Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Syrena/Term3/analyse/cf_7methods.par Дата изменения: Mon Nov 6 19:21:12 2006 Дата индексирования: Tue Aug 18 06:48:27 2009 Кодировка:

****************************************************************************
CEHS base-pair parameters
bp Shear Stretch Stagger Buckle Propeller Opening
1 G-C 0.25 -0.15 -0.70 -4.51 5.94 -12.69
2 G-C -0.30 -0.20 -0.71 -14.57 -25.38 11.21
3 G-C -0.20 0.04 -0.36 -5.59 -2.96 6.85
4 C-G 0.17 0.03 -0.50 13.59 -8.56 5.51
5 U-G 2.14 -0.88 -0.65 4.49 -21.45 5.57
6 U-A 0.96 0.04 0.74 -8.07 1.70 7.81
7 G-C 0.98 -0.06 0.13 11.38 -14.01 0.48
8 G-U -1.58 -0.40 -0.01 3.04 -5.03 4.76
9 G-C -1.27 0.11 0.28 -5.40 -11.63 11.76
10 U-A 0.07 -0.16 0.63 -15.33 1.24 1.87
11 G-C 0.01 -0.36 0.03 -7.33 -9.30 -3.49
12 G-C -0.33 -0.32 0.45 -0.14 0.42 -2.88
13 U-A 4.21 -2.30 0.38 -9.52 12.17 -82.18
14 U+G 0.91 -5.11 -0.45 24.07 11.31 -94.23
15 U+U 1.19 5.41 -0.37 -9.00 -12.94 84.99
16 A-C -4.22 -0.63 0.52 21.17 4.95 -10.45
17 G-C -0.73 -0.13 -0.34 -5.47 -3.89 8.14
18 G-C -1.24 -0.08 -0.83 -13.88 -5.20 -0.31
19 G-C -1.15 0.09 -0.35 -19.66 -7.51 3.82
20 U-A 0.29 0.07 0.17 -8.02 -13.55 6.59
21 G-C -0.02 -0.24 -0.46 -21.42 -22.93 -0.82
22 A-G 0.32 1.38 -0.03 -23.39 -21.43 -21.66
23 G-C -0.32 -0.41 -0.11 -5.33 -6.30 -1.79
24 C-G -0.09 0.13 0.66 -19.53 -2.37 10.14
25 U-A -1.05 -0.44 0.52 -9.32 -0.69 -6.13
26 C-G 0.25 0.08 -0.21 7.56 -12.71 -3.10
27 A-U -4.20 -1.95 -0.28 10.27 2.14 -96.84
28 G+C -0.36 4.05 0.77 3.09 -13.13 148.39
29 G-C 0.25 0.08 0.77 -17.78 -13.64 6.49
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.17 -0.08 -0.01 -4.30 -6.72 -0.42
s.d. 1.59 1.74 0.50 12.42 9.76 44.64
****************************************************************************
CEHS base-pair step parameters
step Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
1 GG/CC 0.17 -1.78 3.60 1.06 10.59 34.15
2 GG/CC -1.00 -0.99 2.89 -9.50 14.61 30.69
3 GC/GC 0.66 -1.08 2.71 0.24 4.64 31.73
4 CU/GG 0.67 -1.85 3.77 6.33 6.17 34.02
5 UU/AG -0.76 -2.10 3.38 -8.85 14.78 27.03
6 UG/CA -0.85 -1.62 2.63 10.43 3.15 29.03
7 GG/UC 0.35 -2.17 3.09 -1.78 11.88 26.02
8 GG/CU 0.01 -1.98 3.34 -4.12 0.92 33.17
9 GU/AC -0.75 -1.40 3.45 -3.42 2.00 38.31
10 UG/CA -0.35 -1.65 2.80 2.87 4.75 28.12
11 GG/CC 0.88 -2.55 2.99 -2.32 -3.74 29.89
12 GU/AC -1.38 -2.18 3.64 0.19 -6.67 90.49
13 UU/GA 1.72 -1.51 2.86 15.97 -3.24 45.96
14 UU/UG ---- ---- ---- ---- ---- ----
15 UA/CU 0.65 3.69 0.11 -121.19 119.58 -56.39
16 AG/CC 1.26 -2.36 3.92 -0.02 8.09 43.77
17 GG/CC -0.60 -2.25 3.44 1.29 6.68 27.65
18 GG/CC 0.11 -1.33 3.52 -8.24 9.14 33.53
19 GU/AC -0.35 -0.98 3.05 -3.95 -1.08 36.16
20 UG/CA 0.02 -1.12 3.66 7.18 9.82 35.98
21 GA/GC -1.34 -0.76 3.10 -2.42 -0.30 38.46
22 AG/CG -3.01 -2.70 3.24 15.08 6.69 62.33
23 GC/GC -0.09 -1.86 3.45 -5.45 5.62 33.08
24 CU/AG -0.94 -1.32 2.99 2.13 4.14 28.99
25 UC/GA 1.72 -1.86 2.77 8.23 2.02 32.18
26 CA/UG -1.17 -1.21 3.43 -4.69 3.03 64.70
27 AG/CU 1.83 -4.20 3.08 -0.96 7.04 -70.24
28 GG/CC ---- ---- ---- ---- ---- ----
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.10 -1.58 3.11 -4.07 9.24 30.34
s.d. 1.12 1.29 0.70 24.80 23.13 31.10
****************************************************************************
CompDNA base-pair parameters
bp Shear Stretch Stagger Buckle Propeller Opening
1 G-C 0.26 -0.15 -0.70 -4.50 5.90 -12.71
2 G-C -0.31 -0.22 -0.71 -14.20 -25.25 11.36
3 G-C -0.20 0.04 -0.36 -5.59 -2.96 6.87
4 C-G 0.17 0.03 -0.50 13.55 -8.55 5.57
5 U-G 2.14 -0.89 -0.64 4.41 -21.43 5.58
6 U-A 0.96 0.04 0.74 -8.06 1.70 7.84
7 G-C 0.98 -0.06 0.13 11.29 -14.01 0.49
8 G-U -1.58 -0.40 -0.01 3.03 -5.03 4.76
9 G-C -1.27 0.11 0.28 -5.36 -11.57 11.78
10 U-A 0.07 -0.17 0.63 -15.33 1.24 1.90
11 G-C 0.01 -0.36 0.03 -7.31 -9.30 -3.50
12 G-C -0.33 -0.32 0.45 -0.14 0.42 -2.88
13 U-A 4.20 -2.25 0.66 -8.72 9.13 -82.66
14 U+G 0.83 -5.15 -0.15 21.41 7.45 -96.62
15 U+U 1.19 5.36 -0.82 -8.20 -9.50 85.46
16 A-C -4.21 -0.63 0.56 21.12 4.92 -10.75
17 G-C -0.73 -0.13 -0.34 -5.46 -3.88 8.16
18 G-C -1.24 -0.08 -0.83 -13.86 -5.20 -0.32
19 G-C -1.15 0.09 -0.34 -19.61 -7.50 3.91
20 U-A 0.29 0.07 0.17 -7.96 -13.53 6.62
21 G-C -0.01 -0.24 -0.46 -20.99 -22.92 -0.84
22 A-G 0.32 1.38 0.02 -22.88 -21.00 -22.43
23 G-C -0.32 -0.41 -0.11 -5.32 -6.30 -1.79
24 C-G -0.09 0.13 0.67 -19.50 -2.36 10.39
25 U-A -1.05 -0.44 0.52 -9.31 -0.68 -6.16
26 C-G 0.25 0.08 -0.21 7.51 -12.70 -3.11
27 A-U -4.21 -1.95 -0.10 9.09 1.41 -97.25
28 G+C -0.38 4.11 0.31 2.30 -3.57 148.61
29 G-C 0.25 0.08 0.76 -17.64 -13.62 6.62
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.18 -0.08 -0.01 -4.35 -6.51 -0.52
s.d. 1.58 1.74 0.50 12.04 9.14 44.96
****************************************************************************
CompDNA base-pair step parameters
step Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
1 GG/CC 0.17 -1.73 3.63 2.01 10.59 33.88
2 GG/CC -0.99 -0.95 2.91 -10.40 15.27 30.44
3 GC/GC 0.65 -1.07 2.72 0.33 4.96 31.69
4 CU/GG 0.66 -1.83 3.78 6.57 6.28 34.00
5 UU/AG -0.77 -2.08 3.39 -9.30 14.73 26.85
6 UG/CA -0.85 -1.62 2.63 10.54 3.29 29.13
7 GG/UC 0.35 -2.17 3.09 -1.70 11.93 25.88
8 GG/CU 0.01 -1.96 3.35 -3.62 0.96 33.19
9 GU/AC -0.74 -1.38 3.46 -3.93 2.26 38.32
10 UG/CA -0.35 -1.65 2.80 2.74 4.83 28.12
11 GG/CC 0.88 -2.55 2.98 -2.19 -3.83 29.87
12 GU/AC -1.50 -2.12 3.62 1.85 -2.66 90.38
13 UU/GA 1.79 -1.26 2.94 17.31 -5.96 47.16
14 UU/UG ---- ---- ---- ---- ---- ----
15 UA/CU -1.07 3.50 -0.82 -152.45 26.33 -154.63
16 AG/CC 1.28 -2.36 3.92 0.12 8.59 43.64
17 GG/CC -0.59 -2.25 3.44 1.16 6.81 27.59
18 GG/CC 0.11 -1.33 3.52 -8.04 9.01 33.51
19 GU/AC -0.35 -0.96 3.06 -3.61 -0.87 36.19
20 UG/CA 0.02 -1.11 3.66 6.72 10.07 35.87
21 GA/GC -1.35 -0.82 3.08 -4.68 0.02 38.58
22 AG/CG -3.06 -2.74 3.16 16.20 4.66 63.04
23 GC/GC -0.08 -1.85 3.45 -5.17 5.20 33.08
24 CU/AG -0.93 -1.32 2.99 2.09 4.71 28.97
25 UC/GA 1.72 -1.86 2.77 8.06 1.80 32.25
26 CA/UG -1.13 -1.16 3.46 -2.74 1.68 64.77
27 AG/CU 1.95 -3.98 3.28 2.86 5.32 -70.76
28 GG/CC ---- ---- ---- ---- ---- ----
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.16 -1.56 3.09 -4.97 5.61 26.58
s.d. 1.15 1.24 0.87 30.87 6.78 45.03
****************************************************************************
Curves base-pair parameters (by Xiang-Jun Lu)
bp Shear Stretch Stagger Buckle Propeller Opening
1 G-C 0.26 -0.15 -0.70 -4.51 5.89 -12.71
2 G-C -0.31 -0.21 -0.73 -15.26 -24.84 11.55
3 G-C -0.20 0.04 -0.36 -5.59 -2.95 6.86
4 C-G 0.17 0.03 -0.50 13.66 -8.43 5.55
5 U-G 2.15 -0.87 -0.66 4.65 -21.39 5.67
6 U-A 0.96 0.04 0.74 -8.06 1.69 7.82
7 G-C 0.98 -0.05 0.13 11.55 -13.87 0.49
8 G-U -1.58 -0.40 -0.01 3.04 -5.03 4.77
9 G-C -1.27 0.12 0.29 -5.44 -11.54 11.82
10 U-A 0.07 -0.16 0.63 -15.33 1.22 1.88
11 G-C 0.00 -0.36 0.03 -7.38 -9.26 -3.51
12 G-C -0.33 -0.32 0.45 -0.14 0.42 -2.88
13 U-A 4.21 -2.23 0.66 -8.78 9.10 -82.67
14 U+G 0.80 -5.15 -0.15 21.50 7.34 -95.74
15 U+U 1.21 5.36 -0.82 -8.25 -9.47 85.51
16 A-C -4.22 -0.60 0.57 21.18 4.76 -10.58
17 G-C -0.73 -0.12 -0.34 -5.47 -3.87 8.15
18 G-C -1.24 -0.07 -0.83 -13.91 -5.13 -0.31
19 G-C -1.15 0.10 -0.35 -19.73 -7.28 3.86
20 U-A 0.29 0.06 0.17 -8.13 -13.46 6.65
21 G-C -0.02 -0.24 -0.48 -22.26 -22.11 -0.84
22 A-G 0.37 1.37 0.02 -24.01 -20.15 -22.35
23 G-C -0.32 -0.40 -0.11 -5.34 -6.29 -1.79
24 C-G -0.09 0.13 0.67 -19.51 -2.29 10.24
25 U-A -1.05 -0.44 0.52 -9.31 -0.68 -6.14
26 C-G 0.25 0.08 -0.22 7.65 -12.65 -3.13
27 A-U -4.21 -1.95 -0.10 9.09 1.41 -97.08
