Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Syrena/Term4/GO.html
Дата изменения: Thu Jan 3 03:20:45 2002
Дата индексирования: Tue Oct 2 06:32:27 2012
Кодировка: Windows-1251
GO

Функции генов и их продуктов. Онтологии, GO


Митохондриальная цепь переноса электронов- белковые комплексы, формирующие дыхательную цепь. Комплексы I, III, IV могут перносить протоны, если они встроены в мембрану, как, например, это происходит на внутренней мембране митохондрий

Описание функции конкретного белка с помощью GOA (AC:P03004)

  Онтология GO (имя) Количество ассоциированных терминов GO Краткий ответ на вопрос Данные EcoCyc
Где?       цитоплазма
Зачем, для чего? process 3 связывается с ориджином репликации ингибирует экспрессию генов guaA, dam, rpoH, ftsA, mioC;
Молекулярный механизм? function 5 Данный белок имеет два сайта связывания: один для определенной последовательности ДНК, другой для молекулы АТФ. Способен расщеплять АТФ до АДФ и фосфата. В реакцию вступает в виде DnaA-ATP
Специфичность? function 5 специфично связывается с АТФ, и с ориджином репликации может присоединяться к локусу datA, что способствует уменьшению активности самого белка

Создание больших выборок белков с определенными функциями (поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS)

  Количество записей Запрос
Всего 68950 (([uniprot-Organism:Homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:Homo sapiens*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO 13953 (([uniprot-Organism:Homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) & (([uniprot-DBxref_:C:*] & [uniprot-DBxref_:P:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]))
В том числе (укажите Вашу группу) 579 (((([uniprot-Organism:Homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:Homo sapiens*]) & (((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO C: F: P:*])) & ((((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:*mitochondrial*]) & [uniprot-DBxref_:*electron*]) & [uniprot-DBxref_:*transport*]) | [uniprot-DBxref_:GO C: *mitochondrial* *electron* *transpor t*]))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции (коды только IDA или TAS) 7 (((([uniprot-Organism:Homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:Homo sapiens*]) & ((((((([uniprot-DBxref_:GO:*] & [uniprot-DBxref_:*mitochondrial*]) & [uniprot-DBxref_:*electron*]) & [uniprot-DBxref_:*transport*]) & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO: *mitochondrial* *electron* *transport* C: F: P:*])) & ((((((((((((([uniprot-DBxref_:IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]) ! [uniprot-DBxref_:IC*]) ! [uniprot-DBxref_:IEA*]) ! [uniprot-DBxref_:IEP*]) ! [uniprot-DBxref_:IGC*]) ! [uniprot-DBxref_:IGI*]) ! [uniprot-DBxref_:IMP*]) ! [uniprot-DBxref_:IPI*]) ! [uniprot-DBxref_:ISS*]) ! [uniprot-DBxref_:NAS*]) ! [uniprot-DBxref_:ND*]) ! [uniprot-DBxref_:RCA*]) ! [uniprot-DBxref_:NR*]))
В том числе те, у которых встречается хотя бы один раз самое хорошее доказательство функции (коды только IDA или TAS) 14 (((([uniprot-Organism:Homo*] & [uniprot-Organism:sapiens*]) | [uniprot-Organism:Homo sapiens*]) & ((((((([uniprot-DBxref_:GO*] & [uniprot-DBxref_:C:*]) & [uniprot-DBxref_:*mitochondrial*]) & [uniprot-DBxref_:*electron*]) & [uniprot-DBxref_:*transport*]) & [uniprot-DBxref_:F:*]) & [uniprot-DBxref_:P:*]) | [uniprot-DBxref_:GO C: *mitochondrial* *electron* *transpor t* F: P:*])) & ([uniprot-DBxref_:GO: IDA:*] | [uniprot-DBxref_:TAS:*]))
Среди белков человека, описанных в базе данных UniProt только четверть имеет идентификаторы всех 3-х онтологий. Это говорит о том, что в GO описано полностью сравнительно небольшое количество белков. Хорошее доказательство также представлено у малого количества белков, что также указывает на то, что количество белков с каждым разом увеличивается, а проверять наличие у них той или иной функции достоверными методами практически невозможно.