Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~Kaspersky/term4/5.html
Дата изменения: Wed May 31 14:01:56 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 07:04:14 2012
Кодировка: Windows-1251
Далее было получено множественное выравнивание данных последовательностей с помощью программы emma, затем строилась матрица попарного выравнивания с помощью программы eprodist, и с помощью программы eneighbor пакета программ EMBOSS было получено филогенетическое дерево. После чего
дерево было отредактираванно с помощью программы GeneMaster:
Внешняя группа выделена жирным и подчеркнутым шрифтом.
красным выделены паралоги; паралогами считались белки из одного организма, но находящиеся на разных кладах дерева
(Однако две последоваательнеости на одной кладе будут являться ортологами,
если они из разных организмов, и паралогами, если из одного).
Так, паралогами можно считать:
HBA_HUMAN и HBB_HUMAN
HBA_MACGI и MYG_MACGI
HBB_MACRU и HBA_MACRU
Как видно, все они находятся на разных кладах, кроме того, несмотря на то, что все они принадлежат семейству глобинов, они различны по функциям: в каждой паре один белок — гемоглобин, а другой — миоглобин (цитоглобин в первом случае).
Из этого можно сделать вывод, что разделение (удвоение гена, и т.д.) произошло достаточно давно, при том у какого-то одного организма-предка (т.е. паралоги дальние), после чего обе линии развивались параллельно.
Для поиска ортологов проще воспользоваться и филогенетическим, и таксономическим деревьями (все ортологи получились из очень близких организмов — принадлежащих одному роду).
Итак, ортологи (выделены синим):
HBA_DIDMA и HBA_MONDO
HBE_DIDMA и HBE_HUMAN
HBB_RANCA и HBB_RANES
В каждой паре оба белка выполняют одну и ту же функцию - гемоглобины.
А вот и таксономическое дерево (таксоны всех белков из выборки), выделены ,близкие виды:
