На страницу шестого семестра
Работа с Pymol
Задание 1
Sculpting
Приложение для игры с геометрией молекулы. Меняются углы, длины связей, можно как угодно выворачивать молекулу.Задание 2
Mutagenesis
Наш белок 1LMP, его лиганды-NAG (N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE) и NDG (2-(ACETYLAMINO)-2-DEOXY-A-D-GLUCOPYRANOSE) Оценим поверхность связывания лигандов с белком. На картинке изображены возможные взаимодействия.
Для мутации выберем 52 остаток аспарагина,положительно заряженный, заменим его, например, на неполярный глицин.
После мутации, площадь взаимодействия уменьшилась, так как геометрически глицин меньше аспарагина, меньшее кол-во связей удерживают молекулу лиганда.
Задание 3
Создание анимационного ролика
C помощью команд mset, mview, super, translate был создан анимационный ролик. Совмещение структур белков с мутацией и без нее.Ccылка на видео.
Задание 4
Введение флуорусцентной метки TAMRA
К 41 остатку глутоминовой кислоты была присоединена флуоресцентная метка.
Задание 5
Создание полиаланиновой спирали
Скрипт.