|
|
- В UniProt информация представлена хуже всего. Неудобный, несоответствующий привычному, порядок. Зато единственный, где FT разбито на какие-то дополнительные разделы, нет такой каши, как у остальных. У UniProt вообще появляется множество подразделов, подзаголовков и прочего, что, видимо удобно, если ты видишь документ первый раз, но мешает, когда знаешь, где примерно искать нужную информацию. Особенно раздражает перенос в конец документа ведущих полей ID, AC, DT и другой важной информации.
В MRS фактически полностью перенесена вся информация из текстового файла в том же порядке, из дополнений только ссылки на упоминающиеся в тексте ресурсы(статьи, PDB и т.п.). Поле FT соответственно ничем не отличается от текстового файла, никаких дополнений и удобств, но ничто не мешает воспринимать информацию.
SRS на мой взгляд самый удобный. Порядок не отличается от стандартного, зато многое сделано для удобства пользователя. Ссылки на разные форматы упомянутых статей, на другие ресурсы присутствуют, хотя в отличии от предыдущих ресурсов, нет ссылок на информацию по таксономии организма. FT здесь наиболее НАГЛЯДНО описано, лучше, чем в UniProt, не сливаются вторичные структуры, все особенности показаны в одном масштабе (чего опять-таки нет в UniProt, где мутации показаны на цепи в масштабе отличном от того, в котором описана вторичная структура.
- При работе с полем 'Taxonomy' банка SwissProt в SRS выяснилось:
- на 'gam' начинаются следующие таксоны: gambusia, gammaherpesvirinae, gammapapillomavirus, gammaproteobacteria, gammaretrovirus, gammaridea.
- Английский аналог таксона 'гамма-протеобактерии' - 'gammaproteobacteria' .
- В SwissProt 83513 записей посвящено белкам из гамма-протеобактерий.
-
|
Формулировка функции белка
|
Строка запроса
|
Количество найденных документов
|
Integration host factor
|
(((([swissprot-Description:Integration*] & [swissprot-Description:host*]) & [swissprot-Description:factor*]) | [swissprot-Description:Integration host factor*]) & [swissprot-Taxonomy:gammaproteobacteria*])
|
233
|
- результаты запроса сохранены в файл savesrs.fasta
|