Значение кода фермента EC 5.1.3.2

Расшифровка: EC 5 - изомераза.

• EC 5.1 - рацемазы и эпимеразы.
• EC 5.1.3 - действуют на кирбогидразы и их производные.
• EC 5.1.3.2 - УДП-глюкозо-4-эпимераза.

Международная комиссия по номенклатуре ферментов была создана в 1956 году.

Последние изменения/уточнения в номенклатуре ферментов были утверждены в 2006 году.

Характеристики фермента EC 5.1.3.2

Общее число ферментов с таким кодом: 223.

У ферментов этого класса довольно много ингибиторов. Некоторые из них присущи только для определенного вида организма. Так например, 1,2-циклогександион присущ только для определенных дрожжей: Saccharomyces fragilis. Еще один ингибитор - уридин 5'-дифосфатбромацетол - является специфическим для кишечной палочки. В то же время, другой ингибитор - арабиноза (сама по себе и в сочетании с другими веществами) является ингибитором у нескольких разных организмов.

Ниже представлены изображения перечисленных ингибиторов.

Активаторов для ферментов данной группы заметно меньше. Это различные сахара: фруктозо-4-фосфат, фруктозо-6-фосфат, галактозо-1-фосфат, глюкозо-1-фосфат, глюкозо-6-фосфат, а также УДП и УМП. Заметим, что некоторые активирующие вещества могут быть ингибиторами белков этого класса, но у других организмов.

Вот изображения некоторых активаторов:

Оптимум pH для ферментов данного класса находится в следующих пределах: 5,5 (для кишечной палочки) - 9,5 (для конcких бобов)

Болезни человека, так или иначе связанные с данным ферментом: нет никакой доступной информации.

Субъединичная структура, характерная для данного типа ферментов: для большинства организмов, в которых показаны данные ферменты, это димер (11 случаев), в трех организмах это мономер, а еще в трех тетрамер.

Пострансляционные модификации, характерные для данного типа ферментов: нет никакой доступной информации.

Сравнение ферментов с одинаковым кодом из эволюционно далеких организмов

Результат поиска в SWISS-Prot с помощью SRS по EC номеру фермента (5.1.3.2): 5 белков, три из которых принадлежат кишечной палочке, один человеку, а еще один архее Methanococcus jannaschii.

Запрос выглядит следующим образом: "([swissprot-ECNumber:5.1.3.2*] & (([swissprot-ID:*_Ecoli*] | [swissprot-ID:*_Human*]) | [swissprot-ID:*_Metja*])) "

Были выбраны белки:

AC	Организм	Начало и конец домена в аминокислотной последовательности
P09147	ESCHERICHIA COLI	3-262
Q14376	HOMO SAPIENS	5-270
Q57664	METHANOCOCCUS JANNASCHII	2-233

Сравниваются домены Pfam: PF01370.

extractseq sw:Q14376 3.fasta -regions '5-270'

extractseq sw:Q57664 2.fasta -regions '2-233'

needle 1.fasta 3.fasta 1_3.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5

needle 2.fasta 3.fasta 2_3.needle -gapopen 10.0 -gapextend 0.5

./align.script

Полученные выравнивания:

