Классификация функций. Ферменты.

Расшифровка кода фермента ЕС 2.2.1.2

EC 2. — Трансферазы (Transferases)

Ферменты данного типа осуществляют перенос фунциональных групп.

EC 2.2. — Переносчики альдегидных и кетоновых групп
(Transferring aldehyde or ketonic groups)

Название полностью отражает особенности.

EC 2.2.1. — Транскетолазы и Трансальдолазы
(Transketolases and Transaldolases)

Единственный подкласс вышеуказанного класса.

EC 2.2.1.2 — Трансальдолаза (Transaldolase)

Катализирует реакцию переноса альдегидной группы
с седогептулоза-7-фосфата на D-глицероальдегид-3-фосфат
по реакции:
sedoheptulose 7-phosphate + D-glyceraldehyde 3-phosphate =
= D-erythrose 4-phosphate + D-fructose 6-phosphate

Дополнительные вопросы:

Когда был организован IUPAC? — в 1919 году (взято здесь);

Когда была организована международная комиссия
по номенклатуре ферментов? — в 1956 году (взято здесь);

Когда были утверждены последние изменения/уточнения
в номенклатуре ферментов? — в 2005 году (взято здесь).

Использование средств ресурса BRENDA для описания
фермента с кодом ЕС 2.2.1.2

Схема ферментативной реакции трансальдолазы (фермента с кодом EC 2.2.1.2):

Общее число трансальдолаз в BRENDA — 255;

Пример ингибитора трансальдолаз — тетранитрометан (tetranitromethane):

Активаторы трансальдолаз в BRENDA отсутствуют;
По пункту "Оптимум pH" для данного фермента было найдено 7 записей,
разброс значений довольно невысок: 7.3 — 8.5, среднее: 7.9;

Дополнительные вопросы:

Болезней, связанных с ферментом трансальдолазой в BRENDA обнаружено
не было;
По пункту "Субъединичная структура" BRENDA содержит 7 неполностью проаннотированных записей. Указано наличие нескольких видов димеров (отличающихся молекулярной массой субъединиц) и мономера;
Данные о посттрансляционных модификациях трансальдолаз в BRENDA отсутствуют.

Сравнение ферментов с кодом ЕС 2.2.1.2 из эволюционно далеких организмов.

Поиск ферментов с заданным ЕС-кодом в протеомах человека, Escherichia coli K-12 и археи Methanococcus jannaschii производился в БД UniProt с помощью поисковой системы SRS, по запросу:

([swissprot-ECNumber:2.2.1.2*] & (([swissprot-ID:*_ecoli*] | [swissprot-ID:*_human*]) | [swissprot-ID:*_metja*]))

Всего было найдено 4 белка, два бактериальных, один человеческий и один архейный:

Swiss-Prot ID
белка Изображение доменной
структуры Pfam ID
домена Координаты

начала: конца:

TALA_ECOLI PF00923 12 312

TALB_ECOLI PF00923 12 312

TALDO_HUMAN PF00923 23 326

TAL_METJA PF00923 2 216

Попарное выравнивание доменов найденных белков было получено с помощью инструмента needle, с использованием следующего скрипта:


protid=(TALA_ECOLI TALB_ECOLI TALDO_HUMAN TAL_METJA)
domstart=(12 12 23 2)
domend=(312 312 326 216)
i=0
while test $i -le 3
do
seqret sw:${protid[$i]} -sbegin ${domstart[$i]} 
-send ${domend[$i]} -outseq ${protid[$i]}
((i++))
done
echo start > result
i=3
j=0
while test $i -gt 0
do
while test $j -lt $i
do
ident=`needle "${protid[$i]}" "${protid[$j]}" -gapopen 10 -gapextend 0.5 -auto stdout| 
grep "# Identity:" | fold -w 25| grep "%" | fold -w 4 | grep -v "%" | tr "." ","`
echo ${protid[$j]} - ${protid[$i]} $ident >>result
((j++))
done
let j=0
((i--))
done

В результате была получена следующая таблица:

TALA_ECOLI - TAL_METJA 23,5% TALB_ECOLI - TAL_METJA 24,2% TALDO_HUMAN - TAL_METJA 25,7% TALA_ECOLI - TALDO_HUMAN 59,7% TALB_ECOLI - TALDO_HUMAN 60,7% TALA_ECOLI - TALB_ECOLI 65,8%

Как можно заметить, архейный фермент одинаково далек и от бактериальных, и от человеческого, в то время как последние довольно близки между собой.