Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~TheWatcher/Term3/report.doc Дата изменения: Tue Oct 4 13:24:11 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 10:47:01 2012 Кодировка: koi8-r

Структура аспартатной тРНК из SACCHAROMYCES CEREVISIAE
Автор: Бурков Б.А.
Будущий рядовой 202-й роты Бобруйской
дивизии народного ополчения


тРНК- относительно небольшие молекулы, длина их варьирует от 74 до 95
нуклеотидных остатков. Все тРНК имеют общие черты как в их первичной
структуре, так и в способе складывания полинуклеотидной цепи во вторичную
структуру за счет взаимодействиями между основаниями нуклеотидных
остатков.[1] Вторичная структура тРНК представляет собой «клеверный лист»,
который в третичной структуре «склеивает ласты», приобретая L-форму
(названа так из-за схожести с буквой L).[2]

Водородные связи в кристаллизованной тРНК (получены с помощью find_pair из
пакета 3DNA):

|? пары |? |Основание |Пара |Основани|? основания|
| |основания | | |е | |
|1 |C:.01_ |:[..U] |U-----A|[..A] |:.72_:C |
|2 |C:.02_ |:[..C] |C-----G|[..G] |:.71_:C |
|3 |C:.03_ |:[..C] |C-----G|[..G] |:.70_:C |
|4 |C:.04_ |:[..G] |G-----C|[..C] |:.69_:C |
|5 |C:.05_ |:[..U] |U-*---G|[..G] |:.68_:C |
|6 |C:.06_ |:[..G] |G-----C|[..C] |:.67_:C |
|7 |C:.07_ |:[..A] |Ax---xU|[..U] |:.66_:C |
|8 |C:.50_ |:[..G] |G-----C|[..C] |:.64_:C |
|9 |C:.51_ |:[..G] |G-----C|[..C] |:.63_:C |
|10 |C:.52_ |:[..G] |G-----C|[..C] |:.62_:C |
|11 |C:.53_ |:[..G] |Gx---xC|[..C] |:.61_:C |
|12 |C:.39_ |:[..G] |G-----C|[..C] |:.31_:C |
|13 |C:.40_ |:[..U] |U-*---G|[..G] |:.30_:C |
|14 |C:.41_ |:[..G] |G-----C|[..C] |:.29_:C |
|15 |C:.42_ |:[..C] |C-----G|[..G] |:.28_:C |
|16 |C:.43_ |:[..C] |C-----G|[..G] |:.27_:C |
|17 |C:.44_ |:[..A] |Ax*---G|[..G] |:.26_:C |
|18 |C:.10_ |:[..G] |G-*---U|[..U] |:.25_:C |
|19 |C:.11_ |:[..U] |U-----A|[..A] |:.24_:C |
|20 |C:.12_ |:[..U] |Ux----A|[..A] |:.23_:C |
|21 |C:.46_ |:[..A] |Ax**--G|[..G] |:.22_:C |
|22 |C:.14_ |:[..A] |A-*--xA|[..A] |:.21_:C |
|23 |C:.15_ |:[..A] |Ax**+xU|[..U] |:.48_:C |
|24 |C:.18_ |:[..G] |Gx---xC|[..C] |:.56_:C |



Ключевые слова:
Толковый словарь Ожегова такой ругани еще не видел: стекинг, L-форма,
канонические и не очень взаимодействия и нуклеотиды, клеверный лист
(трилистник) - как неграмотно звучит!..




















34,35,36
_ GUC _ Антикодон
U 1MG
| |
PSU C
\ /
31C-----G39
G-----U Антикодонный
стебель
D-петля C-----G V -петля

H2U _ G-----C A-U-5MC
5MU - PSU
| C _21 25 27G-----C43 / \50
53/ \
G18 A - G---A-A-U - G-----A -G G-G-G-G
C56
| | | | |
| | | | _A Т-петля
G A- -A- PSU-U-U-GA ----- C-C- C-C _
_A
| / 15 12 10 \ / 64
61 U - U
H2 U D-стебель U G
\ /
Т-стебель
7 A-----U
Акцепторный стебель G-----C
U-----G
G-----C
ГЛЮК-48-50:
C-----G
Несовпадение PDB и out-а.
C-----G
1 U-----A 72
5' G
C
C
A 76

3'











[pic]









Обсуждение:

В общем, получилось довольно похоже. В G-A (26-44), правда, Зукер не
поверил и D-петлю несколько сдвинул, но неизвестно, кому повезло. Что
касается всяких там неспиральных стекингов, то они имеются, например, между
загадочным 49-ым нуклеотидом, невесть куда пропавшим в PDB в поле SEQRES, и
7-ым; между 60-ым и
55-ым ( поддержание T-петли); «бутерброд» с 917-ым в роли сыра и 957-ым и
958-ым в роли хлеба ( т.е. за счет этого взаимодействия отчасти и
поддерживается связь D- и T- петель, т.е. L-форма - очень забавно это
смотрится в PDB) А, кстати, там еще и 918-ый вторым слоем.

Сопроводительные материалы:
Скрипт, PDB, компьютер, 3 логарифмические линейки.





Материалы и методы:
Главных научных методов 2 (медицинский факт!): метод Тыка и метод Подгонки.
К ним сводятся все проделанные работы.





Благодарности:

Спасибо Головину А.В. за шикарное задание. [pic](посмотрите в Yandex'е
поиск по фамилии, затем - в картинках() Спасибо В.В.Власову за важную,
нужную и очень своевременную пару мат. анализа в понедельник. Спасибо А.Р.
Киму за веру(?) в мои силы и Галкину - Deathseller'у за оригинальные
названия файлов.



Литература:
1. О.О.Фаворова, 1998. Строение транспортных РНК и их функция на первом
(предрибосомальном) этапе биосинтеза белков. Соросовский образовательный
журнал, ?11, 71-77 ( http://www.pereplet.ru/nauka/Soros/pdf/9811_071.pdf )
2. Бурков Б.А. 20??. Неизданное (опирался на проверенные источники, в т.ч.
[1]:)