Матрицы весов аминокислотных замен

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Wiolanta/t2_files/blosum.html
Дата изменения: Mon Apr 18 18:11:37 2005
Дата индексирования: Tue Oct 2 12:06:51 2012
Кодировка: Windows-1251

На главную страницу семестра

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS,
отвечающего белку CAN_ECOLI

Описание блока:

Идентификатор блока: IPB001765A

В блоке 161 последовательность
(Здесь представлена только часть блока)

Ширина блока - 44 аминокислотных остатка

Блок был взят отсюда.

Цвета, обозначающие степень консервативности аминокислот:

Розовый цвет - более 80% идентичности;

Голубой - более 60% идентичности;

Зеленый - более 40% идентичности;

Белый - менее 40% идентичности.

Веса аминокислотных замен

Вычисление весов аминокислотных замен
на основе множественного выравнивания блока IPB001765A из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот	n_αβ	p_αβ	q_α	q_β	s_αβ
Asp, Asp	13167	0,027	0,045	0,045	8
Asp, Asn	1230	0,0025	0,045	0,032	0
Asp, Met	43	0,00009	0,045	0,031	-10

n_αβ — количество пар αβ
p_αβ — частота встречаемости пары аминокислот αβ
q_α — частота встречаемости аминокислоты α
q_β — частота встречаемости аминокислоты β
s_αβ — вес замены аминокислоты α на аминокислоту β
Cуммарное количество пар N=492272.

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

Пара аминокислот	n_αβ	p_αβ	q_α	q_β	s_αβ
Asp, Asp	2380388	0,010	0,045	0,045	5
Asp, Asn	1137746	0,005	0,045	0,042	1
Asp, Met	306465	0,00134	0,045	0,040	-3

Обозначения те же, что и в предыдущей таблице.
Cуммарное количество пар N=229168446.

Сравнение весов аминокислотных замен

Пара аминокислот	Блок IPB001765A	200 блоков	BLOSUM62
Asp, Asp	8	5	6
Asp, Asn	0	1	1
Asp, Met	-10	-3	-3

      Как видно из таблицы, вес замены аспарагиновой кислоты на нее же саму гораздо выше веса замены ее на аспарагин. Это естественно, так как строение этих аминокислот несколько различается, а значит, эта замена может повлечь изменение свойств белка.
      Что касается замены аспарагиновой кислоты на метионин, опять же неудивительно, что вес этой замены отрицательный. Ведь у этих аминокислот полное различие строения (не придираясь к -CH₂- группе в начале радикалов) и, во многом, свойств. Результат этой замены может стать еще худшим, и изменение свойств белка может проявиться сильнее.
      Если сравнить веса данных замен, вычисленные и взятые из матрицы BLOSUM62, то видно, что они во многом различаются между блоком IPB001765A и BLOSUM62, а данные из 200 блоков почти похожи на данные из BLOSUM62. Это связано с тем, что веса из BLOSUM62 вычислены исходя из большего количества белков, и результат оказывается точнее (на самом деле, более средний). В 200 блоков тоже включено большое количество белков. А в блоке IPB001765A только 161 последовательность, поэтому полученный результат - средний для него - может отличаться от весов из BLOSUM62 и 200 блоков, что и происходит в большей или меньшей степени.