Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~vika-chan/projects/Ihf/compound.html
Дата изменения: Wed Mar 4 17:10:20 2009
Дата индексирования: Sun Apr 5 19:38:47 2009
Кодировка: Windows-1251
Vladykina's page.Ihf.compound

учебный сайт Вероники Владыкиной

Состав записи 1IHF банка PDB
на главную
1 семестр
2 семестр
проекты
официальный сайт ФББ

поле HEADER
Тип белка TRANSCRIPTION/DNA - означает, то белок связан с транскрипцией или с ДНК.
Дата размещения в PDB результатов рентгеноструктурного анализа: 21-AUG-96
Название белка в PDB: 1IHF

поле TITLE
Название комплекса:INTEGRATION HOST FACTOR/DNA COMPLEX - фактор интеграции в комплексе с ДНК

поле COMPNDдает информацию о составе комплекса: сколько цепей какой природы содержит комплекс

поле SEQRES в этом поле представлена последовательность всех цепей комплекса

состав комплекса

идентификатор цепи название длина комментарии
A PROTEIN (INTEGRATION HOST FACTOR (ALPHA) (IHF)) 99 Альфа-субъединица фактора интеграции
В PROTEIN (INTEGRATION HOST FACTOR (BETA) (IHF)) 94 Бета-субъединица фактора интеграции
С DNA (35-MER) 35  
D (5'- D (*GP*GP*CP*CP*AP*AP*AP*AP*AP*AP*GP*CP*AP*TP*T)-3') 15  
E (5'- D(*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*AP*AP*TP*TP*TP*GP*TP*TP*GP*CP*AP*CP*C)-3') 20  

Таким образом комплекс состоит из белка, образованного двумя полипептидными цепочками и молекулой ДНК, состоящей из цепи С и комплементарной ей цепи, составленной из D и E.

поле HET в нем приведены все имеющиеся лиганды и их номера
поле HETNAM здесь указаны названия имеющихся лигандов
поле FORMUL здесь приведены формулы данных лигандов и их количество

Лиганды:

идентификатор лиганда название лиганда формула количество лигандов
CD ион кадмия Cd2+ 15
HOH вода H2O 385

кроме того в качестве лигандов будем рассматривать C,D,E-ДНК цепи

Рассмотрим цепь А.

Остовная модель цепи А:

Вторичная структура цепи А:

 альфа-спирали - розовый;
бета-слои - желтый
бета-повороты - голубой

в данной цепи 3 альфа-спирали и 5 бета-тяжей. во всем белке соответственно в 2 раза больше.
Таким образом, структура белка α+β

Владыкина 2008