Описание функции белка HIS4_ECOLI в соответствии с GO-аннотацией
|
Онтология GO |
Количество разных ассоциированных терминов GO |
Функция белка
|
Где? |
Component |
1 |
цитоплазма |
Зачем, для чего? |
Process |
3 |
изомеразная, каталитическая активность |
Молекулярный механизм? |
Function |
3 |
процесс биосинтеза гистидина, метаболическая активность, процесс биосинтеза клеточных аминокистот |
Специфичность? |
- |
|
|
Описание терминов GO
GO ID выбранного термина |
Список синонимов |
Список ближайших родительских терминов GO с указанием типа связи |
Список ближайших дочерних терминов GO с указанием типа связи |
GO:0000105 |
1)histidine anabolism
2) histidine biosynthesis
3)histidine formation
4)histidine synthesis |
Тип связи is a, ближайшие родительские термины: GO:0009076,GO:0006547, GO:0018130
|
Дочерних нет |
GO:0003949 |
1-(5-phosphoribosyl)-5-[(5-phosphoribosylamino)methylideneamino]imidazole-4-carboxamide aldose-ketose-isomerase activity |
Тип связи is a, ближайшие родительские термины: GO:0016861 |
Дочерних нет |
GO:0005737 |
- |
Тип связи is a, ближайшие родительские термины: GO:0044424 |
Тип связи part of, ближайшие дочерние термины: GO:0005622 |
изображения графа родительских, дочерних терминов и терминов-сибсов:
GO:0000105
GO:0003949
GO:0005737
Соотношение между реальными и гипотетическими белками из Cavia porcellus(по данным UniProt)
Rank: species
Taxonomy ID: 10141
Морская свинка(англ- Guinea pig, лат- Cavia porcellus)
|
Количество в UniProt |
Существование белка доказано экспериментально |
94 |
Известны только соответствующие транскрипты |
537 |
Гипотетический белок, предсказан по гомологии |
103 |
Иные предсказанные гипотетические белки |
69 |
Определение качества функциональной аннотации в UniProt
C помощью одного запроса к SRS нужно было определить, сколько из реальных (доказанных экспериментально) белков морской свинки, у которых встречается хотя бы один раз хотя бы один из кодов экспериментального доказательства функции, аннотированы по всем трем словарям GO. SRS не смог его выполнить данный запрос. Тогда исключил условие присутствия аннотаций GO по всем трем словарям. По данному запросу было найдено всего 2 белка Q8K4M6_CAVPO и Q8K4M7_CAVPO; GO:0005793, онтология Cellular Component, а функция vesicular-tubular cluster, endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment. Можно сделать вывод, что Uniprot не обладает полной информацией по экспрериментально установленным белкам.
Получение выборки последовательностей белков с заданной функцией
Был выбран идентификатор GO:0006468 protein amino acid phosphorylation (фосфорилирование аминокислот белка)
Словарь: biological process
Описание:Процесс введения фосфатных групп в белок
С функцией фосфорилирования (phosphorylation) был произведен поиск по организму Cavia porcellus
По данному запросу в SRS было найдено 7 записей.
Файл с последовательностями в формате FASTA(Скачать)
Определение главной функции в большом списке белков
GO ID |
Онтология GO |
P-value |
Функция белка
|
GO:0000105 |
biological process |
1.25e-15 |
histidine anabolism, histidine biosynthesis, histidine formation, histidine synthesis |
GO:0009076 |
biological process |
1.25e-15 |
histidine family amino acid anabolism, histidine family amino acid biosynthesis, histidine family amino acid formation, histidine family amino acid synthesis |
GO:0005886 |
cellular component |
3.02e-15 |
cytoplasmic membrane, plasmalemma, cell membrane |
GO:0006547 |
biological process |
3.35e-15 |
histidine metabolism |
GO:0009075 |
biological process |
3.35e-15 |
histidine family amino acid metabolism |
GO:0015293 |
molecular function |
1.19e-08 |
symport, cotransporter activity, porter activity |
Полная таблица, выданная пограммой GOstat (ПРОСМОТР)
В данной таблице приведены самые перепредставленные в выборке термины GO, видно что доминирует онтология biological process, и функции, связанные с метаболизмом, биосинтезом и анаболизмом гистидина, но также встречаются и белки, связанные с клеточной мембраной и транспортом через нее.
 |
