Документ взят из кэша поисковой машины. Адрес оригинального документа : http://kodomo.cmm.msu.ru/~vasilisa/protocolkr1.html
Дата изменения: Fri Dec 28 14:45:35 2007
Дата индексирования: Tue Oct 2 03:49:13 2012
Кодировка: Windows-1251
Page of Rudneva Vasilisa

Протокол к первой контрольной.

seqret AALF01000002.embl -sask
Reads and writes (returns) sequences
Begin at position [start]: 77001
End at position [end]: 81002
Reverse strand [N]: n

При помощи команд
  • formatdb -i salty_proteome.fasta -n salt -p T
  • blastall -p blastx -d salt -i aalf01000002.fasta -o salty1.fasta -F F -e 0.001
    • получено следующее:
    Лучшее e-value e-162 у находки
    >Q8ZPV2 ARGM_SALTY Succinylornithine transaminase (EC 2.6.1.-)
    (Succinylornithine aminotransferase).
    Length = 408

    Score = 566 bits (1459), Expect = e-162
    Identities = 279/404 (69%), Positives = 326/404 (80%)
    Frame = -1

    >Q8ZPV0 Q8ZPV0_SALTY Succinylglutamic semialdehyde dehydrogenase (EC 1.2.1.-).
    Length = 492

    >Q8ZPV1 Q8ZPV1_SALTY Arginine succinyltransferase (EC 2.3.1.109).
    Length = 344

    Score = 429 bits (1102), Expect = e-121
    Identities = 217/343 (63%), Positives = 263/343 (76%), Gaps = 1/343 (0%)
    Frame = -1

    Score = 418 bits (1075), Expect = e-117
    Identities = 200/304 (65%), Positives = 243/304 (79%)
    Frame = -3

    Изходя из полученных данных схема гена будет выглядеть так:
    3'------[<=ген astC, 916-5]---[<=ген astA, 1965-940]---[<=ген astD, 3228-2017]-------5'
    Информация о названиях генов получена с сайта SRS.
    Ген astC находится в 60 секторе генома (18307..19533), astD - тоже в 60 (20555..22033) и astA тоже находится в 60 секторе (19524..20558). То есть в геноме обеих бактерий эти гены находятся рядом, astC и astA даже немного перекрываются. И кроме того, в том же порядке.

    Протокол к занятию.


    Главная  Первый семестр  Второй семестр  Третий семестр