7 сентября 2009 г. - дата последнего проиндексированного в системе релиза EMBL и количество записей в нем 108577013

Список классов банка EMBL

ANN: Constructed sequence with annotation
CON: Constructed sequence
EST: Expressed Sequence Tag
GRV: Genome Reviews
GSS: Genome Survey Sequence
HTC: High Throughput cDNA sequencing
HTG: High Throughput Genome sequencing
MGA: Mass Genome Annotation
PAT: Patent
SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
STD: Standard
STS: Sequence Tagged Site
TPA: Third Party Annotation
TSA: Transcriptome Shotgun Assembly
WGS: Whole Genome Shotgun

Проиндексированы записи:
EST: 62846990 записей
GSS: 25905073 записей
HTC: 549753 записей
HTG: 142473 записей
PAT: 10439165 записей
STD: 7253026 записей
STS: 1310171 записей
TPA: 6520 записей
TSA: 123842 записей

Не проиндексированы записи:
ANN: Constructed sequence with annotation
CON: Constructed sequence
GRV: Genome Reviews
MGA: Mass Genome Annotation
SET: Project set (EMBL WGS Masters only)
WGS: Whole Genome Shotgun

 

Информация о гене HLA-F из записи BA000025

Относительно направления, выбранного для записи, ген на комплементарной цепи.

Число кодирующих участков: 8

Длина первого кодирующего участка: 64 нуклеотида

Длина последнего кодирующего участка: 5 нуклеотида

Длина первого интрона между кодирующими участками: 130 нуклеотидов

Длина последнего интрона между кодирующими участками: 176 нуклеотида

Поиск белка по кодирующему участку гена

Был выбран самый длинный кодирующий участок (2214811..2215086).
Его длина составила 275 нуклеотида.

С помощью программы seqret с параметром -sask последовательность этого кодирующего участка была вырезана в отдельный файл: hla-f.fasta

seqret -sask
Reads and writes (returns) sequences
Input (gapped) sequence(s): BA000025.embl
Begin at position [start]: 2214811
End at position [end]: 2215086
Reverse strand [N]:
output sequence(s): hla-f.fasta

Была выбрана программа blastx, находящая белковые последовательности, соответствующие нуклеотидной последовательности, подаваемой на вход.

Содржание hla-f.fasta скопировано в поле для ввода последовательности:.
В поле database был выбран банк SwissProt.
После этого был начат поиск.

Было найдено 152 белков. Первые 2 белка имеют одинаковое E-value 6e-17
Белок P30511 (HLAF_HUMAN) найден вторым, и у него, как и у HLAF_MACMU одинаковый E-value и счет.
Участок этого белка с 205 по 295 аминокислотных остатков соответствует исследуемому экзону.

Идентификатор записи EMBL	Тип молекулы	Класс данных	Раздел EMBL	Дата создания документа	Описание	Длина последовательности
AP009048	Genomic_DNA	STD	PRO	22-JAN-2006	Escherichia coli str. K12 substr. W3110 DNA, complete genome.	4646332
U00096	Genomic_DNA	STD	PRO	23-FEB-2006	Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome.	4639675
U18997	Genomic_DNA	STD	PRO	30-DEC-1994	Escherichia coli K-12 chromosomal region from 67.4 to 76.0 minutes.	372438
U01376	ALT_INIT, Genomic_DNA	STD	PRO	18-MAY-1995	Escherichia coli K12 ampicillin-binding protein (dacB), transcription elongation factor (greA), regulatory protein (mrsF), ATP-binding protein (mrsC), dihydropteroate synthase, regulatory protein (mrsA), and membrane protein genes, complete cds.	9097
M83138	Genomic_DNA	STD	PRO	20-OCT-1992	E.coli ftsH and ftsJ genes, complete cds.	2950

Все записи относятся к классу данных STD и описывают ДНК организма Escherichia coli.
Записи AP009048 и U00096 сильно превышают остальные записи по длине, так как они описывают полный геном.
Остальные три записи описывают лишь участки генома.