Восстановление предковой последовательности средствами пакета PHYLIP

В данном упражнении нужно было предложенно на основании выравнивания последовательностей-листьев из моей эволюционной модели, восстановить предковую последовательность и сравнить ее с таковой из моей эволюционной модели.

С помощью программы dnaml я сначала построил филогенитическое дерево по выравниванию. Полученное дерево не совпало по топологии с деревом из моей эволюционной модели! В "настоящем" дереве нет ветви DEF|ACB.

Дерево, построенное программой dnaml	Дерево из моей эволюционной модели
+----leafB | | +----------------------------------leafF | +-----4 | +--3 +----------------leafE | | | 1--2 +----leafD | | | +-----leafC | +----leafA

Как сказанно в программе дерево построенно по методу MaximumLikelihood, но оно не совпало и с деревом в моем упражнении по реконструированию деревьев. Там оно полностью совпало по топологии с "истинным" деревом. Значит версия алгоритма MaximumLikelihood, реализованного в программе dnaml, хуже чем в пакете EMBOSS.

Итак, я решил сравнить восстановленную последовательность первого узла с последовательностью ему соответствующего узла из моей эволюционной модели. Для этого я воспользовался программой построения глобальных выравниваний needle. Процент идентичности последовательностей составил 95.3%, что можно считать отличным результатом. Однако число мутаций, которыми получены листья A и B, невелико: всего 20% от длинны последовательности (см. Дерево из моей эволюционной модели). Я тем же образом я сравнил восстановленую последовательность 4-го узла с последовательностью соответствующего узла из эволюционной модели. Процент идентичности составил уже 76%, что очень не плохо, учитывая, что расстояние от листьев до узла составляет 130% и 70% (для разных листов) мутаций.

Для узлов 2 и 3 дерева, полученного dnaml программой, нет соответствующих узлов в "истинном" дереве из-за различных топологий этих деревьев.