- EC 1: Оксидоредуктазы. К этому классу принадлежат все ферменты, катализирующие окислительно-восстановительные реакции. Окисляемый субстрат рассматривается как донор водородов или электронов. Классификация построена по принципу "донор:акцептор оксидоредуктаза".
- EC 1.8: Действие на серосодержащую группу, выступающую в качестве донора. Небольшой подкласс, включающий ферменты, действующие на неорганические субстраты или органические тиолы.
- EC 1.8.4: Ферменты, для которых дисульфид выступает в роли акцептора.
- EC 1.8.4.6:
- Основное название: протеин-метионин-S-оксид редуктаза
- Катализируемая реакция: протеин L-метионин + тиоредоксин дисульфид = протеин L-метионин S-оксид + тиоредоксин
- Другие названия: метионин сульфоксид (протеин) редуктаза; метионин сульфоксид пептид редуктаза; протеин (метионин сульфоксид) редуктаза; метионин(О)-пептид редуктаза; пептид метионин сульфоксид редуктаза; протеин-L-метионин; S-оксидоредуктаза окисленного тиоредоксина
- Систематическое название: протеин-L-метионин:тиоредоксин-дисульфид S-оксидоредуктаза
- Комментарии: Дитиотретол, но не 2-меркаптоэтанол, может заменить восстановленный тиоредоксин в обратной реакции. Не действует на свободный метионин.
Продолжающийся процесс открытия новых ферментов требует особого похода к их номенклатуре и классификации. Система, разработанная IUPAC, заключается в закреплении за каждым ферментом определенного имени и номера, чтобы он мог быть идентифицирован. Список ферментов, полученный таким образом, публикуется, время от времени пополняется и исправляется.По классификации ферментов каждый из них имеет свой определенный номер EC (Enzyme Commission), состоящий из четырех групп цифр, разделенных точками. Первая цифра обозначает отнесение фермента к классу, вторая — к подклассу, третья — к подподклассу и, наконец, четвертая — номер фермента.
Выданный код фермента — EC 1.8.4.6
Международный Союз по теоретической и прикладной химии (IUPAC) был организован в 1919 году химиками, занимающимися как теорией химии, так и проблемами производства (см. ссылку).
Международная комиссия по номенклатуре ферментов была организована в 1956 году Президентом Международного Союза по биохимии после того, как накануне (в августе 1955 года) в Брюсселе на третьем международном конгрессе по биохимии было решено основать ее. (см. ссылку).
Последние изменения были внесены в базу 20 мая 2006 года (см. ссылку).
Характеристика фермента в базе данных Brenda
Общее число ферментов с заданным кодом — 442.
Катализируемая реакция
|
Активаторы реакции
Na2SO4 | 
KCl |
Ингибиторы реакции
иодоацетамид | 
H2O2 |
Оптимум pH
Минимальный оптимум pH лежит от 6.9 до 7.5 (см. таблицу выше). |
В базе данных Brenda нет указаний на посттрансляционные модификации ферментов с кодом EC 1.8.4.6.
Данный фермент существует в форме мономера у крысы, других данных в базе данных Brenda нет (см. ссылку).
В базе данных Brenda нет указаний на болезни человека, так или иначе связанные с данным ферментом.
Сравнение ферментов с одинаковым кодом (EC) из эволюционно далеких организмов
С помощью SRS в банке Swiss-Prot был проведен поиск по полям ID и ECNumber. Слева в окне был выбран удобный для просмотра и сравнения доменной структуры способ отображения результатов (SW_InterProMatches). Структура запроса следующая:
Query "([swissprot-ECNumber:1.8.4.6*] & (([swissprot-ID:*_ECOLI*] | [swissprot-ID:*_HUMAN*]) | [swissprot-ID:*_Metja*])) "В результате было найдено 3 последовательности. Для их доменов Pfam были определены идентификаторы и положения в последовательности. Полученные данные сведены в следующую таблицу:
| ID последовательности | AC последовательности | Идентификатор домена Pfam | Положение в последовательности |
| MSRA_HUMAN | Q9UJ68 | PF01625 | 66-225 |
| MSRA_ECOLI | P0A744 | PF01625 | 43-203 |
| MSRB_ECOLI | P0A746 | PF01641 | 7-129 |
seqret sw:MSRA_HUMAN -sask -sbegin 66 -send 225 stdout > msra_human.fasta seqret sw:MSRA_ECOLI -sask -sbegin 43 -send 203 stdout > msra_ecoli.fasta seqret sw:MSRB_ECOLI -sask -sbegin 7 -send 129 stdout > msrb_ecoli.fasta x1=`needle msra_human.fasta msra_ecoli.fasta -auto stdout | grep Identity | awk '{print $4}' | tr -d "()%" | tr . ,` x2=`needle msra_human.fasta msrb_ecoli.fasta -auto stdout | grep Identity | awk '{print $4}' | tr -d "()%" | tr . ,` x3=`needle msra_ecoli.fasta msrb_ecoli.fasta -auto stdout | grep Identity | awk '{print $4}' | tr -d "()%" | tr . ,` echo PROTEINS>> Script_results.out echo $x1 >> Script_results.out echo $x2 >> Script_results.out echo $x3 >> Script_results.out- Выравнивания для каждой пары последовательностей:
Попарная идентичность последовательностей
|
В таблице слева в % приведена попарная идентичность последовательностей
гомологичных доменов ферментов с одинаковыми EC. Для таких
далеких организмов, как E.coli и человек, такая идентичность велика.
|
О базе данных ENZYME
ENZYME — это хранилище информации, связанной с номенклатурой ферментов. В основе его лежат рекомендации Номенклатурного Комитета IUBMB. В ENZYME описывается каждый тип охарактеризованного фермента, для которого был предложен EC. Является составной частью ExPASy.
© Лукьянов Михаил, 2006