Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~Khrameeva/t2_html/res.doc Дата изменения: Fri May 6 17:38:17 2005 Дата индексирования: Tue Oct 2 08:34:04 2012 Кодировка: koi8-r

Таблица 1. Количество гомологов при поиске с помощью программы BLASTP
|Эукариоты |Археи |Бактерии |
|10 |20 |0 |


Таблица 2. Результаты поиска гомологов с помощью программы PSI-BLAST
|? итерации |Эукариоты |Археи |Бактерии |E-value |
| | | | |IF1A_PYRAB |
| |Кол-во|Новые |Новые |Кол-во |Новые |Кол-во| |
|1 |10 |+ |+ |20 |+ |0 |9e-09 |
|2 |10 |- |- |20 |- |0 |2e-23 |


Новые:
"+" означает, что на данной итерации появились новые гомологи,
"-"означает, что на данной итерации новых гомологов не появилось

Описание наблюдений, основанных на полученных данных

1. Первая итерация PSI-BLAST представляет собой обычный поиск с помощью
стандартной процедуры BLAST (программа BLASTP), т.к. значения, полученные
на первой итерации совпадают со значениями, полученными с помощью
программы BLASTP

2. PSI-BLAST следует использовать как инструмент для поиска далеких
гомологов

3. E-value IF1A_PYRAB уменьшается с каждой итерацией. E-Value позволяет
оценить, сколько можно найти выравниваний с весом больше данного в банке
случайным образом сгенерированных последовательностей. Если число
последовательностей, среди которых производится поиск, уменьшается, то E-
Value тоже уменьшается, что и наблюдается при выполнении второй итерации
PSI-BLASTом, когда поиск ведется по PSSM профилю, построенному на первой
итерации

На второй итерации у нас не нашлось новых последовательностей, т.к. на
первой итерации мы производили поиск только внутри одного таксона, а перед
второй итерацией мы не вернулись на исходную страничку, где надо было
установить поиск по всем организмам, поэтому поиск производился только
внутри нашего таксона.