Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~OGGY_13th/align.html
Дата изменения: Fri May 20 16:14:38 2005
Дата индексирования: Tue Oct 2 00:39:48 2012
Кодировка: Windows-1251
Глобальное и локальное выравнивание аминокислотных последовательностей На главную страницу второго семестра

"Матрицы переходов"

"Глобальное выравнивание"

  • Для построения матрицы переходов, использовалась последовательность MKIG (первые четыре аминокислотных остатка белка MTNN_ECOLI) и последовательность WMIKF, полученная из первой при помощи двух произвольных замен и вставки произвольного аминокислотного остатка.

  • Для построения матрицы использовались следующие параметры::

  • Матрица переходов (оранжевым цветом показан оптимальный путь):

  • выравнивание, соответствующее оптимальному пути:

  • Вес оптимального пути:0

    • "Локальное выравнивание"

  • Для построения матрицы переходов использовалось две последовательности: девять первых аминокислотных остатков белка MTNN_ECOLI - MKIGIIGAM, последовательность, состоящая из второго, третьего, седьмого, восьмого и девятого аминокислотных остатков белка MTNN_ECOLI - KIGAM

  • Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:

  • Матрица переходов (желтым цветом показан субоптимальный путь, оранжевым оптимальный):

  • Выравнивание, соответствующее двум оптимальным путям:

    оптимальному

    субоптимальному

  • Вес оптимального пути:8, субоптимального пути:6

    • "Влияние параметров на глобальное выравнивание"

    Глобальные выравнивания были построены для белка MTNN_ECOLI и последовательности, составленной из двух его участков. Для построения была использована программа NEEDLE:

    Параметры, при помощи которых было построено выравнивание:

    Матрица аминокислотных замен EBLOSUM62

    Штраф за открытие делеции: 1.0

    Штраф за продолжение делеции: 1.0

    Length: 232

    Identity: 24/232 (10.3%)

    Similarity: 32/232 (13.8%)

    Gaps: 196/232 (84.5%)

    Score: 106.0

    Параметры:

    Матрица аминокислотных замен EBLOSUM62

    Штраф за открытие делеции: 10.0

    Штраф за продолжение делеции: 1.0

    Length: 233

    Identity: 20/233 ( 8.6%)

    Similarity: 23/233 ( 9.9%)

    Gaps: 198/233 (85.0%)

    Score: 56.0

    После того, как мы провели выравнивания, результаты которых можно увидеть выше, напрашиваются следующие выводы.

    Оба выравнивания были проведены для одних и тех же последовательностей, при помощи одной и той же программы. Разница была только в заданных параметрах, при помощи которых строились выравнивания.

    В первом случае мы указали, что штраф за открытие делеции равен единице. Из этого следует, что вес выравнивания почти не "страдает" из-за открытия новой делеции. Программа автоматически добавляет большее количество гэпов в выравниваниe, увеличивая при этом количество совпадающих аминокислотных остатков и, в то же время, увеличивая процент идентичности двух последовательностей и вес самого выравнивания.

    Во втором случае мы увеличиваем штраф за открытие делеции до десяти. По результатам выравнивания видно, что вес выравнивания, в этом случае, снижается почти на 50%. Это происходит потому, что программе невыгодно вставлять большое количетсво гэпов, и она "предпочитает" выявить меньшее количество совпадающих аминокислотных остатков.

    Так как штраф за продолжение делеции в обоих случаях одинаков и равен единице, то данный параметр практически не влияет на разницу в весе выравниваний.

    Если рассматривать полученные выравнивания с биологической точки зрения, то наиболее правильным является второй результат, так как вероятность того, что произойдет одна большая вставка больше, чем вероятность того, что в последовательности произойдет много, но небольших, замен.

    © Татьяна Минеева,2005