Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Redwitch/t3_files/9_practice.doc Дата изменения: Wed Nov 9 19:10:01 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 13:43:53 2012 Кодировка: koi8-r

Аннотация участка бактериального генома

1. Получим участок генома бактерии Yersinia bercovieri:

ID гена - AALC01000097.
Позиции нуклеотидов: 4001-8000.

Используем командную строку: seqret X/yb.fasta:AALC01000097 -sask

2. Извлечем из фрагмента генома Y. bercovieri трансляции всех открытых
рамок считывания длиной не менее 240 нуклеотидов.

Для нахождения необходимой программы используем команду wossname (слово
для поиска - ORFs).

С помощью программы getorf найдем открытые рамки считывания, используя
стандартный для бактерий генетический код. Открытой рамкой считаем
последовательность, начинающуюся со старт-кодона и заканчивающуюся стоп-
кодоном.

getorf -minsize 240 -table 11 -find 1 -sequence yb.fasta -outseq yb.orf

Найдено 5 открытых рамок считывания.

3. Создадим индексные файлы BLAST для всех последовательностей из
SwissProt для бактерий таксона Enterobacteriales.

Для этого используем следующие команды:

seqret sw-org:enterobaceriales
formatdb -i entero.fasta -n entero

4. Создадим книгу Excel, включающую информацию о 5 открытых рамках
считывания во фрагменте генома.

Используем команду:

grep ">" AALC01000090.orf > ORF_list.txt

Число сходных последовательностей, найденных программой BLASTP среди
последовательностей Enterobacteriales из SwissProt при условии E-value <
0,01 было найдено с помощью скрипта.

Скрипт можно запустить следующим образом:

chmod +x my.script
./my.script
Казалось бы, в наборе предполагаемых генов есть аномалия (перекрывания
генов), но гомологи были найдены лишь для одной рамки считывания (она
достоверна).

Схематическое положение предполагаемого гена в геноме (открытой рамки,
имеющей гомологов) на фрагменте:
15--------->544