Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~zini/prosite.html
Дата изменения: Wed Jun 9 20:32:42 2004
Дата индексирования: Mon Oct 1 22:45:49 2012
Кодировка: Windows-1251
Поиск мотивов в последовательности TolB_ECOLI с помощью средств PROSITE

Поиск мотивов в последовательности TolB_ECOLI с помощью средств PROSITE


Работа с прoграммой:

  1. Internet Explorer



В базе данных PROSITE собрана коллекция сайтов, мотивов и доменов. Они описаны с помощью паттернов (раннее в базе данных использовались только они) и профилей-PSSM (теперь это основная форма описания).


С помощью программы ScanProsite (Scan a protein for PROSITE matches) было найдено 5 известных мотивов в последовательности TolB_ECOLI.


Описание найденной записи:

Найденный паттерн - сайт фосфорилирования киназой тирозина (Tyrosine kinase phosphorylation site),
идентификатор патерна - PS00007, идентификатор документации Prosite - PDOC00007.
Собственно патерн: [RK]-x(2,3)-[DE]-x(2,3)-Y .

Мотив TolB_ECOLI, соответствующий найденному паттерну: R-V-S-D-Y-D-G-Y .

Альтернативный паттерн, также идеально удовлетворяющий этому паттерну: K-V-S-E-V-T-Y.

Таблица 1.

Идентификатор паттерна

Идентификатор документации PROSITE и краткое описание или название паттерна в соответствии с этим документом

Паттерн

Число мотивов, обнаруженных в моем белке

PS00001*

PDOC00001: сайт N-гликозилирования

N-{P}-[ST]-{P}

2

PS00005*

PDOC00005: сайт фосфорилирования протеинкиназой С

[ST]-x-[RK].

4

PS00006*

PDOC00006: cайт фосфорилирофания казеинкиназой

[ST]-x(2)-[DE].

6

PS00007*

PDOC00007: cайт фосфорилирофания тирозинкиназой

[RK]-x(2,3)-DE-x(2,3)-Y.

1

PS00008*

PDOC00008: cайт N-миристоилирования

G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}.

11

* - отмечены часто встречающиеся паттерны


Переход на главную страничку здесь.