28 G+C -0.38 4.11 0.31 2.30 -3.57 148.61
29 G-C 0.25 0.08 0.78 -18.01 -13.29 6.58
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.18 -0.08 -0.01 -4.48 -6.40 -0.47
s.d. 1.59 1.74 0.51 12.27 8.98 44.88
****************************************************************************
Curves base-pair step parameters
step Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
1 GG/CC 0.14 -1.73 3.64 2.18 10.56 35.74
2 GG/CC -0.99 -0.95 2.95 -10.43 15.31 29.04
3 GC/GC 0.66 -1.07 2.72 0.31 4.96 31.14
4 CU/GG 0.67 -1.83 3.79 6.54 6.31 34.08
5 UU/AG -0.74 -2.09 3.43 -9.60 14.60 27.35
6 UG/CA -0.84 -1.63 2.65 10.53 3.34 28.38
7 GG/UC 0.36 -2.16 3.11 -1.81 11.92 26.64
8 GG/CU 0.01 -1.96 3.35 -3.62 0.97 33.51
9 GU/AC -0.75 -1.38 3.46 -3.93 2.27 37.96
10 UG/CA -0.35 -1.65 2.80 2.75 4.82 28.51
11 GG/CC 0.87 -2.56 2.99 -2.21 -3.82 29.59
12 GU/AC -1.49 -2.13 3.63 1.86 -2.65 90.19
13 UU/GA 1.77 -1.28 2.98 17.26 -6.18 47.24
14 UU/UG ---- ---- ---- ---- ---- ----
15 UA/CU -1.43 3.37 -11.72 -171.94 14.34 -105.19
16 AG/CC 1.27 -2.36 3.93 0.16 8.59 43.40
17 GG/CC -0.60 -2.25 3.45 1.19 6.81 27.86
18 GG/CC 0.11 -1.33 3.54 -8.03 9.04 33.86
19 GU/AC -0.36 -0.96 3.06 -3.62 -0.83 36.00
20 UG/CA -0.01 -1.11 3.68 7.02 9.88 37.63
21 GA/GC -1.38 -0.77 3.08 -4.67 0.19 38.45
22 AG/CG -3.13 -2.66 3.20 16.33 4.22 60.66
23 GC/GC -0.08 -1.85 3.46 -5.17 5.20 33.14
24 CU/AG -0.93 -1.32 3.00 2.10 4.70 28.82
25 UC/GA 1.72 -1.86 2.77 8.06 1.82 31.73
26 CA/UG -1.13 -1.17 3.46 -2.75 1.66 65.20
27 AG/CU 1.96 -3.98 3.28 2.85 5.32 -70.83
28 GG/CC ---- ---- ---- ---- ---- ----
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.18 -1.56 2.68 -5.72 5.13 28.46
s.d. 1.17 1.22 2.96 34.61 5.62 37.42
****************************************************************************
FreeHelix base-pair parameters (by Xiang-Jun Lu)
bp Shear Stretch Stagger Buckle Propeller Opening
1 G-C 0.26 -0.15 -0.70 -4.50 5.90 -12.71
2 G-C -0.31 -0.22 -0.71 -14.55 -25.46 11.36
3 G-C -0.20 0.04 -0.36 -5.59 -2.96 6.87
4 C-G 0.17 0.03 -0.50 13.59 -8.61 5.57
5 U-G 2.14 -0.89 -0.64 4.49 -21.44 5.58
6 U-A 0.96 0.04 0.74 -8.06 1.70 7.84
7 G-C 0.98 -0.06 0.13 11.38 -14.08 0.49
8 G-U -1.58 -0.40 -0.01 3.04 -5.03 4.76
9 G-C -1.27 0.11 0.28 -5.39 -11.58 11.78
10 U-A 0.07 -0.17 0.63 -15.33 1.25 1.90
11 G-C 0.01 -0.36 0.03 -7.33 -9.31 -3.50
12 G-C -0.33 -0.32 0.45 -0.14 0.42 -2.88
13 U-A 4.20 -2.26 0.66 -8.72 9.18 -82.66
14 U+G 0.87 -5.14 -0.15 21.41 7.73 -96.62
15 U+U 1.18 5.36 -0.82 -8.20 -9.55 85.46
16 A-C -4.21 -0.63 0.56 21.14 5.01 -10.75
17 G-C -0.73 -0.13 -0.34 -5.46 -3.89 8.16
18 G-C -1.24 -0.08 -0.83 -13.88 -5.24 -0.32
19 G-C -1.15 0.09 -0.34 -19.65 -7.61 3.91
20 U-A 0.29 0.07 0.17 -8.02 -13.56 6.62
21 G-C -0.01 -0.24 -0.46 -21.42 -23.32 -0.84
22 A-G 0.32 1.38 0.02 -23.25 -21.46 -22.43
23 G-C -0.32 -0.41 -0.11 -5.33 -6.31 -1.79
24 C-G -0.09 0.13 0.67 -19.50 -2.39 10.39
25 U-A -1.05 -0.44 0.52 -9.31 -0.69 -6.16
26 C-G 0.25 0.08 -0.21 7.56 -12.73 -3.11
27 A-U -4.21 -1.95 -0.10 9.09 1.42 -97.25
28 G+C -0.37 4.11 0.31 2.30 -3.57 148.61
29 G-C 0.25 0.08 0.76 -17.77 -13.78 6.62
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.18 -0.08 -0.01 -4.39 -6.55 -0.52
s.d. 1.58 1.74 0.50 12.11 9.24 44.96
****************************************************************************
FreeHelix base-pair step parameters
step Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
1 GG/CC 0.17 -1.73 3.63 2.02 10.60 33.86
2 GG/CC -0.99 -0.95 2.91 -10.48 15.34 30.45
3 GC/GC 0.65 -1.07 2.72 0.33 4.96 31.70
4 CU/GG 0.66 -1.83 3.78 6.57 6.29 34.00
5 UU/AG -0.77 -2.08 3.39 -9.37 14.79 26.85
6 UG/CA -0.85 -1.62 2.63 10.54 3.31 29.12
7 GG/UC 0.35 -2.17 3.09 -1.71 11.93 25.88
8 GG/CU 0.01 -1.96 3.35 -3.62 0.96 33.18
9 GU/AC -0.74 -1.38 3.46 -3.93 2.27 38.33
