На главную страницу
Матрицы переходов
Глобальное выравнивание
Последовательности, для которых строилась матрица переходов: |
MPLP |
|
MISDP |
|
|
Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:
|
вес совпадения = 2 |
|
вес замены = -1, |
|
штраф за делецию = -2 |
|
|
Матрица переходов (выравнивание,
соответствующие оптимальному пути обозначено
цветом)
|
![](../IMAGES/global.gif) |
|
|
Выравнивание, соответствующее оптимальному пути
|
MPL-P
| |
MISDP
|
Вес оптимального пути
|
0 |
Локальное выравнивание
Последовательности, для которых строилась матрица переходов: |
MPLPDFRLI |
|
PLRLI |
|
|
Параметры, использовавшиеся при построении матрицы:
|
вес совпадения = 2 |
|
вес замены = -1, |
|
штраф за делецию = -2 |
|
|
Матрица переходов (выравнивание,
соответствующие оптимальному пути обозначено
цветом)
|
![](../IMAGES/local.gif) |
|
|
Выравнивания, соответствующие оптимальному пути
|
оптимальный путь
MPLPDFRLI
|||
PLRLI
|
|
субоптимальный путь
MPLPDFRLI
||
PLRLI
|
|
Вес оптимальных путей
|
вес оптимального пути =6
|
|
вес субоптимального пути =4
|
|
Влияние параметров на глобальное выравнивание
Далее приведены глобальные выравнивания белка LOLB_ECOLI и
NEWSEQ (последовательность, состаящая из двух вырезанных
частей последовательности LOLB_ECOLI) Программа (NEEDLE), которая строила
эти выравнивания использовала аффинную систему штрафов. Эта система
предусматривает разные штрафы за начало и за продолжение делеции.
В данном выравнивании штраф за открытие делеции был в несколько раз выше,
чем за ее продолжение и мы видим, что результаты практически соответствуют,
тому, как была получена последовательность NEWSEQ из последовательности
LOLB_ECOLI.
Параметры, при которых было построено выравнивание:
Штраф за открытие делеции= 10
Штраф за продолжение делеции= 1, |
NEWSEQ 1 MPLPDFRLIRLLQQTGQDRYRLLL 24
||||||||||||.... |:|
LOLB_ECOLI 1 MPLPDFRLIRLLPLAA-----LVLTACSVTTPKGPGKSPDSPQWRQHQQD 45
NEWSEQ 25 24
LOLB_ECOLI 46 VRNLNQYQTRGAFAYISDQQKVYARFFWQQTGQDRYRLLLTNPLGSTELE 95
NEWSEQ 25 24
LOLB_ECOLI 96 LNAQPGNVQLVDNKGQRYTADDAEEMIGKLTGMPIPLNSLRQWILGLPGD 145
NEWSEQ 25 24
LOLB_ECOLI 146 ATDYKLDDQYRLSEITYSQNGKNWKVVYGGYDTKTQPAMPANMELTDGGQ 195
NEWSEQ 25 24
LOLB_ECOLI 196 RIKLKMDNWIVK 207
|
В этом же выравнивании штрафы за открытие и за продолжение делеции были
одинаковы, и получилось так, что было выгоднее сделать ннесколько коротких
делеций, но как мы знаем это не соответветствует тому, как была получена
последовательность NEWSEQ.
Сравнивая эти результаты, можно сказать, что
в данном случае афинная система оказалась выгоднее.
Параметры, при которых было построено выравнивание:
Штраф за открытие делеции= 1
Штраф за продолжение делеции= 1, |
NEWSEQ 1 0
LOLB_ECOLI 1 MPLPDFRLIRLLPLAALVLTACSVTTPKGPGKSPDSPQWRQHQQDVRNLN 50
NEWSEQ 1 MP-LPDFR-LI--RLL-QQTGQDRYRLLL 24
.. :.| : .: |.. ||||||||||||
LOLB_ECOLI 51 QYQTRGAFAYISD-QQKVYARFFWQQTGQDRYRLLLTNPLGSTELELNAQ 99
NEWSEQ 25 24
LOLB_ECOLI 100 PGNVQLVDNKGQRYTADDAEEMIGKLTGMPIPLNSLRQWILGLPGDATDY 149
NEWSEQ 25 24
LOLB_ECOLI 150 KLDDQYRLSEITYSQNGKNWKVVYGGYDTKTQPAMPANMELTDGGQRIKL 199
NEWSEQ 25 24
LOLB_ECOLI 200 KMDNWIVK 207
|
©
Хайруллина Гузель,2004