WELCOME MY FRIEND!

О-сукцинилбензоат синтаза.

Хочу представить Вашему вниманию небольшой рассказ о белке, который мне довелось исследовать.
По ходу дела буду использовать материалы различных источников в интернете и собственные ранее проделанные работы.

О-сукцинилбензоат синтаза (сокращенно - OSB synthase или OSBS) - белок, содержащийся в организме на сегодняшний день наиболее всего изученной бактерии Escherichia coli.

Больше о ней можно узнать, например, в английской версии Википедии. E_coli...

Описание гена menC Ecoli и его продукта - некоторые данные по результатам прошлых работ с геном белка (см. 1й семестр).
MENC_ECOLI.fasta - последовательность аминокислот моего белка в фаста-формате.

О-сукцинилбензоат синтаза обладает каталитической активностью - относится к ферметам, к классу оксиредуктаз.
Функция: преобразование SHCHC в OSB.
Каталитическая активность: (1R,6R)-6-hydroxy-2-succinylcyclohexa-2,4- diene-1-carboxylate = 2-succinylbenzoate + H(2)O.
(См. здесь подробнее).

Говоря о третичной структуре, можно сказать, что белок состоит из одной А-цепи (320 аминокислот):

Остовная модель цепи	Та же, окрашенная по структуре

На окрашеной цепи:
розовым обозначены альфа-спирали
желтым - бета-складки
синим - бета-повороты
зеленым отмечены области, в которых одни и те же остатки имеют 2 варианта конформации - А и В

Более симпатичная, ленточная модель:


Некоторые количественные характеристики
Количество водородных связей.... 210
Количество альфа-спиралей................ 13
Количество бета-складок.................. 21
Количество бета-поворотов................ 29

Белок связан с несколькими типами лигандов:

	Краткое обозначение лиганда	Название	Русское название	Формула
1.	MG	MAGNESIUM ION	Ион магния	MG 2+
2.	OSB	O-SUCCINYLBENZOATE	О-сукцинилбензоат	C11 H10 O5
3.	HOH	Water	Вода	H2 O

Одна из аминокислот активного центра - серин (справа) в контакте с OSB (слева):


Здесь можно в более полном объеме посмотреть мои работы касатаельно

состава записи о белке банка PDB
остатков аминокислот, участвующих во взаимодействии с лигандом
одного из элементов вторичной структуры
торсионных углов в белке.

Cсылки-идентификаторы на записи про о-сукцинилбензоат синтазу в различных БД:
PDB: http://www.rcsb.org/pdb/results/results.do?outformat.html
Uniprot: http://www.uniprot.org/uniprot/P29208.html
SRS
MRS


Cсылки на статьи про мой белок:
UNIPROT (поле References)
PudMed (анотации).




К блоку
Ко 2му семестру
На главную

---

© Шишкова Настя, 2008