10 UG/CA -0.35 -1.65 2.80 2.74 4.83 28.11
11 GG/CC 0.88 -2.55 2.98 -2.20 -3.83 29.87
12 GU/AC -1.51 -2.12 3.62 1.85 -2.66 90.53
13 UU/GA 1.79 -1.26 2.94 17.34 -6.02 46.61
14 UU/UG ---- ---- ---- ---- ---- ----
15 UA/CU 3.02 2.06 -0.82 -90.77 171.99 -154.63
16 AG/CC 1.28 -2.36 3.92 0.12 8.59 43.65
17 GG/CC -0.59 -2.25 3.44 1.17 6.82 27.59
18 GG/CC 0.11 -1.33 3.52 -8.06 9.04 33.51
19 GU/AC -0.35 -0.96 3.06 -3.61 -0.87 36.19
20 UG/CA 0.03 -1.11 3.66 6.74 10.09 35.87
21 GA/GC -1.35 -0.82 3.08 -4.68 0.02 38.49
22 AG/CG -3.05 -2.75 3.16 16.20 4.74 63.12
23 GC/GC -0.08 -1.85 3.45 -5.18 5.21 33.08
24 CU/AG -0.93 -1.32 2.99 2.09 4.71 28.97
25 UC/GA 1.72 -1.86 2.77 8.06 1.81 32.25
26 CA/UG -1.13 -1.16 3.46 -2.74 1.68 64.74
27 AG/CU 1.96 -3.98 3.28 2.86 5.32 -70.70
28 GG/CC ---- ---- ---- ---- ---- ----
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.00 -1.62 3.09 -2.60 11.23 26.56
s.d. 1.29 1.02 0.87 19.28 33.22 45.02
****************************************************************************
NGEOM base-pair parameters
bp Shear Stretch Stagger Buckle Propeller Opening
1 G-C 0.25 -0.15 -0.70 -4.50 5.90 -12.71
2 G-C -0.30 -0.20 -0.71 -14.66 -25.12 11.55
3 G-C -0.20 0.04 -0.36 -5.59 -2.95 6.86
4 C-G 0.17 0.03 -0.50 13.60 -8.51 5.55
5 U-G 2.14 -0.88 -0.65 4.52 -21.42 5.67
6 U-A 0.96 0.04 0.74 -8.06 1.70 7.82
7 G-C 0.98 -0.06 0.13 11.41 -13.97 0.49
8 G-U -1.58 -0.40 -0.01 3.04 -5.03 4.77
9 G-C -1.27 0.11 0.28 -5.40 -11.56 11.82
10 U-A 0.07 -0.16 0.63 -15.33 1.23 1.88
11 G-C 0.00 -0.36 0.03 -7.34 -9.28 -3.51
12 G-C -0.33 -0.32 0.45 -0.14 0.42 -2.88
13 U-A 4.22 -2.26 0.47 -8.73 9.13 -82.67
14 U+G 0.85 -5.14 -0.23 21.42 7.51 -95.74
15 U+U 1.21 5.38 -0.61 -8.21 -9.51 85.51
16 A-C -4.22 -0.61 0.52 21.15 4.87 -10.58
17 G-C -0.73 -0.13 -0.34 -5.46 -3.88 8.15
18 G-C -1.24 -0.07 -0.83 -13.88 -5.18 -0.31
19 G-C -1.15 0.10 -0.35 -19.67 -7.43 3.86
20 U-A 0.29 0.07 0.17 -8.04 -13.51 6.65
21 G-C -0.02 -0.24 -0.46 -21.56 -22.66 -0.84
22 A-G 0.34 1.37 -0.01 -23.38 -20.74 -22.35
23 G-C -0.32 -0.41 -0.11 -5.33 -6.29 -1.79
24 C-G -0.09 0.13 0.66 -19.51 -2.33 10.24
25 U-A -1.05 -0.44 0.52 -9.31 -0.68 -6.14
26 C-G 0.25 0.08 -0.21 7.57 -12.69 -3.13
27 A-U -4.21 -1.95 -0.26 9.09 1.42 -97.08
28 G+C -0.37 4.10 0.42 2.30 -3.57 148.61
29 G-C 0.25 0.08 0.77 -17.81 -13.51 6.58
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.18 -0.08 -0.02 -4.41 -6.47 -0.47
s.d. 1.59 1.74 0.49 12.14 9.10 44.88
****************************************************************************
NGEOM base-pair step parameters
step Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
1 GG/CC 0.17 -1.68 3.65 2.09 10.58 34.86
2 GG/CC -1.03 -0.90 2.91 -10.40 15.31 29.82
3 GC/GC 0.66 -1.05 2.72 0.32 4.96 31.43
4 CU/GG 0.70 -1.80 3.79 6.55 6.30 34.04
5 UU/AG -0.78 -2.04 3.41 -9.43 14.69 27.16
6 UG/CA -0.81 -1.62 2.65 10.53 3.32 28.70
7 GG/UC 0.35 -2.13 3.12 -1.75 11.93 26.32
8 GG/CU -0.00 -1.96 3.35 -3.62 0.96 33.34
9 GU/AC -0.76 -1.37 3.46 -3.93 2.27 38.14
10 UG/CA -0.34 -1.64 2.81 2.74 4.82 28.32
11 GG/CC 0.87 -2.57 2.97 -2.20 -3.83 29.73
12 GU/AC -1.48 -2.16 3.61 1.85 -2.66 90.36
13 UU/GA 1.88 -1.28 2.87 17.34 -5.93 46.72
14 UU/UG ---- ---- ---- ---- ---- ----
15 UA/CU 0.93 3.53 0.87 -122.32 120.93 -105.24
16 AG/CC 1.27 -2.30 3.95 0.14 8.59 43.58
17 GG/CC -0.59 -2.22 3.46 1.18 6.81 27.75
18 GG/CC 0.07 -1.28 3.53 -8.03 9.04 33.69
19 GU/AC -0.37 -0.97 3.05 -3.61 -0.85 36.09
20 UG/CA 0.05 -1.06 3.67 6.86 9.98 36.79
21 GA/GC -1.39 -0.80 3.07 -4.68 0.10 38.46
22 AG/CG -2.96 -2.68 3.31 16.26 4.50 61.65
23 GC/GC -0.10 -1.83 3.46 -5.17 5.21 33.11
24 CU/AG -0.93 -1.31 3.00 2.10 4.71 28.90
25 UC/GA 1.75 -1.86 2.75 8.06 1.81 31.96
26 CA/UG -1.16 -1.15 3.46 -2.74 1.67 64.96
