|
? | Цепь | Аминокислота |
| 397 | A | Lys |
| 398 | A | Arg |
| 399 | A | Arg |
| 400 | A | Ser |
| 401 | A | Arg |
| 402 | A | Ser |
| 404 | A | Ala |
| 405 | A | Arg |
| 407 | A | Arg |
| 408 | A | Gln |
| 411 | A | Mse (Het) |
| 415 | A | Lys |
| 421 | A | Ser |
| 422 | A | Leu |
| 423 | A | Pro |
| 424 | A | Glu |
| 431 | A | Gly |
| 432 | A | Arg |
| 433 | A | Asp |
| 434 | A | His |
| 435 | A | Thr |
| 436 | A | Thr |
| 438 | A | Leu |
| 439 | A | His |
| 442 | A | Arg |
| 443 | A | Lys |
| |
Среди аминокислотных остатков белка, взаимодействующих с ДНК много аргинина.
Этот факт объясняется тем, что между положительно заряженными гуанидиновыми группами
аргининов и отрицательно заряженными группами нуклеотидных остатков (фосфатами)
формируются электростатические взаимодействия. Это обеспечивает прочное связывание белка с ДНК.
Кроме электростатических взаимодействий аргинин образует водородные связи с ДНК.
В частности они формируются между 399, 401, 407, 432, 442 аминокислотными остатками аргинина и молекулой ДНК.
Помимо аргинина водородные связи образуются между аминокислотными остатками Ser400, Gln408, Lys415, Leu422, Asp433, His434, Thr435 и ДНК.
Кроме водородных связей аминокислоты образуют с ДНК большое количество водяных мостиков
(формируются за счет способности воды образовывать водородные связи) Водородные связи и водяные мостики
можно увидеть при исполнении скрипта 1j1v.spt. Молекулы воды изображены белыми шариками.
Расстояние между молекулой воды и акцептором (донором) электронов не больше 3.2 ангстрем.
В большой бороздке ДНК находится альфа-спираль белка (соответственно Asp433-Ser451).
Скорее всего данная альфа-спираль относится к стандартному элементу сверхвторичной структуры, взаимодействующей
с ДНК "спираль-поворот-спираль".
Образование гидрофобных взаимодействий белка с ДНК весьма проблематично.
Во-первых, гидрофобных аминокислот, взаимодействующих с ней немного.
Во-вторых, аминокислоты, способные образовывать такого типа взаимодействия,
расположены главным образом около малой бороздки ДНК, где гидрофобные взаимодействия маловероятны.
|  |
|
