Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~Konstantin/Term4/DAT.html
Дата изменения: Wed May 31 15:07:51 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 08:43:20 2012 Кодировка: Windows-1251 |
База данных содержит в себе классы сигнальных трансдукционных систем, смодулированных фосфорилированием или реакциями метилирования, такие как PAS белки и серин/треониновые киназы, так же как и классические двухкомпонентные гистидиновые киназы и метил-акцептерные белки. В настоящее время, Sentra содержит последовательности сигнальных трансдукционных белков из сорока трех полностью секвенированных прокариотических геномов и последовательности из 264 организмов из SWISS-PROT и TrEMBL [1]. Сигнальные трансдукционные белки аннотируются с использованием информации, описывающей консервативные домены, последовательности паралогов и ортологов, и консервативные кластеры хромосомных генов. Недавно разработанный пользовательский интерфейс поддерживает гибкие способности поиска и обширную визуализацию данных.
Пользовательские свойства стартовой страницы базы весьма удобны для пользователя.
На главной станице имеются все необходимые ссылки на разделы базы данных для проведения необходимого
поиска.Ниже показан интерфейс этой странички:
Дизайн Базы Данных выполнен в мягких зеленых и оранжевых тонах, акцентируя внимание на важных ссылках и разделах.
Проведение поиска также не вызывает у пользователя никаких затруднений:
Для проведения поиска нужно выбрать категорию исследуемых белков (например, гистидиновые киназы)
и организм. Также можно провести поиск по ключевым словам или по GI Number.
Результатом на такой запрос будет выдан список доменов, по которым будет далее вестись поиск. Все домены аннотированны в Базе данных Interpro. |
База данных Sentra обладает собственной поисковой системой, проводя поиск среди документов, аннотированных в NCBI. После проведения поиска по составленному запросу, выдается список найденных документов, а также указывается название найденных белков, их описание и локализация, что существенно упрощает поик. Дальнейший анализ полученных документов (Further Analysis) приводит на соответствующий документ на сайте той же исследовательской группы авторов (Банке данных Puma2), в котором описаны гомологи найденного белка. |
Из-за того, что Sentra - довольно молодая и развивающаяся база данных (и последовательностей в ней описано пока что маловато), некоторые возможности БД пока не реализованы. Например, так и не получилось разобраться с работой таких разделов базы данных, как Gene Cluster и Contig Map. Тем не менее у БД Sentra не плохой потенциал и широкие просторы для дальнейшего развития.
В начало страницы.
На главную страницу.