27 AG/CU 1.93 -4.03 3.23 2.86 5.32 -70.79
28 GG/CC ---- ---- ---- ---- ---- ----
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.08 -1.54 3.16 -3.81 9.25 28.46
s.d. 1.15 1.25 0.59 25.15 23.38 37.44
****************************************************************************
NUPARM base-pair parameters
bp Shear Stretch Stagger Buckle Propeller Opening
1 G-C 0.25 -0.15 -0.70 -4.53 5.93 -12.69
2 G-C -0.30 -0.20 -0.72 -14.62 -25.17 11.18
3 G-C -0.20 0.04 -0.36 -5.60 -2.96 6.85
4 C-G 0.17 0.03 -0.50 13.60 -8.50 5.49
5 U-G 2.15 -0.88 -0.66 4.50 -21.44 5.57
6 U-A 0.96 0.04 0.74 -8.08 1.70 7.80
7 G-C 0.98 -0.06 0.13 11.38 -13.94 0.48
8 G-U -1.58 -0.40 -0.01 3.04 -5.03 4.76
9 G-C -1.27 0.11 0.28 -5.41 -11.62 11.75
10 U-A 0.07 -0.16 0.63 -15.33 1.23 1.86
11 G-C 0.00 -0.36 0.03 -7.33 -9.28 -3.49
12 G-C -0.33 -0.32 0.45 -0.14 0.42 -2.88
13 U-A 4.25 -2.30 0.22 -11.57 12.10 -82.06
14 U+G 0.82 -5.11 -0.34 31.39 10.89 -93.29
15 U+U 1.26 5.41 -0.33 -11.12 -12.88 84.87
16 A-C -4.23 -0.63 0.49 21.23 4.86 -10.39
17 G-C -0.73 -0.13 -0.34 -5.48 -3.89 8.14
18 G-C -1.24 -0.08 -0.83 -13.88 -5.16 -0.31
19 G-C -1.15 0.09 -0.35 -19.66 -7.40 3.80
20 U-A 0.29 0.07 0.17 -8.03 -13.52 6.59
21 G-C -0.02 -0.24 -0.46 -21.42 -22.52 -0.81
22 A-G 0.37 1.38 -0.04 -23.67 -20.97 -21.51
23 G-C -0.32 -0.41 -0.11 -5.33 -6.29 -1.78
24 C-G -0.10 0.13 0.66 -19.58 -2.33 10.09
25 U-A -1.05 -0.44 0.52 -9.33 -0.68 -6.12
26 C-G 0.25 0.08 -0.21 7.56 -12.68 -3.10
27 A-U -4.19 -1.95 -0.50 13.69 2.13 -96.66
28 G+C -0.35 4.05 0.79 8.43 -13.10 148.34
29 G-C 0.25 0.08 0.77 -17.80 -13.48 6.46
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.17 -0.08 -0.02 -3.90 -6.68 -0.38
s.d. 1.59 1.74 0.50 13.46 9.65 44.53
****************************************************************************
NUPARM base-pair step parameters
step Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
1 GG/CC 0.15 -1.68 3.65 1.04 11.54 34.00
2 GG/CC -1.09 -0.88 2.90 -9.90 15.00 30.30
3 GC/GC 0.66 -1.04 2.72 0.27 4.58 31.71
4 CU/GG 0.75 -1.79 3.78 6.69 6.61 33.90
5 UU/AG -0.81 -1.99 3.42 -9.10 15.33 26.71
6 UG/CA -0.79 -1.60 2.66 10.72 3.17 28.91
7 GG/UC 0.35 -2.09 3.14 -1.81 12.16 25.88
8 GG/CU -0.03 -1.98 3.34 -4.34 1.14 33.15
9 GU/AC -0.80 -1.38 3.45 -3.69 2.05 38.28
10 UG/CA -0.34 -1.62 2.82 2.95 4.77 28.09
11 GG/CC 0.86 -2.58 2.97 -2.39 -3.81 29.87
12 GU/AC -1.26 -2.38 3.55 2.43 -11.61 90.27
13 UU/GA 1.75 -1.54 2.81 15.51 5.26 46.09
14 UU/UG ---- ---- ---- ---- ---- ----
15 UA/CU -1.53 2.06 1.12 -90.40 89.83 -5.46
16 AG/CC 1.23 -2.25 3.99 -0.25 8.33 43.66
17 GG/CC -0.60 -2.20 3.47 1.30 6.77 27.60
18 GG/CC 0.02 -1.25 3.55 -8.64 9.77 33.32
19 GU/AC -0.40 -0.99 3.04 -4.24 -1.14 36.13
20 UG/CA 0.06 -1.02 3.68 7.54 9.98 35.77
21 GA/GC -1.36 -0.76 3.10 -2.17 -1.31 38.48
22 AG/CG -2.78 -2.60 3.59 18.04 8.47 61.49
23 GC/GC -0.15 -1.81 3.47 -5.80 6.33 32.98
24 CU/AG -0.94 -1.29 3.00 2.12 3.72 28.98
25 UC/GA 1.78 -1.85 2.74 8.58 2.31 32.09
26 CA/UG -1.36 -1.15 3.38 -7.54 6.57 64.44
27 AG/CU 1.87 -4.33 2.88 -1.25 2.34 -70.08
28 GG/CC ---- ---- ---- ---- ---- ----
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.18 -1.62 3.16 -2.86 8.39 32.17
s.d. 1.14 1.05 0.56 19.24 17.61 26.63
****************************************************************************
NUPARM base-pair helical parameters
step X-disp Y-disp h-Rise Incl. Tip h-Twist
1 GG/CC -4.67 -0.08 2.97 17.41 -1.84 35.70
2 GG/CC -4.18 0.83 2.43 25.59 15.56 35.41
3 GC/GC -2.63 -1.18 2.55 8.15 -0.44 32.04
4 CU/GG -4.27 -0.16 3.46 10.41 -10.56 35.13
5 UU/AG -7.53 0.36 2.25 27.80 16.39 31.96
6 UG/CA -3.67 3.21 2.06 5.76 -19.80 30.95
7 GG/UC -7.16 -1.09 1.97 24.21 3.74 28.49
8 GG/CU -3.66 -0.70 3.24 1.87 7.23 33.44
9 GU/AC -2.39 0.71 3.43 2.95 5.29 38.50
