Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~a_anisenko/term3/overlap.txt Дата изменения: Mon Sep 27 17:48:00 2010 Дата индексирования: Tue Oct 2 11:57:54 2012 Кодировка:

Overlap area in Angstrom^2 between polygons defined by atoms on successive
bases. Polygons projected in the mean plane of the designed base-pair step.

Values in parentheses measure the overlap of base ring atoms only. Those
outside parentheses include exocyclic atoms on the ring. Intra- and
inter-strand overlap is designated according to the following diagram:

i2 3' 5' j2
/|\ |
| |
Strand I | | II
| |
| |
| \|/
i1 5' 3' j1

step i1-i2 i1-j2 j1-i2 j1-j2 sum
1 GG/UC 1.25( 0.15) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.42( 0.00) 2.67( 0.15)
2 GC/GU 7.06( 4.45) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.41( 3.81) 13.48( 8.26)
3 CC/GG 0.11( 0.00) 0.00( 0.00) 0.35( 0.00) 3.20( 1.76) 3.65( 1.76)
4 CC/GG 0.17( 0.00) 0.00( 0.00) 0.23( 0.00) 3.65( 2.26) 4.06( 2.26)
5 CC/GG 0.98( 0.18) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 2.53( 1.08) 3.54( 1.25)
6 CA/UG 0.21( 0.00) 0.00( 0.00) 1.33( 0.10) 0.75( 0.07) 2.29( 0.17)
7 AG/CU 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.50( 0.24) 1.50( 0.24)
8 GG/CC 2.59( 1.07) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.40( 0.75) 4.99( 1.82)
9 GG/CC 4.29( 3.00) 0.00( 0.00) 0.03( 0.00) 0.63( 0.00) 4.94( 3.00)
10 GG/CC 3.63( 2.33) 0.00( 0.00) 0.17( 0.00) 0.10( 0.00) 3.91( 2.33)
11 GG/CC 4.14( 2.50) 0.00( 0.00) 0.55( 0.00) 0.00( 0.00) 4.70( 2.50)
12 GU/AC 6.60( 3.78) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 2.06( 0.26) 8.66( 4.04)
13 UU/GA 5.42( 2.56) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.64( 1.99) 10.05( 4.55)
14 UG/CG 0.00( 0.00) 0.39( 0.00) 0.55( 0.00) 1.06( 0.01) 2.00( 0.01)
15 GU/CC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00)
16 UA/GC 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 5.54( 2.19) 0.00( 0.00) 5.54( 2.19)
17 AU/AG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.06( 1.72) 4.06( 1.72)
18 UG/UA 0.00( 0.00) 2.57( 0.20) 6.41( 4.80) 0.00( 0.00) 8.98( 5.00)
19 GG/CU 2.51( 1.02) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.17( 0.02) 3.69( 1.04)
20 GA/UC 3.70( 2.23) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 3.70( 2.23)
21 AC/GU 3.53( 2.12) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.99( 2.30) 8.52( 4.42)
22 CG/AG 1.13( 0.67) 0.00( 0.00) 0.58( 0.00) 0.00( 0.00) 1.71( 0.67)
23 GC/GA 5.75( 2.82) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 1.60( 0.00) 7.35( 2.82)
24 CG/CG 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.94( 2.16) 0.00( 0.00) 4.94( 2.16)
25 GG/CC 2.84( 1.31) 0.00( 0.00) 1.06( 0.00) 0.00( 0.00) 3.91( 1.31)
26 GC/GC 6.78( 3.83) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 6.83( 3.68) 13.61( 7.51)
27 CC/GG 0.71( 0.00) 0.00( 0.00) 0.48( 0.00) 2.70( 1.19) 3.90( 1.19)
28 CC/AG 5.36( 2.29) 0.00( 0.00) 0.00( 0.00) 4.47( 2.30) 9.84( 4.59)