1: GALE_ECOLI 2: GALE_METJA Matrix: EBLOSUM62 Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5 Length: 262 Identity: 89/262 (34.0%) Similarity: 138/262 (52.7%) Gaps: 32/262 (12.2%) Score: 309.5 GALE_ECOLI 1 VLVTGGSGYIGSHTCVQLLQNGHDVIILDNL-CNSKRSVLPVIERLGGKH 49 :|||||:|:||||...:|::|.:|||||||| ..:|.::.|..| GALE_METJA 1 ILVTGGAGFIGSHIVDKLIENNYDVIILDNLTTGNKNNINPKAE------ 44 GALE_ECOLI 50 PTFVEGDIRNEALMTEILHDHAIDTVIHFAGLKAVGESVQKPLEYYDNNV 99 ||..|||::.| .|.::...::.|||.|....|..||:.|:...|.|| GALE_METJA 45 --FVNADIRDKDL-DEKINFKDVEVVIHQAAQINVRNSVENPVYDGDINV 91 GALE_ECOLI 100 NGTLRLISAMRAANVKNFIFSSS-ATVYGDQPKIPYVESFPTGTPQSPYG 148 .||:.::..||..::...:|:|| ..|||:...:|..|:.|. .|.|||| GALE_METJA 92 LGTINILEMMRKYDIDKIVFASSGGAVYGEPNYLPVDENHPI-NPLSPYG 140 GALE_ECOLI 149 KSKLMVEQILTDLQKAQPDWSIALLRYFNPVGAHPSGDMGEDPQGIPNNL 198 .||.:.|:.: .|.........|:|||.|..|.. :||:|....: GALE_METJA 141 LSKYVGEEYI-KLYNRLYGIEYAILRYSNVYGER------QDPKGEAGVI 183 GALE_ECOLI 199 MPYIAQVAVGRRDSLAIFGNDYPTEDGTGVRDYIHVMDLADGHVVAMEKL 248 ..:|.::. :..|..||| ||...||:::|.|:|..:::|: .. GALE_METJA 184 SIFIDKML--KNQSPIIFG------DGNQTRDFVYVGDVAKANLMAL-NW 224 GALE_ECOLI 249 ANKPGVHIYNLG 260 .|: |.|:| GALE_METJA 225 KNE----IVNIG 232 1: GALE_ECOLI 2: GALE_HUMAN Matrix: EBLOSUM62 Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5 Length: 266 Identity: 147/266 (55.3%) Similarity: 193/266 (72.6%) Gaps: 6/266 ( 2.3%) Score: 770.0 GALE_ECOLI 1 VLVTGGSGYIGSHTCVQLLQNGHDVIILDNLCNSKR--SVLPV----IER 44 ||||||:|||||||.::||:.|:..:::||..|:.| ..||. ::. GALE_HUMAN 1 VLVTGGAGYIGSHTVLELLEAGYLPVVIDNFHNAFRGGGSLPESLRRVQE 50 GALE_ECOLI 45 LGGKHPTFVEGDIRNEALMTEILHDHAIDTVIHFAGLKAVGESVQKPLEY 94 |.|:...|.|.||.::..:..:...::...||||||||||||||||||:| GALE_HUMAN 51 LTGRSVEFEEMDILDQGALQRLFKKYSFMAVIHFAGLKAVGESVQKPLDY 100 GALE_ECOLI 95 YDNNVNGTLRLISAMRAANVKNFIFSSSATVYGDQPKIPYVESFPTGTPQ 144 |..|:.||::|:..|:|..|||.:|||||||||:...:|..|:.|||... GALE_HUMAN 101 YRVNLTGTIQLLEIMKAHGVKNLVFSSSATVYGNPQYLPLDEAHPTGGCT 150 GALE_ECOLI 145 SPYGKSKLMVEQILTDLQKAQPDWSIALLRYFNPVGAHPSGDMGEDPQGI 194 :||||||..:|:::.||.:|...|:..|||||||.|||.||.:||||||| GALE_HUMAN 151 NPYGKSKFFIEEMIRDLCQADKTWNAVLLRYFNPTGAHASGCIGEDPQGI 200 GALE_ECOLI 195 PNNLMPYIAQVAVGRRDSLAIFGNDYPTEDGTGVRDYIHVMDLADGHVVA 244 |||||||::|||:|||::|.:|||||.|||||||||||||:|||.||:.| GALE_HUMAN 201 PNNLMPYVSQVAIGRREALNVFGNDYDTEDGTGVRDYIHVVDLAKGHIAA 250 GALE_ECOLI 245 MEKLANKPGVHIYNLG 260 :.||..:.|..||||| GALE_HUMAN 251 LRKLKEQCGCRIYNLG 266 1: GALE_METJA 2: GALE_HUMAN Matrix: EBLOSUM62 Gap_penalty: 10.0 Extend_penalty: 0.5 Length: 280 Identity: 90/280 (32.1%) Similarity: 136/280 (48.6%) Gaps: 62/280 (22.1%) Score: 319.0 GALE_METJA 1 ILVTGGAGFIGSHIVDKLIENNYDVIILDNL------------------- 31 :|||||||:||||.|.:|:|..|..:::||. GALE_HUMAN 1 VLVTGGAGYIGSHTVLELLEAGYLPVVIDNFHNAFRGGGSLPESLRRVQE 50 GALE_METJA 32 TTGNKNNINPKAEFVNADIRDKDLDEKINFKDVE--VVIHQAAQINVRNS 79 .||. ..||...||.|:...::: ||... .|||.|....|..| GALE_HUMAN 51 LTGR------SVEFEEMDILDQGALQRL-FKKYSFMAVIHFAGLKAVGES 93 GALE_METJA 80 VENPVYDGDINVLGTINILEMMRKYDIDKIVFASSGGAVYGEPNYLPVDE 129 |:.|:....:|:.|||.:||:|:.:.:..:||:|| ..|||.|.|||:|| GALE_HUMAN 94 VQKPLDYYRVNLTGTIQLLEIMKAHGVKNLVFSSS-ATVYGNPQYLPLDE 142 GALE_METJA 130 NHPINP-LSPYGLSKYVGEEYI-------KLYNRLYGIEYAILRYSNVYG 171 .||... .:|||.||:..||.| |.:|.: :|||.|..| GALE_HUMAN 143 AHPTGGCTNPYGKSKFFIEEMIRDLCQADKTWNAV------LLRYFNPTG 186 GALE_METJA 172 ER------QDPKGEAGVISIFIDKML--KNQSPIIFG------DGNQTRD 207 .. :||:|....:..::.::. :.::..:|| ||...|| GALE_HUMAN 187 AHASGCIGEDPQGIPNNLMPYVSQVAIGRREALNVFGNDYDTEDGTGVRD 236 GALE_METJA 208 FVYVGDVAKANLMALNWKNE-----IVNIG 232 :::|.|:||.::.||....| |.|:| GALE_HUMAN 237 YIHVVDLAKGHIAALRKLKEQCGCRIYNLG 266

Комментарии: результаты выравнивания дают необычный результат. Наиболее высокая идентичность у выравнивания белков человека и кишечной палочки. Идентичность в 55,3% говорит о том, что функции совпадают на 100%. В то же время идентичность белков кишечной палочки и археи, человека и археи соответственно равна 34 и 32,1%. Что говорит о вероятности совпадения функций около 80%. Итак, данный результат доказывает, что в один класс белков входят (за редким исключением) белки с одной функцией.

Что можно найти в ENZYME?

Набрав в запрос некоторый класс фермента получается выдача:

• Полное название фермента, принадлежащего к данному классу, по IUPAC.
• Альтернативные названия ферментов данного класса.
• Реакция, катализируемая этими ферментами.
• Соответствующий кофактор.
• Дополнительные комментарии.
• Заболевания связанные с этими ферментами.
• Всевозможные ссылки, связанные с этими белками в других базах данных.