Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~yaros/term3/BlockII/analysis8.html
Дата изменения: Sun Mar 2 18:48:48 2008
Дата индексирования: Tue Oct 2 18:47:10 2012
Кодировка: Windows-1251

Practice8 Третий семестр

Структура тРНК

1. Предварительный анализ

Данные получены при работе с файлом 1FFY.pdb

PDB код - 1ffy.
Изолейциновая тРНК, ID-2, Chain T.
Присутствует белок - isoleucyn-tRNA Synthetase.
Лиганды: K-1, Zn-2, Mg-10, Mupirocin.

Последовательность тРНК:

5'-GGGCUUGUAGCUCAGGUGGUUAGAGCGCACCCCUGAUAAGGGUGAGGUCGGUGGUUCAAGUCCACUCAGGCCCAC-3'

Начальный нуклеотид - 1T, конечный - 74T
Модифицированных оснований нет, что странно для тРНК. Как правило в антикодоновой петле присутствует псевдоуридин, в петлях зачастую встречается дигидроуридин и т.д.
Пропуски, вставки в нумерации - НЕТ

2. Анализ структуры тРНК программой find_pair.

Выполнена команда: find_pair -t 1FFY.pdb pairs.txt
Программа нашла 30 пар, из которых 10 - неканонические, и 4 спирали. Разным цветом в посл-ти нуклеотидов обозначены элемены разных спиралей:

5'-GGGCUUG UA GCUC AGGUGGUUA GAGC G CACCC CUGAUAA GGGUG AGGUC GGUGG UUCAAGU CCACUCAGGCCC AC-3'

Длины спиралей: красная-7, синяя-4, зеленая-5, коричневая-5. Имеется один узел, из него выходят синяя и зеленая спирали.

3. Изображение спиралей.

тРНК - остовная модель, спирали покрашены в соотв-и с предыдущем заданием. Здесь представлена L-модификация тРНК.

select all
wireframe off
backbone 80
color white

select 1-7, 67-73
color red
select 10-13, 23-26
color blue
select 28-32, 40-44
color green
select 50-54, 62-66
color brown

select G2.P
label "G2(5'-end)"
select C74.P
label "C74(3'-end)"
restrict *T

3. Поиск альтернативных взаимодействий в тРНК.

Внеспиральные стекинг-взаимодействия: A14-G22
Неканоническое взаимодействие: U5-G68, G49-U65, A38-C32

тРНК уже визуально имеет большую долю сходства с А-формой ДНК, главным образом из-за наличия отверстия в центре, спираль правая и в витке 11-12 нуклеотидов. Что еще характерно, ширина большой бороздки меньше ширины малой.

4. Программа einverted.


: Score 16: 8/10 ( 80%) matches, 0 gaps
      23 gagcgcaccc 32                 
         || | |||||                    
      49 ctggagtggg 40                 
                                       
: Score 14: 6/7 ( 85%) matches, 0 gaps 
       1 gggcttg 7                     
         || ||||                       
      63 cctgaac 57

Программа нашла 2 двуспиральных участка, причем оба не соответствуют участкам из записи PDB, хотя есть одно небольшое сходство, в обоих случаях один участок содержит последовательность нуклеотидов: 1-7. Это может быть связано с тем, что программа не учитывает пространственного расположения цепи, а свои результаты основывает лишь на последовательности буквенных обозначений.

4. Предсказание вторичной структуры РНК. Программа mfold.

Оптимальная структура получена при значении P=15, наилучшее предсказание по счету было 2-м. Без указания параметра получился 1 рез-т, при P=10 - 2, при P=15 - 5 рез-тов. В итоге, рисунок вполне удовлетворяет реальной структуре и вполне сходится с результатами программы find_pair.