Средствами поисковой системы SRS в БД Swiss-Prot были найдены последовательности заданной выборки. Полученный список был отредактирован удалением белковых фрагментов (последовательностей короче 90 а.о.) и белков из разных подвидов одного вида.
         Файл с аминокислотными последовательностями выборки лежит здесь. Список организмов находится здесь.

         Множественное выравнивание и филогенетическое дерево белков было построено с помощью инструмента ClustalX. Визуализация проводилась в GeneMaster.

          Ортологами называются белки, возникшие из общего предка в процессе видообразования. Также, обычно, они имеют схожие функции. Как следствие, потенциальными ортологами можно считать близкорасположенные на филогенетическом дереве белки из родственных организмов.
         Используя это правило можно определить 6 пар явных ортологов: это группы C, D, F, H, J и M.
         Еще в 4-х случаях (A, B, K, L) мы можем проследить ортологию одного белка какому-либо из двух других (например, в группе A, белок Q4JDG2_9CHON может быть ортологичен как Q4JDG4_BATEA, так и HBA_BATEA), при этом сделать какие-либо выводы насчет ортологичной пары можно только по схожести-различию функций. К сожалению, функции белков изучаемого семейства не отличаются особым разнообразием, что не позволяет использовать этот метод.
         Группа G аналогична вышеописанным, за исключением того, что в ней возможны 5 вариантов попарной ортологии.

         Паралогами называются белки, возникшие в ходе дупликации какого-либо гена. Как следствие, паралоги по определению принадлежат одному виду и, как правило, имеют разные функции.
         Таким образом к паралогам можно отнести группы E и I, белки одного организма из групп A, B, K и L.
         В группе G можно предположить наличие двух пар паралогов, однако возможен и иной вариант: белки HBD_LOXAF, HBD_ELEMA и HBB_LOXAF, HBB_ELEMA являются соответствующими парами ортологов, в этом случае паралогия в данной групппе отсутствует.