Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Matilda/t2_files/bali.doc Дата изменения: Thu May 26 16:56:27 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 08:34:51 2012 Кодировка: koi8-r

Сравнение множественного выравнивания, полученного с помощью программы
Clustalw, с «биологически правильным» выравниванием из BaliBase

Идентификатор выравнивания из BaliBase - 1eft_ref1.
Идентификаторы последовательностей - eftu_theaq, ef1a_sulac, erf2_picpi,
selb_ecoli.
Максимальный процент совпадения последовательностей - 35
Минимальный процент совпадения последовательностей - 25
Заданный фрагмент- с 201 по 225.

Блок выравнивания из BaliBase, содержащий заданный фрагмент фрагмент:

eftu_theaq 200 welldaideyIPTPVRDVDKPFLMPVedvftITGRGTVATGRIERGKVKV
ef1a_sulac 188 gptleelldqLEIPPKPVDKPLRIPIqevysISGVGVVPVGRIESGVLKV
erf2_picpi 192 gpslleyldsMPLAVRKINDPFMLPIssk..MKDLGTVIEGKIESGHVKK
selb_ecoli 152 .dalrehllqLPEREHASQHSFRLAIdraftVKGAGLVVTGTALSGEVKV


Блоки выравнивания из файла clustalw.msf:

* 510 * 520 * 530 * 540 * 550
EF1A_SULAC 189 : FVPVVAPDGDNVTHKST--KMPWYNGPT--LEELLDQLEIPPKPVDKPLR : 234
ERF2_PICPI 501 : FMPVSGYTGAGLKERVSQKDAPWYNGPS--LLEYLDSMPLAVRKINDPFM : 548
EFTU_THEAQ 173 : GSALLALEEMHKNPKTKRGENEWVDKIWELLDAIDEYIPTPVRDVDKPFL : 222
SELB_ECOLI 380 : LADFAWARQLNGEGMRELLQQPGYIQAG-YSLLNAPVAARWQRKILDTLA : 428
pwy l 4 6 p

* 560 * 570 * 580 * 590 * 600
EF1A_SULAC 235 : IPIQEVYSISGVGVVPVGRIESGVLKVGDKIVFMPVG--KIGEVRSIETH : 282
ERF2_PICPI 549 : LPISS--KMKDLGTVIEGKIESGHVKKGQNLLVMPNK--TQVEVTTIYNE : 594
EFTU_THEAQ 223 : MPVEDVFTITGRGTVATGRIERGKVKVGDEVEIVGLAPETRKTVVTGVEM : 272
SELB_ECOLI 429 : TYHEQHRDEPGPGRERLRRMALPMEDEALVLLLIEKMRESGDIHSHHGWL : 478
p g G v g46e g k g 6 6 v

Длина заданного фрагмента - 25 аминокислотных остатков
Доля «правильных» колонок в этом фрагменте - 15/25 - 60%
«Правильных» колонок, совпавших с колонками в файле clustalw.msf нет.
Полностью несовпадает последовательность SELB_ECOLI.