Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Wiolanta/t3_files/tRNA.doc Дата изменения: Sat Mar 11 14:17:16 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 09:34:18 2012 Кодировка: koi8-r

Структура тРНК фенилаланина
из Saccharomyces cerevisiae.


Закирзянова Виоланта Владимировна,
201 группа, ФББ, МГУ.


Аннотация. Здесь представлен отчет по вторичной структуре тДНК.

Ключевые слова: тРНК, вторичная структура, третичная (пространственная)
структура, водородне связи, стекинг-взаимодействия.

Мною была исследована вторичная структура фенилаланиновой тРНК, а также
причины ее такого строения. Известно, что тРНК в большинстве случаев
имеет вид листа клевера, которая в пространстве складывается в фигуру,
похожую на латинскую букву L. Для визуализации вторичной и третичной
структуры была сделан рисунок (рис.1) и создан скрипт к pdb-файлу со
структурой тРНК (см. далее).
[pic]
Нуклеотиды, окрашенные в синий цвет - неканоническая пара; бордовым
выделен антикодон AAG. Нуклеотиды, слева от которых стоит цифра, -
нестандартные:
1. 2N-метилгуанозин-5'-монофосфат; 2. 5,6-дигидроуридин-5'-монофосфат; 3.
N2-диметилгуанозин-5'-монофосфат; 4. O2'-метилицитидин-5'-монофосфат; 5.
O2'-метилгуанозин-5'-монофосфат; 6. вибутозин; 7. псевдоуридин-5'-
монофосфат; 8. 5-метилцитидин-5'-монофосфат; 9. 7N-метил-8-гидрогуанозин-
5'-монофосфат; 10. 5-метилуридин-5'-монофосфат; 11. 6-гидро-1-
метиладенозин-5'-монофосфат.
[pic]
На данном рисунке показана схема вторичной структуры исследуемой РНК,
предсказанная программой «mfold», наиболее похожая на реальную структуру
(параметр P программы равен 10); как мы видим, они отличаются только в
деталях.
За стабильность пространственной структуры тРНК отвечают следующие связи
(они показаны на первом рисунке):
Водородные связи (на рисунке - штрихованные линии красных оттенков): 14A-
8U,
15G-48C,
19G-56C.
Стекинг-взаимодействия (на рисунке - сплошные линии зеленых оттенков):
46G-21A-48C,
57G-18G-
58A.
Скрипт, созданный для визуализации строения тРНК фенилаланина
P.S. Материалы и методы. Структура тРНК извлечена из записи 1tra банка
PDB (цепь a). Комплементарность пар определена программой «find_pair»
пакета 3DNA и «analyze». Результаты обработаны с помощью программы
«mfold», работающей по алгоритму Зукера. Первый рисунок построен с
помощью программы Paint.