GO

Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Snegir/onto.html
Дата изменения: Sat May 27 14:37:36 2006
Дата индексирования: Mon Oct 1 22:19:36 2012
Кодировка: Windows-1251

GO Четвертый семестр

Описание термина Gene Ontology

Термин по-русски	электронный транспорт
Термин по-английски	electron transport
Идентификатор GO	GO:0006118
Количество синонимов	1 - exact (electron transfer) и 8 - related
Определение термина	The transport of electrons from an electron donor to an electron acceptor
Количество родителей	Связь is_a: 2 Связь part_of: 0
Количество дочерних терминов	Связь is_a: 0 Связь part_of: 0

   Связь is_a означает, что родительский термин является более общим термином, чем дочерний, например, electron transport is_a transport.
   Связь part_of означает, что процесс, характеризуемый дочерним термином, является составной частью процесса, характеризуемого родительским, например, establishment of localization (установление локализации) part_of localization (локализация).
   При связи part_of употребление дочернего термина не означает возможность употребления родительского в полном смысле.

Поиск по идентификаторам GO в БД UniProt с помощью SRS. Протеом Anopheles gambiae. Результаты поиска в UniProt,14.04.2006 г.

Группа белков протеома	Количество белков	Запрос
Всего	16261	(([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) \| [uniprot-Organism:Anopheles gambiae*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	2815	((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) \| [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & ((([uniprot-DBxref:C:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent ))
В том числе в митохондрии	41	(((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) \| [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & ((([uniprot-DBxref:C:] & [uniprot-DBxref:F:]) & [uniprot-DBxref:P:]) > parent )) & ([uniprot-DBxref:C:Mitochondrion] > parent ))
В том числе только с самыми хорошими доказательствами функции	0
В том числе только с самыми плохими доказательствами функции	41	(((([uniprot-Organism:Anopheles] & [uniprot-Organism:gambiae]) \| [uniprot-Organism:Anopheles gambiae]) & (([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot-DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:C:Mitochondrion])) & ((((((([uniprot-DBxref_:RCA] \| [uniprot-DBxref_:ISS]) \| [uniprot-DBxref_:IEP]) \| [uniprot-DBxref_:NAS]) \| [uniprot-DBxref_:IEA]) \| [uniprot-DBxref_:IC]) \| [uniprot-DBxref_:ND]) ! ([uniprot-DBxref_:IDA] \| [uniprot-DBxref_:TAS])))

В качестве хороших доказательств рассматривались обоснования с кодами IDA и TAS, то есть велся поиск белков, охарактеризованных только этими терминами GO.
За плохие доказательства были приняты доказательства с кодами RCA, ISS, IEP, NAS, IEA, IC и ND.

Слева можно видеть изображение заданного организма — малярийного комара.

Описание функции белка CyoB в EcoCyc

   вовлечен в транспорт феррихрома (своего лиганда) через внешнюю мембрану. Мономер этого белка формирует канал, состоящий из 22 β-тяжей, образующих β-бочонок. FhuA взаимодействует с белком TonB, чтобы перемещать ионы, связанные с лигандом, через внешнюю мембрану клетки. Белок TonB, в свою очередь, вместе с белками ExbB и ExbD также служит для связывания этого процесса с электрохимическим градиентом через внутреннюю мембрану; таким образом, ион-лигандный комплекс накапливается против градиента концентрации, что является процессом активного транспорта.
   В числе других функций белка транспорт албомицина и рифамицина CGP 4832, а также рецепция фагов T5, T1, φ80, UC–1 и пептидов колицина M и микронцина J25.
    является компонентом системы транспорта феррихрома через внешнюю мембрану.

Четвертый семестр