Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Syrena/Term2/InterPro.html
Дата изменения: Mon May 8 12:11:04 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 09:57:57 2012
Кодировка: Windows-1251
Pfam

На cтраницу второго семестра

Работа с БД InterPro

С помощью accession number белка DNAA_ECOLI был получен список, из которого была выбрана запись, содержащая наибольшее количество подписей. Результат записан в таблице:
Идентификатор документаIPR001957
Полное названиеБактериальный инициатор репликации хромосомы, белок DnaA
Общее количество белков526
Данная подпись не находится в отношениях родства или вложенности с другими подписями.

Изображение мотивов в последовательности DNAA_ECOLI

В таблице ниже описаны мотивы, содержащиеся в белке DNAA_ECOLI и их описания, полученные из разных баз данных:
Название подписи
Положение в последовательности Хххх_Ecoli
Полное название базы данных
Название организации, поддерживающей данную БД.
Город и страна
DNAA
165-185
197-211
229-243
263-290
425-444
PRINTS
Manchester University
Великобритания, Манчестер.
DNAA
425-444
PROSITE
Swiss Institute of Bioinformatics
Швейцария, Женева
Dnaa
1-465
TIGRFAM
The Institute for Genomic Research
США, Роквиль
AAA
164-366
SMART
 
 
Trp_repress_rep
374-466
SuperFamily
MRC Laboratory of Molecular Biology European Bioinformatics Institute
Stanford University
Великобритания, Кэмбридж и Хинкстон
США,Стенфорд
Bac_DnaA_C
375-444
Pfam
Sanger institute
Washington University
Karolinska Institutet
Institut National de la Recherche Agronomique
Korean Institute of Science and Technology Information
Великобритания, Кэмбридж.
США, Сент-Луис.
Швеция, Стокгольм.
Франция, Париж.
Южная Корея, Сеул.
Bac_DnaA
132-350
Pfam
Sanger institute
Washington University
Karolinska Institutet
Institut National de la Recherche Agronomique
Korean Institute of Science and Technology Information
Великобритания, Кэмбридж.
США, Сент-Луис.
Швеция, Стокгольм.
Франция, Париж.
Южная Корея, Сеул.
Из таблицы видно, что БД PRINTS обозначает несколько участков в последовательности белка. Эти участки называются фингерпринтами или "отпечатками пальцев". "Отпечатки пальцев"-консервативные участки, характеризующие определенное семейство белков. БД PRINTS является собранием таких последовательностей. В БД PROSITE описан специфический сайт (подпись белков семейства DNAA), характерный для DNAA_ECOLI. В БД Pfam описаны два домена белка Bac_DnaA, ответственный за связывание с АТФ и Bac_DnaA_C, ответственный за связывание белка с ДНК. В БД TIGRFAMs выделена вся последовательность белка, два домена, описанные в Pfam-е объединены. Видимо это получается исходя из того, что белок DNAA_ECOLI выполняет функцию инициации репликации в клетке; поэтому эти два участка можно объединить в одну функциональную последовательность.
Местоположение БД SMART не определено.
©Шишова Анна