10 UG/CA -4.24 1.23 2.47 9.29 -5.82 28.63
11 GG/CC -4.23 -2.17 3.20 -7.17 4.45 30.20
12 GU/AC -1.30 0.98 3.83 -5.79 -1.24 90.89
13 UU/GA -2.42 -1.02 3.03 5.76 -17.41 48.76
14 UU/UG ---- ---- ---- ---- ---- ----
15 UA/CU -20.64 -12.85 -0.93 -44.45 -44.81 -168.72
16 AG/CC -4.00 -1.67 3.49 10.36 0.26 44.42
17 GG/CC -6.20 1.54 2.82 13.41 -2.63 28.42
18 GG/CC -3.74 -1.36 3.00 15.18 13.49 35.68
19 GU/AC -1.43 0.06 3.10 -1.80 6.49 36.39
20 UG/CA -3.15 1.02 3.25 14.44 -11.43 37.77
21 GA/GC -0.98 1.78 3.20 -1.99 3.17 38.56
22 AG/CG -2.92 3.49 2.21 7.35 -14.96 64.43
23 GC/GC -4.27 -0.67 3.06 10.37 9.51 34.04
24 CU/AG -3.32 2.28 2.74 7.18 -4.08 29.29
25 UC/GA -3.74 -1.87 2.97 3.88 -14.55 33.26
26 CA/UG -1.42 0.90 3.38 5.15 5.93 65.13
27 AG/CU 3.67 1.58 3.07 -1.66 -0.89 -70.13
28 GG/CC ---- ---- ---- ---- ---- ----
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -4.02 -0.19 2.78 6.29 -2.27 27.25
s.d. 4.02 2.99 0.89 13.68 13.11 47.51
****************************************************************************
RNA base-pair parameters
bp Shear Stretch Stagger Buckle Propeller Opening
1 G-C 0.25 -0.18 -0.71 -4.51 5.91 -12.70
2 G-C -0.25 -0.25 -0.75 -14.69 -25.16 11.30
3 G-C -0.20 0.03 -0.37 -5.59 -2.96 6.85
4 C-G 0.15 -0.00 -0.50 13.61 -8.52 5.51
5 U-G 2.13 -0.88 -0.67 4.52 -21.42 5.60
6 U-A 0.96 0.02 0.74 -8.07 1.70 7.81
7 G-C 0.95 -0.07 0.13 11.41 -13.97 0.48
8 G-U -1.58 -0.41 -0.02 3.04 -5.03 4.76
9 G-C -1.26 0.09 0.26 -5.41 -11.58 11.78
10 U-A 0.07 -0.20 0.63 -15.33 1.23 1.87
11 G-C 0.01 -0.36 0.03 -7.34 -9.28 -3.49
12 G-C -0.33 -0.32 0.45 -0.14 0.42 -2.88
13 U-A 4.21 -3.17 0.36 -9.53 9.97 -82.31
14 U+G 0.88 -6.37 -0.33 24.10 8.45 -94.35
15 U+U 1.22 4.42 -0.73 -9.02 -10.45 85.14
16 A-C -4.21 -0.69 0.52 21.18 4.88 -10.45
17 G-C -0.73 -0.14 -0.34 -5.47 -3.88 8.14
18 G-C -1.23 -0.10 -0.83 -13.88 -5.18 -0.31
19 G-C -1.13 0.04 -0.35 -19.67 -7.43 3.82
20 U-A 0.30 0.05 0.16 -8.04 -13.51 6.61
21 G-C 0.05 -0.31 -0.46 -21.56 -22.66 -0.82
22 A-G 0.41 1.23 0.05 -23.52 -20.87 -21.79
23 G-C -0.32 -0.41 -0.11 -5.33 -6.30 -1.79
24 C-G -0.09 0.06 0.66 -19.53 -2.34 10.14
25 U-A -1.05 -0.46 0.52 -9.32 -0.68 -6.13
26 C-G 0.24 0.07 -0.21 7.57 -12.69 -3.11
27 A-U -4.20 -3.18 -0.28 10.27 1.60 -96.85
28 G+C -0.37 1.46 0.33 3.09 -4.80 148.53
29 G-C 0.28 0.03 0.75 -17.82 -13.52 6.50
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.17 -0.34 -0.04 -4.31 -6.48 -0.42
s.d. 1.58 1.72 0.49 12.45 9.22 44.69
****************************************************************************
RNA base-pair step parameters
step Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
1 GG/CC -0.23 -1.70 3.48 1.59 10.98 34.84
2 GG/CC -1.02 -1.01 3.08 -10.06 15.03 29.60
3 GC/GC 0.68 -1.11 3.03 0.29 4.74 31.42
4 CU/GG 0.72 -1.88 3.65 6.56 6.39 33.98
5 UU/AG -0.83 -2.10 3.24 -9.25 14.96 26.97
6 UG/CA -0.70 -1.65 2.96 10.57 3.21 28.62
7 GG/UC 0.31 -2.14 2.99 -1.79 12.00 26.23
8 GG/CU -0.11 -2.05 3.21 -3.94 1.04 33.33
9 GU/AC -0.63 -1.46 3.30 -3.78 2.14 38.11
10 UG/CA -0.28 -1.62 2.93 2.84 4.77 28.30
11 GG/CC 0.86 -2.54 3.09 -2.28 -3.80 29.72
12 GU/AC -0.59 -1.32 3.55 2.01 -5.61 90.25
13 UU/GA 1.93 -0.45 3.37 16.60 -1.46 46.64
14 UU/UG ---- ---- ---- ---- ---- ----
15 UA/CU 1.80 3.05 1.77 -122.73 121.71 -9.76
16 AG/CC 1.00 -2.30 3.54 -0.04 8.36 43.50
17 GG/CC -0.49 -2.25 3.33 1.24 6.76 27.72
18 GG/CC -0.03 -1.34 3.45 -8.25 9.32 33.56
19 GU/AC -0.41 -1.04 3.23 -3.89 -0.99 36.06
20 UG/CA 0.11 -1.07 3.47 7.19 9.96 36.67
21 GA/GC -1.05 -0.67 3.06 -3.42 -0.61 38.48
22 AG/CG -3.20 -2.40 3.61 16.79 6.29 60.95
23 GC/GC -0.31 -1.89 3.25 -5.44 5.72 33.05
24 CU/AG -0.70 -1.31 3.16 2.10 4.20 28.89
25 UC/GA 1.70 -1.81 3.02 8.26 2.03 31.90
26 CA/UG -0.11 -0.41 3.40 -4.45 3.41 64.90
