Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~yaros/term2/BlockIII/Prac10.html
Дата изменения: Tue May 30 18:07:33 2006
Дата индексирования: Tue Oct 2 18:10:09 2012
Кодировка: Windows-1251
benchmark_aln

Cравнение фрагмента полного множественного выравнивания, полученного с помощью программы ClustalW, с соответствующим фрагментом "эталонного" выравнивания из SMART

Второй семестр

Данное выравнивание было получено так, в БД SMART, ввел код доступа белка, появилось изобр-6 доменной стр-ры. Выбрал домен, 427а.к.о. сохранил эталонное выравнивание, перевел в GeneDoc и вырезал фрагмент, для дальнейшего исследования (benchmark.msf).

Фрагмент "эталонного" выравнивания из SMART.

                                                                                                                                           
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *              
M U R A _ C H L P N   :   L V I P - D L R A G F A Y V M A A L I A E G G - - - - - - - - G S I I E N T H L L D R G Y T N W V G K L   :   4 3
M U R A 1 _ B A C S   :   V A A T - D L R A G A A L I L A G L V A E G - - - - - - - - - H T R V T E L K H L D R G Y V D F H Q K L   :   4 2
A R O A _ S Y N Y 3   :   V D S L T D H R I A M A L A I A A L G S G G Q - - - - - - - - - T I I N R A E A A A I S Y P E F F G T L   :   4 3
A R O A _ K L E P N   :   I G T Y N D H R M A M C F S L V A - - L S D T - - - - - - - - P V T I L D P K C T A K T F P D Y F G Q L   :   4 2
A R O 1 _ Y E A S T   :   V C T Y D D H R V A M S F S L L A G M V N S Q N E R D E V A N P V R I L E R H C T G K T W P G W W D V L   :   5 2
                          6         D   R             6   a                                   6                   5     5       L          

В srs ввел 5 ID выбранных белков, нашлись данные последовательности, которые я сохранил в fasta формате, затем провел выравнивание этих 5 последовательностей с помощью программы emma.

Множественное выравнивание, полученное при помощи ClustalW.


                                                                                                                                                     
                                            *                 2 0                   *                 4 0                   *                        
A R O 1 _ Y E A S T   :   N S I K D L K V P S D S S G P V G V C T Y D D H R V A M S F S L L A G M V N S Q N E R D E V A N P V R I L E R   :       5 5
A R O A _ K L E P N   :   L T L Q F A E I G T Y N D H R M A M C F S L V A L S D T P V T I L D P K C T A K T F P D Y F G Q L A R I S T L   :       5 5
M U R A 1 _ B A C S   :   V G A T D L R A G A A L V L A G L V A D G - Y T R V T E L K H L D R G Y V N L T E K L K A L G A D I E R V E E   :       5 4
M U R A _ C H L P N   :   L V I P D L R A G F A Y V M A A L I A E G G G S I I E N T H L L D R G Y T N W V G K L R S L G A K I Q I F D M   :       5 5
A R O A _ S Y N Y 3   :   S P L Q G A E V D S L T D H R I A M A L A I A A L G S G G Q T I I N R A E A A A I S Y P E F F G T L G Q V A Q   :       5 5
                                                            6                           6                                                            
                                                                   
                                6 0                                
A R O 1 _ Y E A S T   :   H C T G K T W P G W W D V L   :       6 9
A R O A _ K L E P N   :   A - - - - - - - - - - - - -   :       5 6
M U R A 1 _ B A C S   :   H Q E N E S L E A A E L I -   :       6 7
M U R A _ C H L P N   :   E Q E E L T T S P K S L A L   :       6 9
A R O A _ S Y N Y 3   :   G - - - - - - - - - - - - -   :       5 6
                                                                   

Результаты:

©Ярослав, Карпович