Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~xedin/Term3/script.spt Дата изменения: Tue Nov 27 16:00:12 2007 Дата индексирования: Tue Oct 2 07:11:27 2012 Кодировка: Windows-1251

load pdb1tup.ent
define mjg c.n4,a.n6,t.o4,g.o6,g.n7,a.n7,t.c5m,c.c5,g.c8,a.c8,t.c6,c.c6,g.c5,a.c5 and dna
define mig c.o2,t.o2,g.n3,g.n2,a.n3,a.c2 and dna
define tocompl t.o4,t.n3,c.n4,c.n3,c.o2,g.o6,g.n1,g.n2,a.n6,a.n1 and dna
define basen c.c2,c.c4,c.n1,t.c4,t.c2,t.c5,t.n1,g.c2,g.c4,g.n9,g.c6,a.c4,a.n9,a.c6 and dna
define base mjg,mig,tocompl,basen

define p_ribosa backbone and dna and (*.o?*) # полярные атомы остатков дезоксирибозы
define posph backbone and dna and (*.o1p,*.o2p) # полярные атомы остатков фосфорной кислоты
define mig_polar mig and (oxygen,nitrogen) # полярные атомы остатков азотистых оснований, обращенных в сторону малой бороздки
define mjg_polar mjg and (oxygen,nitrogen) # полярные атомы остатков азотистых оснований, обращенных в сторону большой бороздки
define n_ribosa backbone and carbon and dna # неполярные атомы остатков дезоксирибозы
define n_mig carbon and mig # неполярные атомы остатков азотистых оснований, обращенных в сторону малой бороздки
define n_mjg carbon and mjg # неполярные атомы остатков азотистых оснований, обращенных в сторону большой бороздки

define a within(3.5,p_ribosa) and (nitrogen,oxygen) and protein # контакты белка с полярными атомами остатков дезоксирибозы
define b within(3.5,posph) and (nitrogen,oxygen) and protein # контакты белка с полярными атомами остатков фосфорной кислоты
define c within(3.5,mjg_polar) and (nitrogen,oxygen) and protein # контакты белка с полярными атомами остатков азотистых оснований, обращенных в сторону большой бороздки
define d within(3.5,mig_polar) and (nitrogen,oxygen) and protein # контакты белка с полярными атомами остатков азотистых оснований, обращенных в сторону малой бороздки
define e within(4.5,n_ribosa) and carbon and protein # контакты белка с неполярными атомами остатков дезоксирибозы
define g within(4.5,n_mjg) and carbon and protein # контакты белка с неполярными атомами остатков азотистых оснований, обращенных в сторону большой бороздки
define h within(4.5,n_mig) and carbon and protein # контакты белка с неполярными атомами остатков азотистых оснований, обращенных в сторону малой бороздки
select all
wireframe
echo The hole structure
pause
select protein
backbone
wireframe off
zoom 200
select a
spacefill 200
echo Polar atoms of protein that contact with backbone sugar
center selected
pause
spacefill off

select b
spacefill 200
echo Polar atoms of protein that contact with phosphate group
center selected
pause
spacefill off

select c
spacefill 200
echo Polar atoms of protein that contact with DNA's major groove
center selected
pause
spacefill off

select d
spacefill 200
echo Polar atoms of protein that contact with DNA's minor groove
center selected
pause
spacefill off

select e
spacefill 200
echo Hydrophobic atoms of protein that contact with backbone sugar
center selected
pause
spacefill off

select g
spacefill 200
echo Hydrophobic atoms of protein that contact with DNA's major groove
center selected
pause
spacefill off

select h
spacefill 200
echo Hydrophobic atoms of protein that contact with DNA's minor groove
center selected
pause
spacefill off
zoom
select all
wireframe
backbone off
center all