27 AG/CU -0.63 -3.89 3.10 2.88 4.16 -70.58
28 GG/CC ---- ---- ---- ---- ---- ----
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.08 -1.48 3.20 -3.86 9.41 32.05
s.d. 1.07 1.18 0.36 25.22 23.50 26.97
****************************************************************************
RNA base-pair helical parameters
step X-disp Y-disp h-Rise Incl. Tip h-Twist
1 GG/CC -4.24 0.58 2.79 17.48 -2.53 36.56
2 GG/CC -3.88 0.25 2.48 26.11 17.48 34.69
3 GC/GC -2.83 -1.20 2.84 8.58 -0.52 31.78
4 CU/GG -4.17 -0.10 3.32 10.53 -10.80 35.19
5 UU/AG -6.16 0.02 1.97 28.15 17.41 32.20
6 UG/CA -3.67 3.11 2.35 6.14 -20.19 30.68
7 GG/UC -6.39 -0.93 1.81 24.54 3.67 28.90
8 GG/CU -3.71 -0.45 3.14 1.78 6.74 33.57
9 GU/AC -2.50 0.47 3.26 3.20 5.65 38.36
10 UG/CA -4.18 1.10 2.58 9.55 -5.67 28.84
11 GG/CC -4.12 -2.14 3.31 -7.27 4.37 30.05
12 GU/AC -0.77 0.47 3.61 -3.56 -1.28 90.45
13 UU/GA -0.41 -0.82 3.83 -1.72 -19.59 49.53
14 UU/UG ---- ---- ---- ---- ---- ----
15 UA/CU -1.86 0.56 -0.77 -61.10 -61.61 -173.12
16 AG/CC -3.88 -1.33 3.04 10.87 0.05 44.30
17 GG/CC -6.02 1.25 2.68 13.69 -2.51 28.56
18 GG/CC -3.57 -1.17 2.89 15.24 13.49 35.80
19 GU/AC -1.52 0.10 3.29 -1.57 6.16 36.28
20 UG/CA -2.91 0.77 3.04 15.01 -10.84 38.67
21 GA/GC -0.94 1.17 3.15 -0.90 5.08 38.64
22 AG/CG -2.57 3.81 2.38 5.75 -15.35 63.53
23 GC/GC -4.13 -0.32 2.89 9.73 9.25 33.98
24 CU/AG -3.46 1.82 2.88 8.25 -4.13 29.27
25 UC/GA -3.53 -1.60 3.23 3.57 -14.50 33.01
26 CA/UG -0.55 -0.11 3.37 3.00 3.92 65.14
27 AG/CU 3.19 -0.43 3.34 -3.37 2.33 -70.76
28 GG/CC ---- ---- ---- ---- ---- ----
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -3.03 0.19 2.80 5.45 -2.84 27.08
s.d. 2.05 1.36 0.87 16.41 15.74 48.26
****************************************************************************
Strand I base step parameters
step Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
1 G/G -1.21 -1.94 3.52 0.16 -7.29 46.90
2 G/G -1.68 -1.16 3.10 -0.49 23.61 29.91
3 G/C -0.09 -1.01 3.02 11.40 2.80 30.36
4 C/U 1.13 -1.65 3.72 6.71 2.44 32.75
5 U/U -1.88 -1.26 3.64 -11.78 26.48 29.52
6 U/G -1.50 -1.39 3.05 21.49 -4.62 24.24
7 G/G -1.47 -2.16 3.17 -3.30 18.17 27.68
8 G/G -0.85 -2.17 3.30 -5.53 -2.15 37.19
9 G/U -1.09 -2.04 3.24 -6.71 5.38 33.78
10 U/G -1.01 -1.95 2.58 7.69 -3.02 25.53
11 G/G 0.03 -2.68 3.13 2.44 -0.03 29.96
12 G/U -0.04 -1.20 3.60 -3.36 -4.35 50.28
13 U/U 0.86 -0.01 2.99 23.16 16.90 42.33
14 U/U -38.36 -14.87 38.20 18.20 -103.48 103.17
15 U/A 2.11 2.84 -0.79 -76.83 155.46 -19.19
16 A/G 1.51 -2.69 3.49 -12.91 7.57 52.27
17 G/G -1.55 -2.67 3.03 -1.69 3.93 23.95
18 G/G -0.90 -2.13 3.31 -9.02 3.20 37.04
19 G/U -0.66 -1.52 3.26 4.86 -8.39 36.86
20 U/G -0.60 -1.57 3.34 6.22 0.86 32.52
21 G/A -1.55 -0.72 3.50 2.28 -6.26 27.36
22 A/G -4.77 -4.17 4.09 32.36 7.11 69.18
23 G/C -1.08 -2.04 3.33 -10.79 4.00 39.90
24 C/U -2.01 -2.07 2.94 7.48 1.76 21.08
25 U/C 1.59 -1.62 2.84 18.42 -3.49 32.71
26 C/A -1.45 -3.68 3.65 -4.31 11.39 17.76
27 A/G 2.40 -1.01 3.51 -0.54 0.11 52.00
28 G/G -3.16 -8.78 16.15 -51.55 -93.97 20.74
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -2.05 -2.40 4.85 -1.28 1.93 35.28
s.d. 7.29 3.04 7.03 21.27 41.29 20.24
****************************************************************************
Strand I base helical parameters
step X-disp Y-disp h-Rise Incl. Tip h-Twist
1 G/G -1.70 -0.28 3.77 -8.84 -0.20 47.46
2 G/G -4.35 0.71 1.74 38.28 0.79 38.11
3 G/C -2.25 0.20 2.70 5.04 -20.53 32.55
4 C/U -3.34 -2.45 3.74 4.20 -11.56 33.52
5 U/U -4.95 -0.55 2.33 40.64 18.08 41.37
6 U/G -1.81 3.88 1.47 -8.87 -41.25 32.72
7 G/G -6.25 0.30 1.61 33.17 6.03 33.27
8 G/G -3.05 -1.27 3.51 -3.29 8.45 37.66
9 G/U -4.23 -1.01 3.04 8.93 11.15 34.86
10 U/G -3.60 1.94 2.38 -6.55 -16.69 26.83
11 G/G -5.17 -1.37 3.13 -0.06 -4.66 30.06
