Банк EMBL.

На главную страницу третьего семестра  
 
Сравнение разных записей в EMBL.
   
    

    

      
 
        
 
          Идентификатор записи EMBL
        
        
 
          Тип молекулы 
        
        
 
          
Класс данных
        
        
 
          
Раздел EMBL
        
        
Дата создания 

          документа 
        
 
          
Описание
        
        
 
          
Длина последовательности
        
      
      
 
        
U00096 
        
genomic DNA (геномная ДНК) 
        
 STD (стандартный) 
        
 PRO (прокариоты) 
        
 23 февраля 2006 
        
полный геном Escherichia coli K12 MG1655 . 
        
4639675 
      
      
 
        
M35236 
        
genomic DNA (геномная ДНК) 
        
STD (стандартный) 
        
PRO (прокариоты) 
        
22 ноября 1990 
        
E.coli аргининосукцинатсинтетаза (argG) ген, полный cds. 
        
1344 
      
      
 
        
U18997 
        
genomic DNA (геномная ДНК) 
        
STD (стандартный) 
        
PRO (прокариоты) 
        
30 декабря 1994 
        
Escherichia coli K-12 участок кольцевой хромосомы от 67.4 до 76.0 минут. 
        
372438 
      
      
    
    
  При сравнении результатов видно, что различия, которые нас могут заинтересовать больше всех,
находятся в поле Description. Естественно, что длины последовательностей и даты создания всегда будут разными. 
Самая новая запись имеет самый длинную последовательность и охватывает весь геном.
Все три записи являются важными, но для меня самой полезной является вторая запись, так как
в ней содержится информация о гене, который кодирует мой белок.

  
Сравнение описаний гена Escherichia coli в двух разных записях EMBL.
        

      
 
        
 
        
 I
        
 II
      
      
 
        
 ID записи
        
M35236 
        
U18997 
      
      
 
        
 Начало гена в записи
        
1 
        
136 
      
      
 
        
 Конец гена в записи
        
1344 
        
1626 
      
      
 
        
 Направление гена
        
прямое 
        
прямое 
      
      
 
        
 Примечания*
        
Короткая запись с ссылкой на одну статью. 
        
 Запись с ссылкой на 2 статьи.В поле CC имеется информация
                                      о том, кем была определена последовательность. В поле FT имеется информация,
                                      что эта последовательность содержит "lambda" клоны, которые перечислены 
                                      в этом же поле. 
      
    
 

Сравнение нуклеотидных последовательностей .

	Процент идентичности этих последовательностей равен 98.7%. Выравнивание последовательностей
показало, что происходит 3 замены: cgt на cgc и ggc на gat, att на aat.Первая замена не влияет на свойства, т.к.
эти триплеты кодируют одну аминокислоту (Arginine).
Вторая замена более существенна, заменяется амминокислота Glycine на Aspartic Acid. Скорее 
всего эта замена может сильно повлиять на свойства,т.к. Glycine и Aspartic Acid имеют 
разные свойства. Glycine гидрофобная и неполярная молекула,а Aspartic Acid негидрофобная 
и полярная молекула.
Замена номер 3 тоже существенна, т.к. заменяется Asparagine на Isoleucine. Asparagine гидрофобная
молекула и полярная, а гидрофобная и неполярная.      


Изображение структуры транслируемых участков гена G5B человека.
Ген G5B находится в промежутке от 271741 до 273649 нуклеотида на комплементарной цепи.
В гене G5B находится всего 2 экзона. Ген на комплементарной цепи, вот его схема:
     
       <-[271741..267344]--...--[272744..273649]----
Т.к. в гене G5B всего 2 экзона, то было нетрудно подсчитать длины этих экзонов.
Самым длинным экзоном оказался второй, его длина равна 905 а.п.
В исследуемом гене имеется всего один интрон. Его длина равна 580 а.п. 

Экзоны.

   
 
        
 
          ? 
        
        
 
          Начало
         
        
 
          
Конец
        
        
 
          
Длина
        
      
      
 
        
1 
        
271741 
        
272164 
        
423
      
      
 
        
2 
        
272744 
        
273649 
        
905 
        
      
    


©Трембицкая Влада