- Субстрат — Pyruvate (Пируват)
- Продукт — Acetyl-CoA (Ацетил-КоА)
- Уравнение реакции (одна из 6-ти найденных реакций):
Pyruvate + CoA + NAD+ <=> Acetyl-CoA + CO2 + NADH
(Пируват + КоА + NAD+ <=> Ацетил-КоА + CO2 + NADH) - Изображение реакции с помощью структурных формул:
- Название фермента (один из 4-х ферментов, катализирующих данную реакцию) — pyruvate dehydrogenase (NADP+) (дегидрогеназа пирувата)
- Код фермента — EC 1.2.1.51
- Расшифровка кода EC 1.2.1.51:
- EC 1 — оксидоредуктазы (Oxidoreductases)
- EC 1.2 — воздействующие на альдегидную или оксогруппу донора
- EC 1.2.1 — акцептором является NAD+ или NADP+
- EC 1.2.1.51. — дегидрогеназа пирувата (pyruvate dehydrogenase (NADP+))
- Название метаболического пути: метаболизм пирувата (Pyruvate metabolism)
- Из чего (в пределах данного метаболического пути) мог появиться заданный субстрат?
- Общее число путей — 9
- Пример — L-Lactate (L-лактат)
- Во что дальше может превратиться заданный продукт?
- Общее число путей — 8
- Пример — L-Malate (L-малат)
- Список генов, которые по данным KEGG являются ортологами гену фермента EC 1.2.1.51 (общее число — 4):
- CPV: cgd4_690
- RRU: Rru_A2398
- AVA: Ava_3046
- CCH: Cag_1730
- В чем различие результатов поиска метаболического пути со словами "reference" и "map" и без них?
- При поиске только по заданному названию пути находятся ВСЕ метаболические пути триптофана отдельно во всех возможных организмах, поэтому в выдаче содержится так много результатов (367 "хитов").
- Когда мы добавляем в запрос "reference" и "map", выдача ограничивается только картой ОБЩЕГО для всех организмов метаболического пути триптофана (от которой можно потом перейти к частным метаболическим путям триптофана в разных организмах), поэтому результат один.
- Название заданного пути — Tryptophan metabolism (Метаболизм триптофана)
- Картинка с выбранным фрагментом:
- Сравнение ферментов с кодами EC 1.2.1.3 и EC 1.2.3.1:
| Код | EC 1.2.1.3 | EC 1.2.3.1 |
| Расшифровка кода | EC 1 — оксидоредуктазы
EC 1.2 — воздействующие на альдегидную или оксогруппу донора EC 1.2.1 — акцептором является NAD+ или NADP+ |
EC 1 — оксидоредуктазы
EC 1.2 — воздействующие на альдегидную или оксогруппу донора EC 1.2.3 — акцептором является кислород |
| Название | Альдегиддегидрогеназа (NAD+) | Альдегидоксидаза |
| Субстрат | Альдегид | Альдегид |
| Продукт | Кислота | Карбоновая кислота |
| Катализируемая реакция | Альдегид + NAD+ + H2O = Кислота + NADH + H+ | Альдегид + H2O + O2 = Карбоновая кислота + H2O2 |
| Участие в метаболических путях |
Glycolysis / Gluconeogenesis
Ascorbate and aldarate metabolism Fatty acid metabolism Bile acid biosynthesis Valine, leucine and isoleucine degradation Lysine degradation Arginine and proline metabolism Histidine metabolism Tryptophan metabolism beta-Alanine metabolism Glycerolipid metabolism Pyruvate metabolism 1,2-Dichloroethane degradation Propanoate metabolism Butanoate metabolism Limonene and pinene degradation |
Valine, leucine and isoleucine degradation
Tyrosine metabolism Tryptophan metabolism Vitamin B6 metabolism Nicotinate and nicotinamide metabolism |
| Общее число генов | 177 | 6 |
| Связанные болезни |
Aldehyde dehydrogenase 2 family, mitochondrial
Aldehyde dehydrogenase 3 family, member A1 Aldehyde dehydrogenase 1 family, member B1 Aldehyde dehydrogenase 7 family, member A1 Aldehyde dehydrogenase 1 family, member A3 Aldehyde dehydrogenase 9 family, member A1 Aldehyde dehydrogenase 3 family, member A2 |
Aldehyde oxidase-1 |
| Мотивы |
PS: PS00070 [FYLVA]-x(2)-{DILV}-G-
[QE]-{LPYG}-C-[LIVMGSTANC]-
[AGCN]-x-[GSTADNEKR]
PS: PS00687 [LIVMFGA]-E-[LIMSTAC]-
[GS]-G-[KNLM]-[SADN]-
[TAPFV] |
PS: PS00197 C-{C}-{C}-[GA]-{C}-C-[GAST]-
{CPDEKRHFYW}-C
PS: PS00559 [GA]-{A}-x(2)-[KRNQHT]-
x(11,14)-[LIVMFYWS]-x(4)-
{GK}-x(3)-[LIVMF]-x-C-x(2)-
[DEN]-R-x(2)-[DE] |
| PDB ID структур | 1A4Z 1AG8 1BXS 1CW3 1NZW 1NZX 1NZZ 1O00 1O01 1O02 1O04 1O05 1O9J 1OF7 1OM2 1WT4 1ZUM | 1SIJ 1VLB |
| У каких млекопитающих присутствуют |
|
|
| У каких млекопитающих отсутствуют |
|
|
- Задание:
Известно, что E.coli K-12 способна самостоятельно синтезировать кофактор флавинадениндинуклеотид (FAD) из GTP. Какие предшественники FAD должен получить из пищи человек, чтобы синтезировать его.
- Название пути: Riboflavin metabolism (метаболизм рибофлавина).
- Идентификатор использованных карт: 00740
- Изображение фрагмента карты (reference map):
- Количество реакций во фрагменте — 7
- Первое вещество (GTP) синтезируется из предшественников (GDP и др.) в ходе пуринового метаболизма.
- Последнее вещество (FAD) является конечным продуктом и может только превратиться по обратной реакции в FMN.
- Сравнение путей синтеза FAD у Escherichia coli и Homo sapiens:
- Путь синтеза FAD у Escherichia coli (выделен рамочкой):
Можно видеть, что Escherichia coli имеет все необходимые ферменты для синтеза FAD из GTP (для каждой их семи стадий, через которые осуществляется синтез FAD, у Escherichia coli имеется специфический фермент, катализурующий реакцию).
- Путь синтеза FAD у Homo sapiens (выделен рамочкой):
В отличие от предыдущего случая, у человека есть ферменты для осуществления только двух последних стадий синтеза FAD, поэтому он не может синтезировать FAD из GTP никаким образом.
- Предположения о биологическом смысле наблюдаемого:
Поскольку человек, как было показано, не может сам синтезировать FAD из GTP, он должен получать его предшественник, рибофлавин, вместе с пищей, в отличие от Escherichia coli, которая может без какого бы то ни было для себя ущерба жить на субстрате, не содержащем рибофлавина.