Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Wiolanta/t4_files/Protocol8.html
Дата изменения: Mon May 29 16:46:50 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 13:46:04 2012
Кодировка: Windows-1251
Исследование филогенетического дерева белкового семейства MIP из порядков Lactobacillales и Alphaproteobacteria
На главную страницу семестра

Исследование филогенетического дерева белкового семейства MIP из порядков Lactobacillales и Alphaproteobacteria

 

Для исследования филогенетического дерева белкового семейства MIP из порядков Lactobacillales и Alphaproteobacteria оно было сперва построено. Выборка белков составлялась из оных, относящихся к организмам, которые можно разделить на три части:

  • белки семейства MIP из порядков Lactobacillales и Alphaproteobacteria (из одного штамма каждого организма);
  • все белки семейства MIP из архей (на рисунках показаны ярко-красными линиями);
  • внешнюю группу (outgroup) — Q65YQ3_CHICK, Q5W916_BOMMO, AQP3_HUMAN (на рисунках показаны более жирными линиями).

    Поставленная задача: найти в выборке не менее трех ортологов и трех паралогов. Это было сделано по следующему принципу:

  • паралоги - белки, произошедшие от одного предка, в одном организме (на рисунках показаны линиями синих оттенков);
  • ортологи - белки, произошедшие от одного предка, находящиеся в разных организмах (на рисунках показаны линиями красных оттенков).


    Для определения белков-ортологов было также построено таксономическое дерево (раскраска такая же):

    Паралоги
    Организм Белок первый Белок второй
    AGROBACTERIUM TUMEFACIENS (STRAIN C58 / ATCC 33970) AQPZ1_AGRT5 (Aquaporin Z 1) AQPZ2_AGRT5 (Aquaporin Z 2)
    RHIZOBIUM MELILOTI (SINORHIZOBIUM MELILOTI) AQPZ1_RHIME (Aquaporin Z 1) AQPZ2_RHIME (Aquaporin Z 2)
    STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE Q97PV1_STRPN (Putative glycerol uptake facilitator protein) Q97P66_STRPN (Aquaporin)

    Ортологи
    Белок первый из организма Белок второй из организма
    Q836C3_ENTFA (Aquaporin Z) ENTEROCOCCUS FAECALIS (STREPTOCOCCUS FAECALIS) Q5LUT3_SILPO (Aquaporin Z) SILICIBACTER POMEROYI
    Q3PMJ8_NITHA (Major intrinsic protein precursor) NITROBACTER HAMBURGENSIS X14 Q3V8T6_9SPHN (Major intrinsic protein precursor) SPHINGOPYXIS ALASKENSIS RB2256
    Q48XC8_STRP1 (Glycerol uptake facilitator protein) STREPTOCOCCUS PYOGENES SEROTYPE M1 Q88ZE9_LACPL (Glycerol uptake facilitator protein) LACTOBACILLUS PLANTARUM

    Ниже приведено филогенетическое дерево с отмеченными ортологами и паралогами:

    Как можно видеть, ортологи и паралоги бывают разными:

  • паралоги могут быть очень близкими по последовательности, как первые два примера (Identity 82.6% и 84.9% соответственно), но могут быть и достаточно далекими (последняя пара: 24.2% Identity, 39.6% Similarity);
  • ортологи тоже бывают разными по сходству аминокислотных последовательностей, но поскольку я рассматривала оных из достаточно далеких родственников, но и сходство между ними соответствующее: максимум Identity у третьей пары - 52.1% (Similarity 68.3%), минимум - у второй - 24.9% (Similarity 37.9%). Связать это с расположением организмов на таксономическом дереве я не могу, так как сайт NCBI выдал мне дерево с одинаковыми расстояниями (4,00) на всех ветках и у него (дерева) из одного узла выходит до пяти веток, в результате чего по моим подсчетам получилось, что между двумя организмами из одной пары во всех трех случаях расстояние одинаковое (5*4,00).

    На главную страницу семестра

    © Закирзянова Виоланта, 2006