Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Syrena/Term4/GOadd.html
Дата изменения: Sat Mar 24 14:09:44 2007
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:31:48 2012
Кодировка: Windows-1251
GOadd

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO(дополнительное задание)

Описание связей между терминами в онтологиях GO

На страничке GOA термины, ассоциированные с AC:P03004, представлены в виде графа. На этом графе показаны связи между терминами. На рисунке ниже изображена связь термина с тремя родителями.

Регуляция клеточных метаболических процессов входит в состав как регуляции собственно клеточных процессов так и метаболических, также является составной частью клеточных метаболических процессов. Регуляция инициации транскрипции является клеточным процессом(происходит внутри клетки), метаболическим процессом(часть биосинтеза), и клеточным метаболическим процессом (метаболические процессы, связанные с ДНК).
На графе есть связи типа "is a":

Связывание с молекулой ДНК является частным случаем связывания с нуклеиновой кислотой.
Также есть связи типа "part of":

Регуляция ДНК-репликации и инициация ДНК-репликации являются составными частями такого процесса как ДНК-зависимая ДНК репликация.

Исследование качества аннотации группы белков в UniProt

При помощи SRS была получена выборка белков митохондриальной цепи транспорта электронов из организма Homo sapiens при помощи запроса: ((([uniprot-Organism:Homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:Homo sapiens*]) & ((((((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:*mitochondrial*]) & [uniprot-DBxref_:*electron*]) & [uniprot-DBxref_:*transport*]) | [uniprot-DBxref_:GO F: P: C: *mitochondrial* *electron* *tr ansport*]))
Всего получилось 610 белков. Результаты сохранены в файле results.txt.
При помощи команды 
grep -c GO results.txt

было определено количество аннотаций GO: 2726
Количество компьютерных аннотаций было найдено с помощью двух команд 
 grep -c ISS results.txt

В результате получлось 1 
 grep -c IEA results.txt

В этом случае программа выдала 2480 аннотаций.
Из всего этого видно, что подавляющее большинство аннотаций компьютерные. Количество белков в базе данных каждый день пополняется и описывать их с помощью экспериментальных данных не представляется возможным.

©Шишова, Анна