УСоздание паттернов аминокислотных последовательностей
Для создания паттеров я выбрала следующий фрагмент множественного выравнивания составленного ранее: (скачать)
Длина фрагмента 12 а.к. остатков. Из них: 3 остатка полностью консервативны, 2 на 87,5% консервативны и 2 на 75%. (на один остаток превысила условие "не больше половины", но мне этот фрагмент показался удачным для прделоженной задачи)
| Характеристика паттерна |
Паттерн |
В скольких последовательностях банка Swiss-Prot
найден мотив, удовлетворяющий паттерну? |
Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности |
VTFRPGQKLKSR
|
73 |
разумеется, нет. Только единственнная заданная |
| Сильный |
V-[TSA]-F-[HKR]-[AP]-[GS]-[HGQ]-[KC]-L-[KR]-[DSA]-[QARM] |
128 |
все |
| Слабый |
V-[TSA]-F-[HKR]-{LRHDE}-[SG]-[QHG]-[KCTRH]-L-[KRH]-x(2) |
172 |
все |
Все найденные по сильному паттерну белки содержали в своем ID слово IHFA, а значит выполняли ту же функцию, что и исследуемый белок.
По слабому паттерну в основном также были найдены белки с ID, содержащим IHFA. Но так же был найден белок с ID NXF1_DROME. Это белок из Дрозофил, который занимается экспортом мРНк из ядра в цитоплазму.
Все описанные в PROSITE мотивы в заданном белке IHFA_Ecoli
Далее я с помощью БД PROSITE нашла моитвы, встречающиеся в моем белке:
| Идентификатор документа PROSITE (AC) |
Название мотива |
Краткое описание мотива |
Тип подписи (паттерн, профиль) |
Паттерн (регулярное выражение) |
Специфична ли подпись? |
Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00045 |
HISTONE_LIKE |
Bacterial histone-like DNA-binding proteins signature |
паттерн |
[GSK] - F - x(2) - [LIVMF] - x(4) - [RKEQA] - x(2) - [RST] - x(1,2) - [GA] - x - [KN] - P - x - [TN] |
специфична |
1 |
| PS00006 |
CK2_PHOSPHO_SITE |
Casein kinase II phosphorylation site |
паттерн |
[ST] - x(2) - [DE] [S or T is the phosphorylation site] |
неспецифичен |
5 |
| PS00005 |
PKC_PHOSPHO_SITE |
Protein kinase C phosphorylation site |
паттерн |
[ST] - x - [RK] |
неспецифичен |
4 |
первый паттерн специфичен для всех белков IHFA, IHFB, так как это собственно связывающийся с ДНК участок. Другие два паттерна неспецифичны.
|