12 G/U -1.04 -2.04 3.68 -4.93 3.81 50.58
13 U/U -1.24 -1.13 2.86 20.11 -27.56 51.12
14 U/U 7.47 20.86 32.47 -44.84 -7.89 147.25
15 U/A -0.43 -0.26 -1.69 -75.02 -37.08 -174.47
16 A/G -3.41 -4.27 2.62 8.08 13.79 54.37
17 G/G -7.43 1.40 2.66 9.31 4.00 24.33
18 G/G -3.67 -1.63 3.24 4.85 13.66 38.25
19 G/U -1.18 -0.14 3.41 -12.74 -7.38 38.11
20 U/G -2.91 0.32 3.12 1.49 -10.83 33.12
21 G/A 0.12 1.96 3.44 -12.86 -4.68 28.16
22 A/G -3.57 3.00 1.29 5.49 -24.99 76.70
23 G/C -3.33 -1.51 3.28 5.59 15.08 41.53
24 C/U -5.83 5.52 1.93 4.59 -19.50 22.44
25 U/C -2.03 -1.75 3.39 -5.55 -29.29 37.70
26 C/A -13.73 0.60 1.36 32.20 12.18 21.53
27 A/G -1.16 -4.59 3.49 0.12 0.59 52.00
28 G/G 7.16 -6.75 12.12 -69.31 38.02 109.17
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -2.75 0.35 4.00 -1.10 -4.23 37.15
s.d. 3.91 4.74 5.97 26.56 18.36 49.31
****************************************************************************
Strand II base step parameters
step Shift Slide Rise Tilt Roll Twist
1 C/C 0.77 -1.47 3.63 4.25 28.39 21.78
2 C/C -0.39 -0.74 3.22 -18.90 5.71 29.06
3 C/G 1.45 -1.12 3.10 -10.95 6.06 32.07
4 G/G 0.34 -2.11 3.51 6.02 10.21 35.49
5 G/A 0.36 -2.81 3.10 -5.82 3.55 24.97
6 A/C 0.12 -1.86 2.93 -0.80 10.60 32.64
7 C/U 2.07 -2.05 3.16 0.00 5.96 24.56
8 U/C 0.61 -1.81 3.24 -2.29 4.33 29.56
9 C/A -0.22 -0.83 3.32 -0.91 -0.47 42.87
10 A/C 0.44 -1.24 3.30 -2.03 12.83 30.15
11 C/C 1.70 -2.46 3.11 -7.10 -7.44 29.45
12 C/A -1.26 -1.09 3.55 8.46 -6.79 130.08
13 A/G 2.46 -2.47 3.47 -0.60 -10.48 51.32
14 G/U -46.56 0.69 31.09 31.15 -79.62 -48.65
15 U/C -0.52 4.04 4.16 -160.99 78.27 -5.27
16 C/C 0.49 -1.93 3.66 12.94 9.74 34.95
17 C/C 0.54 -1.71 3.66 3.90 10.00 31.35
18 C/C 0.82 -0.52 3.53 -7.35 14.88 29.29
19 C/A -0.19 -0.55 3.19 -12.82 5.80 33.66
20 A/C 0.74 -0.47 3.84 7.28 19.55 39.72
21 C/G -0.58 -0.83 3.11 -10.40 7.71 46.98
22 G/C -1.33 -1.17 3.25 2.25 5.62 51.16
23 C/G 0.48 -1.71 3.24 0.16 6.87 26.28
24 G/A 0.58 -0.49 3.25 -3.40 7.53 36.28
25 A/G 1.79 -2.02 3.21 -1.59 7.98 30.55
26 G/U 3.22 0.47 3.69 -11.19 -6.13 111.28
27 U/C 1.93 7.42 3.62 -5.44 -17.20 165.65
28 C/C 13.54 -8.01 7.65 95.17 -80.52 129.07
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -0.59 -1.03 4.53 -3.25 1.89 43.80
s.d. 9.39 2.48 5.27 37.06 28.42 42.45
****************************************************************************
Strand II base helical parameters
step X-disp Y-disp h-Rise Incl. Tip h-Twist
1 C/C -6.15 1.13 1.13 52.23 -7.82 36.03
2 C/C -2.10 -0.46 2.76 9.89 32.74 35.13
3 C/G -2.72 -2.13 2.23 10.32 18.65 34.42
4 G/G -4.67 2.09 2.81 15.90 -9.38 37.42
5 G/A -7.15 -0.44 2.52 7.95 13.04 25.89
6 A/C -4.53 1.50 2.21 17.98 1.35 34.33
7 C/U -6.25 -2.92 2.58 13.65 -0.01 25.27
8 U/C -4.37 0.17 2.89 8.31 4.40 29.97
9 C/A -1.08 2.01 3.33 -0.63 1.21 42.88
10 A/C -4.29 0.69 2.52 23.02 3.64 32.83
11 C/C -3.15 -2.72 3.13 -13.93 13.29 31.20
12 C/A -0.50 2.63 3.51 -2.99 -3.72 130.54
13 A/G -1.96 -1.02 3.86 -11.54 0.66 52.38
14 G/U 21.64 -20.30 30.68 56.21 21.99 -98.38
15 U/C -2.46 0.65 -2.11 -38.61 -79.43 -179.09
16 C/C -4.27 2.84 2.99 14.95 -19.86 38.52
17 C/C -4.82 1.58 3.01 17.62 -6.87 33.14
18 C/C -3.42 -0.85 2.67 26.48 13.09 33.67
19 C/A -1.68 0.33 2.92 9.35 20.67 36.48
20 A/C -2.78 1.65 3.32 25.97 -9.67 44.86
21 C/G -1.61 1.71 2.99 9.18 12.38 48.73
22 G/C -1.74 3.49 3.04 6.27 -2.51 51.52
23 C/G -5.27 0.83 2.71 14.65 -0.34 27.16
24 G/A -1.77 0.44 3.01 11.69 5.28 37.21
25 A/G -5.06 -1.74 2.51 14.63 2.92 31.61
26 G/U 0.40 -0.35 3.32 -3.14 5.74 112.01
27 U/C 3.90 0.78 2.77 -5.92 1.87 166.63
28 C/C -0.88 -1.27 16.28 -28.42 -33.59 179.44
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
ave. -2.10 -0.35 4.13 9.32 -0.01 39.71
s.d. 5.19 4.24 5.90 19.67 20.41 65.97