Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес
оригинального документа
: http://kodomo.cmm.msu.ru/~vlada/term3/result.html
Дата изменения: Tue Nov 14 17:02:36 2006 Дата индексирования: Tue Oct 2 07:27:08 2012 Кодировка: Windows-1251 |
На главную страницу третьего семестраЧто кодирует фрагмент нуклеотидной последовательности?
Нам дан фрагмент неаннотированного генома бактерии Klebsiella pneumoniae 4239583-4246582. Дан также протеом и геном бактерии-прототипа. Наша задача определить кодирует фрагмент 4239583-4246582 что-либо, похожее на какой-либо белок из прототипного организма. Вариант 1Использованные команды, необходимые для выполнения поставленной задачи.
- seqret -sask kpn_genome.fasta С помощью этой команды был получен фрагмент последовательности исследуемого генома. Файл - kpn_fasta. - formatdb -i salty_proteome.fasta -p T -n sa С помощью этой команды было получено 3 индексных файла. (соответственно sa.phr, sa.pin, sa.psq) - blastall -d sa -p blastx -i kpn.fasta -o bln.txt -F F С помощью этой команды был получен файл - bln.txt . В этом файле были обнаружены гомологи организма-прототипа. Нами была выбрана именно эта программа BLASTX, т.к она используется на первом этапе анализа новых нуклеотидных последовательностей для предсказания кодирующих участков, то есть программа BLASTX удовлетворяет поставленным условиям. В огранизме-протеоме (S. Typhimurium) был найден 41 гомолог.
[Q8ZS06: 4089:.6578] [P37924: 4074:.6626] [P43662: 4050:.6629] [Q8ZRR6: 4137:. 6578] [Q8ZJU1: 4095:. 6581] [Q8ZRK2: 4083:. 6629] [Q8ZRI1 :4080:: 6578] [Q8ZNN7: 4185::.. 6497] [Q8ZM90: 4140:.. 6509] [O87658: 4122:: 6536] [Q7CQX8: 3::. 446 947:.. 1495] [P37923: 3321::. 3911] [Q9X605: 3321:. 3914] [P43661: 3321:. 3923] [Q8ZRR5: 3321::. 3917] [P37921: 2113..... 2496 2717: 3181 6649:. 6996] [Q8ZJV5: 4509::. 6500] [Q8ZJU0: 3324: 3902] [Q8ZM91: 3324:. 3908] [Q9X604: 2029:.2571 2720:3178] [Q8ZS04: 3321:.3914] [Q8ZRK3: 3324:.3935] [P43660: 2732:.3181 2119:.2490 6634:.6996] [Q9X608: 2732:.3181 6640:.6999] [P37922: 2717:.3178 2119:..2415] [Q8ZNN6: 3321:3923] [Q8ZRI0: 3324:.3905] [Q9X607: 2735:.3181 2125:.2496 6670:..6996] [Q8ZRI3: 3324:.3902] [O87659: 3324:.3914] [Q8ZRR4: 2119:.2439 2720:..3178] [P55888: 971:1492 3:.455] [P0A2P6: 3:.401 839:1456] [Q8ZM89: 2732:.3178 2119:.2430 6718:.6993] [P37926: 2714:.3178] [O87657: 2113:.2472 2732:.3178] [P43664: 2732:.3181 6670:.6990] [Q8ZJT9: 2735:.3181 6670:.6990] [Q8ZRH9: 2122:.2484] [Q8ZRP9: 2735:3178] [Q8ZJU2: 2125:2430] |
|