Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~woodruff/term3/rna.doc Дата изменения: Mon Dec 20 18:39:06 2004 Дата индексирования: Tue Oct 2 07:01:06 2012 Кодировка: koi8-r

Зачетное задание 1.

Название

Структура тРНК соответствующая аминокислоте аргинин из
Saccharomyces cerevisae

Автор Арифулин Евгений

Аннотация - Был проведён анализ вторичной и третичной структуры тРНК
из файла 1F7V.pdb
Ключевые слова - 2-5
Введение из 3-5 фраз: " тРНК это самая маленькая из известных
нуклеиновых кислот, выполняющая транспортную функцию. Известно, что
тРНК имеет вторичную структуру клеверного листа, которая в 3D
складывается в L-образную форму. Цель данной работы - исследовать
механизм сворачивания третичной структуры молекулы тРНК, базируясь на
данных о её вторичной структуре и пространственном строении.
Результаты:
Вторичная структура тРНК:


A
C
C
G
X - A
U - A
C - G
C - G
U - G
C - G U
G - C C G
A U G G U C X
X A X | | | | | A
G C C C X X C A G C
G | | | | U X G X
X C G G C A X
C A X G
X - A A
C - G
U - A
G - C
G - C
C A
U A
X G
C


Жёлтый - нестандартные основания;
Фиолетовый - основания предположительно участвующие в образовании третичной
структуры;
Красный - антикодон;
Синий - нестандартные пары оснований.




Нестандартные основания


|1 |PSU |PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE |
|9 |1MG |1N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE |
|10|2MG |2N-METHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE |
|16|DHU |5,6-DIHYDROURIDINE-5'-PHOSPHATE |
|19|DHU |5,6-DIHYDROURIDINE-5'-PHOSPHATE |
|26|M2G |N2-DIMETHYLGUANOSINE-5'-MONOPHOSPHATE |
|27|PSU |PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE |
|34|I | |
|47|DHU |5,6-DIHYDROURIDINE-5'-PHOSPHATE |
|49|5MC |5-METHYLCYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE |
|54|5MU |5-METHYLURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE |
|55|PSU |PSEUDOURIDINE-5'-MONOPHOSPHATE |
|58|1MA |6-HYDRO-1-METHYLADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE |


Пары оснований образующих третичную структуру тРНК:

|U08 |A14 |
|A15 |U48 |
|G18 |C56 |
|C25 |G45 |

Алгоритм Зукера:

[pic]

Обсуждение:
Структура предсказанная програмой Зукера лишь по внешним очертаниям
напоминает тРНК. Длины спиралей отличаются от реальных, появилоть ярко
выраженное выпетливание после 7 нуклеотида. ТРНК устроена таким образом,
чтобы идеально подходить для роли посредника в синтезе белка. На 3' конце
присутствует последовательность АСС, на фоторуюю специальный белок
привешивает аминокислоту, одновременно он распознаёт нужную тРНК по
триплету нуклеотидов на другом конце молекулы. Две боковые цепи и пси-петля
необходимы для соединения с рибосомными субъединицами.
Сопроводительные материалы. В файле 1F7V.spt содержится скрипт для
Rasmol, позволяющий визуализировать основные элементы структуры тРНК
из PDB записи(он не работает).
Материалы и методы

3D структура tRNA извлечена и записи 1F7V Protein Data Bank.
Комплементарность пар определена программой FindPair пакета 3DNA.

Результаты обработаны с помощью Rasmol.