной хромосоме: b3931 (дано преподавателем)
5. Полный путь к файлу, в котором записана аминокислотная последовательность
белка HSLU_ECOLI в формате FASTA: H:\Term1\Practice2\HSLU_ECOLI.fasta
6. Длина последовательности: 443 а.о. (подсчет с помощью Excel, см. книгу
AA.xls, лист "aa_freq")
7. Аминокислотный состав белка HSLU_ECOLI (в долях):
(подсчет с помощью Excel, см. книгу AA.xls, лист "aa_freq")

A (Аланин) 0,095
C (Цистеин) 0,005
D (Аспарагиновая кислота) 0,061
E (Глутаминовая кислота) 0,104
F (Фенилаланин) 0,023
G (Глицин) 0,054
H (Гистидин) 0,016
I (Изолейцин) 0,086
K (Лизин) 0,068
L (Лейцин) 0,090
M (Метионин) 0,032
N (Аспарагин) 0,034
P (Пролин) 0,038
Q (Глутамин) 0,052
R (Аргинин) 0,065
S (Серин) 0,050
T (Треонин) 0,047
V (Валин) 0,063
W (Триптофан) 0,007
Y (Тирозин) 0,011
8. Молярная масса белка HSLU_ECOLI: 49600,27 г/моль (подсчет с помощью
Excel, см. книгу HSLU_ECOLI.xls, лист "MW")
При вычислении молекулярной массы белка учитывалось, что при образовании
каждой пептидной связи выделяется вода. Сначала количество аминокислотных
остатков умножается на их молярные массы. Эти числа суммируются(число 1). Затем
из числа, суммирующего все аминокислотные остатки, мы вычитаем единицу,
получившееся число - количество пептидных связей. Это число мы умножаем на 18
(молярную массу воды). Это число 2. В итоге, вычитая из первого числа
второе, получаем искомую молярную массу белка.
9. Относительное содержание гидрофобных и гидрофильных
аминокислотных остатков:
(подсчет с помощью Excel, см. книгу HSLU_ECOLI.xls, лист "HPhob")
0,874371859 - в белке HSLU_ECOLI
1,100214362 - протеоме Escherichia coli K-12
7,37056928 - в транспортных белках класса TC.2.A.
Вычислено отношение гидрофобных аминокислотных остатков к гидрофильным. Можно
видеть, что отношение для белка HSLU_ECOLI приближено к отношению в протеоме
Escherichia coli K-12, а отношение в транспортных белках класса TC.2.A.
превосходит их в 7 раз. Это объясняется тем, что количество гидрофобных
остатков намного превышает количество гидрофильных.
10. Средний электрический заряд белка HSLU_ECOLI:
(подсчет с помощью Excel, см. книгу HSLU_ECOLI.xls, лист "Mean Charge")
при pH=1 65,94195707
при pH=7 -13,03779218
при pH=8 -14,68209146
При этом расчете полагалось, что средний суммарный заряд молекулы белка
равен сумме средних зарядов боковых цепей входящих в него аминокислотных
остатков.
11. Качественное сравнение аминокислотного состава белка HSLU_ECOLI,
среднего состава протеома E.coli и равномерного распределения.
Самые существенные отличия:
а) среднего аминокислотного состава протеома кишечной палочки от
равномерного распределения аминокислотных остатков:
Средняя частота в E.coli аминокислот Alanine, Glycine и Leucine превышает
уровень равномерного распределения аминокислот.
Средняя частота в E.coli аминокислот Cysteine, Histidine и Tryptophan
ниже уровня равномерного распределения аминокислот. Это может быть связано
со сложным строением этих аминокислот: Cysteine сожержит серу, а
Histidine и Tryptophan содержат гетероциклы.

б) аминокислотного состава белка HSLU_ECOLI от среднего.
Средняя частота аминокислот Alanine, Glutamic Acid, Isoleucine, Leucine
в HSLU_ECOLI превышает уровень равномерного распределения аминокислот.
Средняя частота аминокислот Cysteine, Histidine, Tryptophan и Tyrosine
в HSLU_ECOLI ниже уровня равномерного распределения аминокислот.
Снижение уровня аминокислот Cysteine, Histidine, Tryptophan и Tyrosine
может быть обусловлено их строением. Cysteine сожержит серу, Histidine
и Tryptophan содержат гетероциклы, а Tyrosine содержит бензольное кольцо.